PROSITE

PROSITE es una base de datos de proteínas . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Consta de entradas que describen las familias de proteínas , los dominios y los sitios funcionales , así como los patrones y perfiles de aminoácidos en ellos. Estos son curados manualmente por un equipo del Instituto Suizo de Bioinformática y están estrechamente integrados en la anotación de proteínas Swiss-Prot . PROSITE fue creado en 1988 por Amos Bairoch , quien dirigió el grupo durante más de 20 años. Desde julio de 2018, el director de PROSITE y Swiss-Prot es Alan Bridge.

Entre las aplicaciones de PROSITE se incluyen la identificación de posibles funciones de proteínas recién descubiertas y el análisis de proteínas conocidas para detectar actividades previamente desconocidas. Las propiedades de genes bien estudiados pueden extrapolarse a organismos biológicamente relacionados, y para genes diferentes o poco conocidos, se pueden predecir funciones bioquímicas a partir de similitudes. PROSITE ofrece herramientas para el análisis de secuencias de proteínas y la detección de motivos (véase motivo de secuencia , patrones de PROSITE ). Forma parte de los servidores de análisis proteómico ExPASy .

La base de datos ProRule se basa en las descripciones de dominio de PROSITE. ^{[ 3 ]} Proporciona información adicional sobre aminoácidos funcional o estructuralmente críticos. Las reglas contienen información sobre residuos biológicamente relevantes, como sitios activos, sitios de unión de sustratos o cofactores , sitios de modificación postraduccional o enlaces disulfuro , para ayudar a determinar la función. Estas reglas pueden generar automáticamente anotaciones basadas en los motivos de PROSITE.

Estadística

A fecha de 26 de febrero de 2022 La versión 2022_01 tiene 1902 entradas de documentación, 1311 patrones, 1336 perfiles y 1352 ProRules.

Véase también

PROSITE añade datos a UniProt , la base de datos universal de proteínas , un recurso central sobre información proteica.
InterPro , una base de datos centralizada que agrupa datos de bases de datos de familias de proteínas, dominios y sitios funcionales, incluye datos procedentes en parte de PROSITE.
Predicción de la localización subcelular de proteínas : otro ejemplo del uso de PROSITE.

Referencias

↑ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detección de coincidencias de firmas PROSITE y residuos funcionales y estructurales asociados a ProRule en proteínas" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de servidor web): W362–365. doi : 10.1093/nar/ gkl124 . PMC 1538847. PMID 16845026 .
^ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). «Los 20 años de PROSITE» . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D245–9. doi : 10.1093/nar/gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .
↑ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: una nueva base de datos que contiene información funcional y estructural sobre perfiles PROSITE" . Bioinformatics . 21 (21): 4060– 4066. doi : 10.1093/bioinformatics/bti614 . PMID 16091411 .

Enlaces externos

Sitio web oficial
ProRule : base de datos de reglas basadas en predictores PROSITE

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detección de coincidencias de firmas PROSITE y residuos funcionales y estructurales asociados a ProRule en proteínas" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de servidor web): W362–365. doi : 10.1093/nar/ gkl124 . PMC 1538847. PMID 16845026 .

[Hulo2007-2] Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). «Los 20 años de PROSITE» . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D245–9. doi : 10.1093/nar/gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: una nueva base de datos que contiene información funcional y estructural sobre perfiles PROSITE" . Bioinformatics . 21 (21): 4060– 4066. doi : 10.1093/bioinformatics/bti614 . PMID 16091411 .

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