Iniciativa de estándares de proteómica

Varios grupos de trabajo trabajan en varios documentos que abarcan las diferentes áreas de la proteómica : ^{[ 7 ]}

El grupo de trabajo de electroforesis en gel definió los requisitos de presentación de informes para los experimentos de electroforesis en gel. El documento se encuentra en fase de recomendación y ha sido publicado. ^{[ 8 ]} El formato de intercambio de datos correspondiente se llama GelML, y se publicó una versión estable a finales de 2007. ^{[ 9 ]}

El grupo de trabajo de electroforesis en gel también se centra en el análisis de imágenes con la recomendación de informática de imágenes de gel que actualmente se encuentra en la fase de revisión pública, mientras que el formato de intercambio correspondiente es solo un borrador (a abril de 2009). ^{[ 9 ]}

El grupo de trabajo de procesamiento de muestras define los requisitos relativos a todos los pasos de preprocesamiento de muestras que se llevan a cabo antes de la electroforesis en gel o la espectrometría de masas . Dos documentos sobre cromatografía en columna y electroforesis capilar se encuentran en las primeras fases de elaboración, y la preparación y manipulación de muestras sigue siendo un proyecto (a abril de 2009). El formato de intercambio de datos (spML) también está en desarrollo. ^{[ 10 ]}

Los documentos sobre espectrometría de masas ^{[ 11 ]} e informática de espectrometría de masas ^{[ 12 ]} han sido publicados como recomendaciones por el grupo de trabajo de espectrometría de masas.

El grupo de trabajo ha publicado varios formatos de intercambio de datos: mzML, para la captura de datos generados por un espectrómetro de masas, que es una fusión de los formatos anteriores mzData (desarrollado por PSI) y mzXML (desarrollado en el Centro de Proteómica de Seattle en el Instituto de Biología de Sistemas); mzIdentML, para el análisis bioinformático de espectros de masas que captura los resultados de la identificación de proteínas y péptidos a partir de datos de espectrometría de masas; y TraML, para archivos de entrada de monitorización de reacciones seleccionadas . Finalmente, desarrollan MS CV , un vocabulario controlado para usar con los formatos de archivo anteriores. ^{[ 13 ]}

El grupo de trabajo de interacciones moleculares del PSI trabaja exclusivamente con PSI MI XML , un formato de intercambio de datos, y sus ontologías correspondientes. Han publicado las directrices MIMIx (información mínima sobre un experimento de interacción molecular).

También se están planificando o redactando las recomendaciones de MIAPE sobre diseño de estudios, generación de muestras y análisis estadístico de datos. ^{[ 7 ]}

Existen varios repositorios de proteómica que cumplen con los estándares, lo que permite a los investigadores publicar sus datos respetando las directrices MIAPE. Por ejemplo: MIAPEGelDB ^{[ 14 ]} (para datos de electroforesis en gel), PRIDE ^{[ 15 ]} (para datos de espectrometría de masas) y la herramienta ProteoRed MIAPE Generator ^{[ 16 ]} (para datos de electroforesis en gel y espectrometría de masas).

Se prevé que, con el tiempo, los editores de revistas científicas solicitarán a los autores que publiquen todos sus datos en dichos repositorios antes de la publicación .

Existen iniciativas similares que intentan definir requisitos mínimos. Para los microarrays, la Sociedad MGED definió la información mínima sobre un experimento de microarray (MIAME). ^{[ 17 ]} Los estándares para la notificación de la precisión diagnóstica (STARD) están disponibles para estudios que informan sobre la precisión de los diagnósticos médicos . ^{[ 18 ]}