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Articulo de referencia

Gen putativo

Un gen putativo es un segmento de ADN alineado que se cree que es un gen . Los genes putativos pueden compartir similitudes de secuencia con genes ya caracterizados y, por lo ta...

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Un gen putativo es un segmento de ADN alineado que se cree que es un gen . Los genes putativos pueden compartir similitudes de secuencia con genes ya caracterizados y, por lo tanto, se puede inferir que comparten una función similar, aunque la función exacta de los genes putativos sigue siendo desconocida. [ 1 ] Las secuencias recién identificadas se consideran candidatas a genes putativos cuando se encuentran homólogos de esas secuencias asociados con el fenotipo de interés. [ 2 ]

Ejemplos

Ejemplos de estudios que involucran genes putativos incluyen el descubrimiento de 30 genes receptores putativos encontrados en el órgano vomeronasal (OVN) de la rata [ 3 ] y la identificación de 79 cajas TATA putativas encontradas en muchos genomas de plantas. [ 4 ]

Importancia práctica

Para definir y caracterizar un grupo de genes biosintéticos, primero se deben identificar todos los genes putativos dentro de dicho grupo y caracterizar sus funciones. Esto se puede realizar mediante experimentos de complementación y eliminación génica. En el proceso de caracterización de genes putativos, el genoma en estudio se comprende cada vez mejor a medida que se identifican más interacciones. [ 5 ] La identificación de genes putativos es necesaria para estudiar la evolución genómica, ya que una proporción significativa de los genomas conforma familias más grandes de genes relacionados. La evolución genómica ocurre mediante procesos como la duplicación de genes individuales, segmentos del genoma o genomas completos. Estos procesos pueden resultar en pérdida de función , función alterada o ganancia de función , y tienen efectos drásticos en el fenotipo. [ 6 ] [ 7 ]

Las mutaciones del ADN fuera de un gen putativo pueden actuar mediante un efecto posicional, alterando la expresión génica. Estas alteraciones dejan intactos el sistema de transcripción y el promotor del gen, pero pueden afectar a promotores distales, elementos potenciadores/silenciadores o al entorno local de la cromatina. Estas mutaciones pueden estar asociadas a enfermedades o trastornos relacionados con el gen.

Identificación

Los genes putativos pueden identificarse agrupando grandes grupos de secuencias por patrones y ordenándolas por similitud mutua [ 8 ] o pueden inferirse a partir de posibles cajas TATA . [ 9 ]

Los genes putativos también pueden identificarse reconociendo diferencias entre grupos de genes bien conocidos y grupos de genes con un perfil único. [ 10 ]

Se han desarrollado herramientas de software para identificar automáticamente genes putativos. Esto se logra buscando familias de genes y probando la validez de los genes no caracterizados mediante la comparación con genes ya identificados. [ 11 ]

Los productos proteicos pueden identificarse y utilizarse para caracterizar el supuesto gen que los codifica. [ 12 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Alexandre S, Guyaux M, Murphy NB, Coquelet H, Pays A, Steinert M, Pays E (junio de 1988). "Posibles genes de una unidad de transcripción de genes de antígenos específicos de variantes en Trypanosoma brucei" . Biología molecular y celular . 8 (6): 2367–78 . doi : 10.1128/mcb.8.6.2367 . PMC 363435. PMID 3405209 .  
  2. ↑ Mishima K, Hirao T, Tsubomura M, Tamura M, Kurita M, Nose M, et al. (abril de 2018). "Identificación de nuevos genes putativos causantes y marcadores genéticos para la esterilidad masculina en el cedro japonés (Cryptomeria japonica D.Don)" . BMC Genomics . 19 (1) 277. doi : 10.1186/s12864-018-4581-5 . PMC 5914023. PMID 29685102 .   
  3. ↑ Dulac C, Axel R (octubre de 1995). "Una nueva familia de genes que codifican supuestos receptores de feromonas en mamíferos" . Cell . 83 (2): 195–206 . doi : 10.1016/0092-8674(95)90161-2 . PMID 7585937. S2CID 18784638 .  
  4. ↑ Joshi CP (agosto de 1987). "Una inspección del dominio entre la supuesta caja TATA y el sitio de inicio de la traducción en 79 genes de plantas" . Nucleic Acids Research . 15 (16): 6643– 53. doi : 10.1093 / nar/15.16.6643 . PMC 306128. PMID 3628002 .  
  5. ↑ Wawrzyn GT, Bloch SE, Schmidt-Dannert C (1 de enero de 2012). «Descubrimiento y caracterización de las vías biosintéticas de terpenoides en hongos». En Hopwood (ed.). Biosíntesis de productos naturales por microorganismos y plantas, parte A. Métodos en enzimología. Vol. 515. págs. 83–105 . doi : 10.1016/b978-0-12-394290-6.00005-7 . ISBN   978-0-12-394290-6. PMID 22999171 . 
  6. ↑ Frank RL, Mane A, Ercal F (septiembre de 2006). "Un método automatizado para la identificación rápida de presuntos miembros de familias de genes en plantas" . BMC Bioinformatics . 7 (2) S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-S2-S19 . PMC 1683565. PMID 17118140 .  
  7. ↑ Emery AE (2013). «Recuerdos personales de David Rimoin». Principios y práctica de la genética médica de Emery y Rimoin . Elsevier. p. i. doi : 10.1016/b978-0-12-383834-6.11001-8 . ISBN  978-0-12-383834-6.
  8. ↑ Aouf M, Liyanage L (26-09-2012). "Análisis de datos de expresión génica de levadura de alta dimensionalidad mediante minería de datos" . Applied Mechanics and Materials . 197 : 515–522 . Bibcode : 2012AMM...197..515A . doi : 10.4028/www.scientific.net/amm.197.515 . S2CID 109965976 . 
  9. ↑ Joshi CP (agosto de 1987). "Una inspección del dominio entre la supuesta caja TATA y el sitio de inicio de la traducción en 79 genes de plantas" . Nucleic Acids Research . 15 (16): 6643– 53. doi : 10.1093 / nar/15.16.6643 . PMC 306128. PMID 3628002 .  
  10. ↑ Mihali TK, Carmichael WW, Neilan BA (febrero de 2011). "Un presunto grupo de genes de una floración de Lyngbya wollei que codifica la biosíntesis de toxinas paralizantes de mariscos" . PLOS ONE . 6 (2) e14657. Bibcode : 2011PLoSO...614657M . doi : 10.1371/journal.pone.0014657 . PMC 3037375. PMID 21347365 .  
  11. ↑ Frank RL, Mane A, Ercal F (septiembre de 2006). "Un método automatizado para la identificación rápida de miembros putativos de familias de genes en plantas" . BMC Bioinformatics . 7 Suppl 2 (2) S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-S2-S19 . PMC 1683565. PMID 17118140 .  
  12. ↑ Denison M, Perlman S (abril de 1987). "Identificación del producto del gen de la polimerasa putativa en células infectadas con el coronavirus murino A59" . Virology . 157 ( 2): 565–8 . doi : 10.1016/0042-6822(87)90303-5 . PMC 7131660. PMID 3029990 .  
  • Buscador de ORF del NCBI para analizar marcos de lectura abiertos (ORF) a partir de secuencias de nucleótidos.