PeroxiBase

La base de datos PeroxiBase fue creada en la Universidad de Ginebra ( Suiza ) a finales de 2003 por dos biólogos vegetales especializados en el estudio de las peroxidasas vegetales . Inicialmente, se limitaba a las peroxidasas de clase III (peroxidasas vegetales) y posteriormente se amplió para incluir todas las secuencias de proteínas peroxidasas, tanto hemo como no hemo. Numerosos investigadores y bioinformáticos de la Universidad de Ginebra unieron sus esfuerzos para desarrollar la base de datos y aumentar rápidamente el número de secuencias de peroxidasas. Desde 2005, la base de datos acepta contribuciones externas, que son verificadas por los curadores de PeroxiBase. Actualmente, la mayoría de las secuencias de peroxidasas, tanto hemo como no hemo , se encuentran en PeroxiBase. ^{[ 1 ]}

La base de datos está alojada en el Instituto Suizo de Bioinformática .

Las secuencias de peroxidasa provienen de otras bases de datos públicas generales ( NCBI , TIGR , UniProt KnowledgeBase : todas las bases de datos utilizadas se enumeran en PeroxiBase), ya sea como secuencias anotadas preexistentes o a partir de datos brutos (proyectos de secuenciación genómica completa).

• Proporcionar públicamente (sin ánimo de lucro) a la comunidad científica una plataforma centralizada que agrupe información sobre secuencias de peroxidasa. Posibles aplicaciones: búsqueda de secuencias más rápida, análisis filogenético, determinación del perfil de expresión.
• Para volver a anotar manualmente las secuencias existentes (la anotación automatizada a veces conduce a predicciones erróneas).
• Para adquirir nuevas secuencias que aún no están disponibles en otras bases de datos: genomas no anotados, contribuciones externas de grupos de secuenciación.

• Página principal de la base de datos