Podoviridae

Podoviridae era una familia de bacteriófagos del orden Caudovirales , a menudo asociada con fagos similares a T-7. ^{[ 1 ]} La familia y el orden Caudovirales han sido abolidos, y ahora se utiliza el término podovirus para referirse a la morfología de los virus de esta antigua familia. ^{[ 2 ]} Había 130 especies en esta familia, asignadas a 3 subfamilias y 52 géneros. ^{[ 3 ] [ 4 ]} Esta familia se caracterizaba por tener colas muy cortas y no contráctiles. Muchos fagos de la antigua familia Podoviridae ahora se clasifican en Autographiviridae.

Los virus de la antigua familia Podoviridae no tienen envoltura, presentan geometrías icosaédricas y de cabeza-cola. Su diámetro es de aproximadamente 60  nm ^{[ 3 ]} y constan de 72 capsómeros. La proteína de la cabeza tiene una masa molecular de ~38 kilodaltons y está presente en 460 copias por virión. Hay 9 proteínas estructurales. La cola no es contráctil y tiene 6 fibras subterminales cortas. Es gruesa, tiene forma de varilla y está formada por discos apilados. Su longitud máxima es de aproximadamente 17  nm.

El genoma de ADN de doble cadena es lineal, de aproximadamente 40-42 kb de longitud, ^{[ 3 ]} y codifica ~55 genes. El contenido de guanina + citosina es ~50%. Tiene secuencias redundantes terminales y no está permutado. Por peso, el genoma constituye ~50% del virión. El genoma codifica 9 proteínas estructurales, una ADN polimerasa de tipo transferasa B adenilada y una ARN polimerasa. Tres proteínas internas constituyen el complejo de la polimerasa. Se reconocen dos clases de genes (tempranos y tardíos). Esta clasificación se basa en el momento de la transcripción que está regulado temporalmente. Los genes con funciones relacionadas se agrupan juntos. La replicación del genoma es bidireccional.

La replicación viral es citoplasmática. La entrada en la célula huésped se logra mediante adsorción. La replicación sigue el modelo de desplazamiento de la cadena de ADN. La transcripción dirigida por ADN es el método de transcripción. El virus sale de la célula huésped por lisis, y las proteínas holina/endolisina/espanina. Las bacterias sirven como huésped natural. Las vías de transmisión son difusión pasiva. ^{[ 3 ]} La infección por fagos se considera autodosificante y, por lo tanto, autolimitante. Después de la lisis del huésped, nuevos fagos desencadenan un nuevo ciclo de infección con especies de huéspedes biodisponibles circundantes, lo que resulta en crecimiento y expansión. ^{[ 5 ]}

Los géneros dentro de esta familia tienen aproximadamente un 40% de identidad entre las proteínas correspondientes. Las subfamilias tienen aproximadamente un 20% de identidad entre las proteínas correspondientes.

Se reconocen las siguientes subfamilias y sus géneros (- virinae denota subfamilia y - virus denota género): ^{[ 4 ]}

• Beephvirinae
  • Flowerpowervirus
  • Immanueltrevirus
  • Manuelvirus
• Eekayvirinae
  • Akonivirus
  • Tinytimothyvirus
• Sepvirinae
  • Diegovirus
  • Oslovirus
  • Virus de transmisión

Los siguientes géneros no están asignados a una subfamilia: ^{[ 4 ]}

Por último, la especie Pseudomonas virus 119X no está asignada a ningún género o subfamilia. ^{[ 4 ]}

• Viralzone : Podoviridae
• ICTV
• Genomas completos de Podoviridae