Planococcus es un género de bacterias Gram positivas o Gram variables, cocos o bacilos cortos, pertenecientes a la familia Caryophanaceae del orden Caryophanales . [ 2 ] La especie tipo de este género es Planococcus citreus. [ 1 ]
Algunos miembros de Planococcus son especies que antes pertenecían a Planomicrobium. En lugar de ramificarse con especies de Planomicrobium , estas especies formaron una rama monofilética con miembros de Planococcus en varios árboles filogenéticos construidos a partir de secuencias genómicas conservadas, lo que indica su relación filogenética. [ 2 ] La familia Caryophanaceae abarcaba muchas anomalías de ramificación como esta, debido en parte a la dependencia de las secuencias de ARNr 16S como método de clasificación, que se sabe que tiene un bajo poder de resolución y da resultados diferentes según el algoritmo utilizado. [ 3 ] En 2020, un estudio genómico comparativo enmendó la familia, lo que dio como resultado el establecimiento de tres nuevos géneros, así como la enmienda de varios géneros, incluido Planococcus . [ 2 ]
El nombre Planococcus deriva del sustantivo griego planes , que se traduce como "un vagabundo", y del término latino coccus. Juntos, Planococcus puede traducirse como coco móvil. [ 2 ]
Características bioquímicas y firmas moleculares
Las células presentan tinción Gram positiva o Gram variable y son cocos o bacilos cortos y generalmente móviles. [ 2 ]
Los análisis genómicos identificaron cinco indels característicos conservados (CSI) que están presentes exclusivamente en miembros de este género en las siguientes proteínas : proteína de unión a penicilina 2 , proteína hipotética, 7-ciano-7-deazaguanina reductasa dependiente de NADPH QueF, proteína que contiene el dominio ACT y metilmalonil-CoA mutasa . [ 2 ] Estas firmas moleculares proporcionan un método fiable para diferenciar las especies de Planococcus de otros géneros dentro de la familia Caryophanaceae y de todas las demás bacterias. [ 2 ]
Filogenia
Planococcus , a partir de 2021, contiene 24 especies con nombres válidamente publicados. [ 1 ] Este género fue identificado como un clado monofilético y filogenéticamente no relacionado con otras especies de la familia Caryophanaceae en estudios que examinan las relaciones taxonómicas dentro de la familia. [ 2 ] La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) [ 1 ] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [ 4 ]
Especie no asignada:
- " P. antioxidantes " Zhang et al. 2020
- " P. beijingensis " Hao et al. 2023
- " P. crocinus " Yun y Lee 2007
- " P. dechangensis " Wang et al. 2015
- " P. kazaiensis " Mayilraj & Chakrabarti 2003
- P. notacanthi Uniacke-Lowe et al. 2024
- " P. pelagicus " Mayilraj et al. 2007
- " P. psychrotoleratus " Zhu, Liu y Zhou 2007
Véase también
Referencias
- 1 2 3 4 5 J.P. Euzéby. "Planococcus" . Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) . Recuperado el 9 de septiembre de 2022 .
- 1 2 3 4 5 6 7 8 Gupta, Radhey S.; Patel, Sudip (14 de enero de 2020). "Delimitación robusta de la familia Caryophanaceae (Planococcaceae) y sus diferentes géneros, incluidos tres géneros nuevos , basada en filogenómica y firmas moleculares altamente específicas" . Frontiers in Microbiology . 10 : 2821. doi : 10.3389/fmicb.2019.02821 . ISSN 1664-302X . PMC 6971209. PMID 32010063 .
- ↑ Ludwig, Wolfgang; Schleifer, Karl‐Heinz; Whitman, William B. (14 de septiembre de 2015). "Planococcaceae" . Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria : 1. doi : 10.1002/9781118960608.fbm00116 . ISBN 9781118960608.
- ↑ Sayers; et al. "Planococcus" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 9 de septiembre de 2022 .
- ↑ "El LTP" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
- ↑ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
- ↑ "Notas de la versión LTP_10_2024" (PDF) . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
- ↑ "GTDB versión 09-RS220" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
- ↑ "bac120_r220.sp_labels" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
- ↑ "Historial de taxones" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
- Bacillales
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