Caryophanaceae

La familia Caryophanaceae está compuesta por bacterias Gram positivas . En 2020, la familia Planococcaceae, ahora extinta , se fusionó con Caryophanaceae para corregir una anomalía en la nomenclatura. ^{[ 2 ]} El género tipo de esta familia es Caryophanon . ^{[ 1 ]}

La familia Planococcaceae fue publicada válidamente en 1949; sin embargo, contenía dentro de ella otro rango taxonómico de nivel de familia, la familia Caryophanaceae, que fue publicada válidamente en 1939. ^{[ 3 ]} Según el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas (ICNP) , el nombre Caryophanaceae tiene mayor prioridad que Planococcaceae debido a su publicación anterior. ^{[ 3 ]} Por lo tanto, la familia enmendada conservó el nombre Caryophanaceae .

El nombre Caryophanaceae deriva del término latino Caryophanon , que hace referencia al género tipo de la familia, y del sufijo "-aceae", una terminación utilizada para designar una familia. En conjunto, Caryophanaceae se refiere a una familia cuyo tipo nomenclatural es el género Caryophanon . ^{[ 2 ]}

Las células de los miembros de la familia Caryophanaceae pueden ser cocos o bacilos, formando a veces filamentos o tricomas. La mayoría de las especies son heterótrofas estrictamente aerobias, aunque algunas también son aerobias facultativas. Generalmente, las células son móviles por flagelos o deslizamiento y pueden o no formar endosporas. La mayoría de las especies son catalasa-positivas y oxidasa-positivas o negativas. ^{[ 2 ]}

Los análisis de secuencias genómicas de especies de Caryophanaceae identificaron 13 indels característicos conservados (CSIs) que están presentes de forma única en esta familia en las proteínas subunidad alfa de la ligasa de fenilalanina-ARNt , chaperonina GroEL, factor de maduración ribosomal RimP, bacilrredoxina de la familia BrxA/BrxB, ARN metiltransferasa , serina proteasa intramembrana de la familia Rhomboid, subunidad de unión a ATP de la proteasa Clp dependiente de ATP, subunidad beta de la ARN polimerasa dirigida por ADN , corismato sintasa , proteína de esporulación de etapa IV A, peptidasa , proteína de activación de la vía de señalización KinB y proteína que contiene el dominio DUF423. ^{[ 2 ]} Estos CSIs sirven como un medio molecular fiable para delimitar a los miembros de Caryophanaceae de otras familias dentro del orden Caryophanales y otras bacterias.

Caryophanaceae , a partir de 2021, contiene 19 géneros válidamente publicados. ^{[ 1 ]}

Además de la anomalía nomenclatural, Caryophanaceae también abarcaba más de 100 especies con características morfológicas y bioquímicas variables, lo que demostraba que no estaban relacionadas filogenéticamente. ^{[ 4 ]} La asignación original de especies a la familia Caryophanaceae se basó principalmente en análisis de secuencias del genoma del ARNr 16S, que se sabe que tienen un bajo poder discriminatorio y cuyos resultados varían según el algoritmo y la información del organismo utilizada. A pesar de esto, los análisis aún mostraron ramificación polifilética, lo que indica la presencia de subgrupos distintos dentro de la familia. ^{[ 4 ]}

En 2020, Gupta y Patel propusieron la enmienda de Caryophanaceae, específicamente la unificación con Planoccocacae , la propuesta de 3 nuevos géneros, así como la transferencia de varias especies mal clasificadas a los géneros apropiados. ^{[ 2 ]} Los cambios se propusieron con base en varios árboles filogenéticos construidos a partir de múltiples conjuntos de datos extensos de secuencias de proteínas y la identificación de marcadores moleculares únicos conocidos como indels de firmas conservadas en múltiples proteínas. ^{[ 2 ]}

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) ^{[ 1 ]} y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) ^{[ 5 ].}

Géneros no asignados:

• " Crocinobacterium " Lee 2006
• Metaplanococcus Gupta y Patel 2020
• " Stomatostreptococcus " Ping et al. 1998