Marcador pronóstico

La carcinogénesis implica mutaciones críticas en genes que regulan los puntos de control del ciclo celular, lo que provoca que una célula normal crezca de forma descontrolada. Por lo tanto, los marcadores de ADN proporcionan información directa sobre la carcinogénesis. Estos marcadores suelen ser específicos de cada tipo de cáncer; por ejemplo, las mutaciones FLT3 en la leucemia mieloide aguda, las mutaciones BRCA en el cáncer de mama, las mutaciones BRAF en el melanoma y las mutaciones FGFR3 en el cáncer de vejiga. La detección de mutaciones clave en el cáncer se hace posible gracias al avance de la secuenciación de nueva generación (NGS), que ofrece una secuenciación de alto rendimiento de los amplicones objetivo.

Tabla 1: Marcadores pronósticos de ADN para tipos comunes de cáncer ^{[ 3 ]}

Para tumores líquidos, se puede obtener fácilmente una cantidad suficiente de ADN ya que la extracción de sangre del paciente es simple y no invasiva; para tumores sólidos, a menudo se realiza una biopsia con aguja para recolectar ADN tumoral, un proceso más invasivo con una cantidad limitada de ADN para análisis posteriores. Una fuente alternativa de ADN es el ADN tumoral circulante (ADNtc). El ADNtc se origina principalmente de células tumorales apoptóticas y necróticas que liberan su ADN fragmentado en la circulación. ^{[ 4 ]} Se cree que la cantidad de ADNtc en plasma está correlacionada con la progresión del tumor y, por lo tanto, tiene el potencial de ser utilizado como marcador pronóstico del cáncer. La recolección de ADNtc es menos invasiva en comparación con la biopsia tumoral, ya que solo se necesita una extracción de sangre. Pero el desafío radica en la extracción de ADNtc de la sangre total, la cantidad de ADN obtenida y los métodos para analizar el ADNtc altamente fragmentado.

La epigenética se refiere a cambios hereditarios en la expresión génica que no son causados ​​por alteraciones en la secuencia de ADN. Uno de los marcadores pronósticos más frecuentes es la metilación del ADN , principalmente la metilación de las islas CpG , donde las citosinas en los dinucleótidos CpG pueden metilarse para formar 5-metilcitosinas. Se ha explorado un panel de marcadores de metilación epigenética para el pronóstico del cáncer de ovario, y se ha informado que este panel mostró alta especificidad y sensibilidad (ambas superiores al 70%) como marcador de cribado. ^{[ 5 ]} Los marcadores epigenéticos también han mostrado un potencial prometedor como marcadores pronósticos para el cáncer de vejiga. ^{[ 6 ]}

Mientras que la secuencia de ADN infiere lo que las células podrían hacer, el perfil de expresión indica lo que realmente está sucediendo en un momento determinado. La existencia de moléculas de ARNm específicas y el grado de su expresión sugieren si un gen determinado está "activo" y su nivel de expresión. Por lo tanto, el perfilado de ARNm podría proporcionar información transcripcional posterior sobre el cáncer de una manera más detallada y oportuna. Las tecnologías para el perfilado de ARNm incluyen RT-qPCR para el análisis altamente sensible de pocos ARNm diana, microarrays para el perfilado multiplexado hasta el nivel de transcriptoma completo y secuenciación de ARN de próxima generación, es decir, RNA-seq , ^{[ 7 ]} para el análisis de todas las moléculas de ARN dentro de una célula cancerosa (variantes de empalme alternativo, ARNm, ARN no codificantes y microARN ).

Se han desarrollado paneles de perfiles de ARNm para el cáncer de mama y otros tipos de cáncer. Un conjunto de 97 perfiles de ARNm ha logrado una clasificación molecular satisfactoria del cáncer de mama y se ha comercializado como el ensayo MapQuant Dx Genomic Grade. ^{[ 8 ]}

La técnica empleada para identificar marcadores proteicos es la inmunohistoquímica (IHQ). La tinción IHQ de los marcadores proteicos de interés se realiza en tejidos tumorales, y el tejido teñido muestra la presencia y distribución de dichos marcadores. La ventaja de esta tecnología radica en que proporciona información morfológica sobre los niveles de expresión proteica, y los procedimientos están estandarizados y son de bajo costo. ^{[ 9 ]} Sin embargo, la evaluación del tejido teñido mediante IHQ es menos cuantitativa y está sujeta a sesgos. Además, el número de marcadores proteicos validados para un tipo específico de cáncer es limitado.

Los metabolitos son potencialmente útiles para predecir la respuesta al tratamiento, ya que son el punto final de muchas vías moleculares. ^{[ 10 ]} Por ejemplo, Sreekumar et al. informaron que el nivel de sarcosina, que es un derivado de la glicina, en la orina de los hombres se correlaciona con la metástasis del cáncer de próstata . ^{[ 11 ]}