Popgenie

PopGenIE (Populus Genome Integrative Explorer) es un conjunto integrado de herramientas para explorar el genoma y el transcriptoma del sistema vegetal modelo Populus .

PopGenie es una base de datos de organismos modelo que reúne la creciente colección de datos genéticos y genómicos generados por la comunidad científica en un recurso centralizado. Estas bases de datos ofrecen un único punto de acceso a la colección de recursos, incluyendo herramientas para explorarlos y consultarlos. PopGenIE contiene un conjunto integrado de herramientas, como navegadores de genoma, sintenia y loci de rasgos cuantitativos, para explorar datos genéticos. Las herramientas de expresión incluyen un navegador de pictogramas fluorescentes electrónicos, gráficos de perfiles de expresión, corregulación dentro de conjuntos de datos transcriptómicos recopilados e identificación de categorías funcionales sobrerrepresentadas y ubicaciones de puntos críticos genómicos. El navegador dispone de varios conjuntos de datos transcriptómicos recopilados para facilitar la exploración funcional de la función génica. También se proporcionan herramientas adicionales de homología y extracción de datos. PopGenIE aumenta significativamente la accesibilidad a los recursos genómicos de Populus y permite explorar datos transcriptómicos sin necesidad de aprender ni comprender métodos complejos de análisis estadístico.

PopGenIE ofrece diversas herramientas (ePlant.eXplot, PopNet, etc.) para analizar datos biológicos. Además, ha archivado sus versiones anteriores. Todas las herramientas están bajo licencia MIT .