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Recurso de información sobre proteínas

El Recurso de Información de Proteínas ( PIR ), ubicado en el Centro Médico de la Universidad de Georgetown , es un recurso bioinformático público integrado para apoyar la inves...

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El Recurso de Información de Proteínas ( PIR ), ubicado en el Centro Médico de la Universidad de Georgetown , es un recurso bioinformático público integrado para apoyar la investigación genómica y proteómica , y los estudios científicos. Contiene bases de datos de secuencias de proteínas [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]

Historia

PIR fue establecida en 1984 por la National Biomedical Research Foundation como un recurso para ayudar a investigadores y usuarios en la identificación e interpretación de información de secuencias de proteínas . Anteriormente, la fundación había compilado la primera colección exhaustiva de secuencias macromoleculares en el Atlas de Secuencia y Estructura de Proteínas, publicado entre 1964 y 1974 bajo la dirección editorial de Margaret Dayhoff . Dayhoff y su grupo de investigación fueron pioneros en el desarrollo de métodos informáticos para la comparación de secuencias de proteínas, la detección de secuencias distantemente relacionadas y duplicaciones dentro de las secuencias, y la inferencia de historias evolutivas a partir de alineamientos de secuencias de proteínas. [ 8 ]

Winona Barker y Robert Ledley asumieron el liderazgo del proyecto tras la muerte de Dayhoff en 1983. En 1999, Cathy H. Wu se unió a la National Biomedical Research Foundation, y más tarde al Centro Médico de la Universidad de Georgetown, para dirigir las iniciativas de bioinformática del PIR, y ha ejercido primero como investigadora principal y, desde 2001, como directora.

Durante cuatro décadas, PIR ha proporcionado numerosas bases de datos de proteínas y herramientas de análisis de acceso gratuito a la comunidad científica, incluida la Base de Datos de Secuencias de Proteínas, la primera base de datos internacional (véase PIR-International), que surgió del Atlas de Secuencias y Estructuras de Proteínas.

En 2002, PIR, junto con sus socios internacionales, el Instituto Europeo de Bioinformática y el Instituto Suizo de Bioinformática , recibieron una subvención de los NIH para crear UniProt , una base de datos mundial única de secuencias y funciones de proteínas, mediante la unificación de las bases de datos Protein Information Resource-Protein Sequence Database, Swiss-Prot y TrEMBL . A partir de 2010, PIR ofrece una amplia variedad de recursos orientados principalmente a ayudar a la propagación y estandarización de la anotación de proteínas: PIRSF, [ 9 ] iProClass e iProLINK.

La Ontología de Proteínas es otra base de datos popular publicada por el Recurso de Información de Proteínas. [ 10 ] [ 11 ]

Referencias

  1. ↑ http://pir.georgetown.edu/ Archivado el 12 de marzo de 2014 en Wayback Machine . Sitio web oficial de PIR en la Universidad de Georgetown.
  2. ↑ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). "Actualización sobre la finalización del genoma y las anotaciones: Recurso de información de proteínas" . Genómica humana . 1 (3): 229– 33. doi : 10.1186/1479-7364-1-3-229 . PMC 3525084. PMID 15588483 .  
  3. ↑ Wu, CH (2003). "The Protein Information Resource" . Nucleic Acids Research . 31 (1): 345– 347. doi : 10.1093 / nar/gkg040 . PMC 165487. PMID 12520019 .  
  4. ^ Wu, CH; Huang, H; Arminski, L; Castro-Alvear, J; Chen, Y; Hu, ZZ; Ledley, RS; Lewis, KC; Mewes, HW; Orcutt, antes de Cristo; Suzek, BE; Tsugita, A; Vinayaka, CR; Sí, LS; Zhang, J; Barker, WC (1 de enero de 2002). "El recurso de información sobre proteínas: un recurso público integrado de anotación funcional de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 35– 37. doi : 10.1093/nar/30.1.35 . ISSN 1362-4962 . PMC 99125 . PMID 11752247 .   
  5. ↑ Barker, WC; Garavelli, JS; Hou, Z.; Huang, H.; Ledley, RS; McGarvey, PB; Mewes, HW; Orcutt, BC; Pfeiffer, F.; Tsugita, A.; Vinayaka, CR; Xiao, C.; Yeh, LS; Wu, C. (2001). "Protein Information Resource: A community resource for expert annotation of protein data" . Nucleic Acids Research . 29 (1): 29– 32. doi : 10.1093/nar/29.1.29 . PMC 29802 . PMID 11125041 .  
  6. ↑ Barker, WC (2000). "The Protein Information Resource (PIR)" . Nucleic Acids Research . 28 (1): 41– 44. doi : 10.1093/nar/28.1.41 . PMC 102418. PMID 10592177 .  
  7. ↑ George, DG; Dodson, RJ; Garavelli, JS; Haft, DH; Hunt, LT; Marzec, CR; Orcutt, BC; Sidman, KE; Srinivasarao, GY; Yeh, L.-SL; Arminski, LM; Ledley, RS; Tsugita, A.; Barker, WC (1997). "The Protein Information Resource (PIR) and the PIR-International Protein Sequence Database" . Nucleic Acids Research . 25 (1): 24–27 . doi : 10.1093/nar/25.1.24 . PMC 146415. PMID 9016497 .  
  8. ↑ Izet, M (2016). "Los científicos más influyentes en el desarrollo de la informática médica (13): Margaret Belle Dayhoff". Acta Inform Med . 24 (4).
  9. ^ Wu, CH; Nikolskaya, A.; Huang, H.; Sí, LS; Natale, DA; Vinayaka, CR; Hu, ZZ; Mazumder, R.; Kumar, S.; Kurtesis, P.; Ledley, RS; Suzek, BE; Arminski, L.; Chen, Y.; Zhang, J.; Cárdenas, JL; Chung, S.; Castro-Alvear, J.; Dinkov, G.; Barker, WC (2004). "PIRSF: sistema de clasificación familiar en Protein Information Resource" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (90001): 112D–114. doi : 10.1093/nar/gkh097 . PMC 308831 . PMID 14681371 .  
  10. ↑ "GeorgeTown.edu - Ontología de proteínas" . Archivado del original el 10 de marzo de 2011. Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
  11. ↑ Chicco, Davide; Masseroli, Marco (2019). «Ontologías biológicas y médicas: Ontología de proteínas (PRO)». Enciclopedia de bioinformática y biología computacional . págs. 832–837 . doi : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8 . ISBN  9780128114322. S2CID 66974875 .