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Articulo de referencia

PhylomeDB

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PhylomeDB es una base de datos biológica pública para catálogos completos de filogenias de genes ( filomas ). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Permite a los usuarios explorar interactivamente la historia evolutiva de los genes a través de la visualización de árboles filogenéticos y alineamientos de secuencias múltiples . Además, PhylomeDB proporciona predicciones de ortología y paralogía a nivel genómico que se basan en el análisis de los árboles filogenéticos. El proceso automatizado utilizado para reconstruir árboles tiene como objetivo proporcionar un análisis filogenético de alta calidad de diferentes genomas, incluyendo inferencia de árboles de máxima verosimilitud, recorte de alineamientos [ 4 ] y prueba de modelos evolutivos.

PhylomeDB también incluye una sección de descarga pública con el conjunto completo de árboles, alineamientos y predicciones de ortología, así como una API web que facilita la interconexión de árboles desde fuentes externas. Finalmente, PhylomeDB proporciona una interfaz avanzada de visualización de árboles basada en el kit de herramientas ETE, [ 5 ] que integra topologías de árboles, información taxonómica, mapeo de dominios y visualización de alineamientos en una única imagen interactiva.

Nuevos pasos en phylomeDB

El motor de búsqueda de árboles filogenéticos de PhylomeDB se actualizó para ofrecer una vista centrada en los genes de todos los recursos de PhylomeDB. De esta forma, tras una búsqueda de proteínas o genes, se muestran todos los árboles disponibles en PhylomeDB, organizados por filoma y tipo de árbol. Los usuarios pueden alternar entre todos los árboles semilla y colaterales disponibles sin perder de vista la proteína o el gen buscado.

En phylomeDB v4, toda la información disponible para cada árbol se muestra ahora mediante un diseño integrado en el que la topología del árbol, los datos taxonómicos, las alineaciones y las anotaciones de dominio, y la información sobre la edad del evento (filoestratigrafía) se representan en la misma figura utilizando las funciones de visualización más recientes proporcionadas por el kit de herramientas ETE v2.2:

  1. Los dominios Pfam se han asignado a cada alineación en nuestra base de datos y ahora se muestran en un panel compacto a la derecha del árbol. Para cada secuencia, se muestran los dominios y sus nombres; se puede hacer clic en ellos para obtener una breve descripción y el enlace externo a Pfam. Las regiones de proteínas que no se han asignado a dominios se muestran con los códigos de color estándar de aminoácidos, mientras que las regiones con huecos se representan con una línea recta.
  2. Las imágenes de los árboles también se han simplificado para mejorar su legibilidad. Los mapeos y/o enlaces cruzados a bases de datos generales y orientadas a organismos se han ampliado para incluir la principal base de datos de secuencias de Arabidopsis thaliana , TAIR , Flybase de Drosophila , así como la base de datos de genomas basada en ascomicetos, Genolevures .
  3. Los eventos de especiación y duplicación se indican mediante diferentes colores de nodo, y los valores de soporte de rama ahora se resaltan automáticamente para las particiones con bajo soporte mediante una burbuja roja transparente inversamente proporcional al valor bootstrap de la rama o aLRT.
  4. Se pueden realizar búsquedas internas en el árbol para cualquiera de los atributos de nodo anotados, mientras que los enlaces a otras bases de datos se proporcionan a través del menú contextual del explorador de árboles que aparece al hacer clic en cualquier nodo.

Además, los usuarios pueden descargar datos relevantes, incluyendo la base de datos completa, un filoma específico o, desde la página de entrada del árbol, los datos correspondientes a dicho árbol. En esta nueva versión, hemos implementado la posibilidad de descargar predicciones de ortología de un árbol en el formato estándar OrthoXML , desarrollado recientemente, además de un formato tabular.

Búsqueda de ortólogos

El consorcio Quest for Orthologs (QfO) involucra a más de 30 bases de datos filogenómicas. El objetivo principal del consorcio es mejorar y estandarizar las predicciones de ortología mediante la colaboración y el debate sobre nuevos métodos emergentes.

  1. Enlace a: Búsqueda de ortólogos
  2. Enlace a: Reunión QfO 2015

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Huerta-Cepas, Jaime; Capella-Gutiérrez, S; Pryszcz, LP; Marcet-Houben, M; Gabaldón, T (enero de 2014). "PhylomeDB v4: acercándose a la pluralidad de historias evolutivas de un genoma" . Ácidos nucleicos Res . 42 (Problema de la base de datos). Inglaterra: D897–902. doi : 10.1093/nar/gkt1177 . PMC 3964985 . PMID 24275491 .  
  2. ↑ Huerta-Cepas, J; Bueno, A; Dopazo, J; Gabaldón, T (enero de 2008). "PhylomeDB: una base de datos para colecciones de filogenias genéticas de todo el genoma" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos). Inglaterra: D491–6. doi : 10.1093/nar/gkm899 . PMC 2238872 . PMID 17962297 .  
  3. ↑ Huerta-Cepas, Jaime; Capella-Gutierrez, S; Pryszcz, LP; Denisov, I; Kormes, D; Marcet-Houben, M; Gabaldón, T (enero de 2011). "PhylomeDB v3.0: un repositorio en expansión de colecciones de árboles, alineamientos y predicciones de ortología y paralogía basadas en filogenia a nivel genómico" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D556–60. doi : 10.1093/nar/gkq1109 . PMC 3013701. PMID 21075798 .  
  4. ↑ Capella-Gutierrez, S; Silla-Martínez, JM; Gabaldón, T (agosto de 2009). "trimAl: una herramienta para el recorte automatizado de alineamientos en análisis filogenéticos a gran escala" . Bioinformatics . 25 ( número especial de bases de datos): 1972–3 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp348 . PMC 2712344. PMID 19505945 .  
  5. ↑ Huerta-Cepas, J; Dopazo, J; Gabaldón, T (enero de 2010). "ETE: un entorno Python para la exploración de árboles" . BMC Bioinformatics . 11 (número especial de bases de datos): 24. doi : 10.1186/1471-2105-11-24 . PMC 2820433. PMID 20070885 .  
  • PhylomeDB
  • Laboratorio de Toni Gabaldón
  • Centro de Regulación Genómica