Péptido deformilasa

En enzimología , una peptidilformilasa ( EC 3.5.1.88 ) es una enzima que elimina el grupo formilo del extremo N de las cadenas polipeptídicas nacientes en eubacterias , mitocondrias y cloroplastos . ^{[ 1 ]}

Las peptido deformilasas son metaloenzimas monoméricas que unen un cofactor metálico, típicamente Fe(II) o Zn, en un sitio activo. La identidad del cofactor influye en la eficiencia catalítica. ^{[ 2 ]}

Existen dos tipos de peptido deformilasas, los tipos I y II, que se diferencian principalmente en la estructura de la superficie externa de la proteína.

El gen humano PDF (gen) posee esta actividad.

La peptidilformilasa elimina el grupo formilo del extremo N-terminal de los polipéptidos nacientes durante su síntesis por el ribosoma . La función de la peptidilformilasa se puede describir mediante la siguiente ecuación, donde el péptido formil-L-metionilo y el agua reaccionan formando formato y péptido metionilo:

H₂O + péptido formil-L- _metionilo${\displaystyle \rightleftharpoons }$péptido metionílico + formato

Esta reacción tiene lugar en la superficie del ribosoma, donde la hélice alfa C-terminal de la peptidil deformilasa interactúa con una hendidura entre las proteínas ribosómicas uL22 y bL32, y el ARNr. ^{[ 3 ]}

Por su función, esta enzima pertenece a la familia de las hidrolasas , aquellas que actúan sobre enlaces carbono-nitrógeno distintos de los enlaces peptídicos, específicamente en amidas lineales. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es formil-L-metionil péptido amidohidrolasa .

A finales de 2007, se habían resuelto 34 estructuras para esta clase de enzimas, con los códigos de acceso PDB PDB : 1IX1 ​,PDB : 1LM4 ​,PDB : 1LM6 ​,PDB : 1LME ​,PDB : 1LQW ​,PDB : 1LQY ​,PDB : 1LRU ​,PDB : 1LRY ​,PDB : 1N5N ​,PDB : 1Q1Y ​,PDB : 1S17 ​,PDB : 1SV2 ​,PDB : 1SZZ ​,PDB : 1V3Y ​,PDB : 1VEV ​,PDB : 1VEY ​,PDB : 1VEZ ​,PDB : 1WS0 ​,PDB : 1WS1 ​,PDB : 1XEM ​,PDB : 1XEN ​,PDB : 1XEO ​,PDB : 1Y6H ​,PDB : 1ZXZ ​,PDB : 1ZY0 ​,PDB : 1ZY1 ​,PDB : 2AI7 ​,PDB : 2AI8 ​,PDB : 2AI9 ​,PDB : 2AIA ​,PDB : 2AIE ​,PDB : 2EW5 ​,PDB : 2EW6​ yPDB : 2EW7 ​.

• Actinonina