Articulo de referencia

Q-RASAR

El concepto de Relación Estructura-Actividad Cuantitativa de Lectura Cruzada (q-RASAR) fue desarrollado por el Laboratorio DTC de la Universidad de Jadavpur mediante la fusión d...

El concepto de Relación Estructura-Actividad Cuantitativa de Lectura Cruzada (q-RASAR) fue desarrollado por el Laboratorio DTC de la Universidad de Jadavpur mediante la fusión de Read-Across y QSAR . Se trata de un enfoque de modelado estadístico que utiliza medidas basadas en la similitud y el error como descriptores, además de los descriptores estructurales y fisicoquímicos habituales, y se ha demostrado que mejora la predictividad externa de los modelos QSAR/QSPR. [ 1 ]

El novedoso método de relación estructura-actividad cuantitativa por extrapolación (q-RASAR) combina las ventajas de QSAR y la extrapolación, lo que resulta en una mayor capacidad predictiva con el mismo nivel de información química. Este método utiliza consideraciones basadas en la similitud, pero puede generar modelos sencillos, interpretables y transferibles. Puede aplicarse a cualquier tipo de descriptores estructurales y fisicoquímicos , así como a cualquier algoritmo de modelado.

El enfoque q-RASAR ha sido utilizado por diferentes grupos de investigación para diferentes puntos finales. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Entre los diferentes descriptores RASAR, la función RA , la similitud promedio y gm (coeficiente de concordancia de Banerjee-Roy) han demostrado gran importancia en el modelado en algunos estudios. [ 5 ] En 2023, los coeficientes de similitud de Banerjee-Roy sm 1 y sm2 también se propusieron para identificar posibles acantilados de actividad en un conjunto de datos. [ 6 ] El enfoque q-RASAR tiene el potencial de llenar brechas de datos en toxicología predictiva , ciencia de materiales , química medicinal , ciencias de los alimentos , nanociencias , ciencias agrícolas , etc.

Se encuentra disponible una presentación tutorial sobre q-RASAR. Recientemente, el marco de trabajo q-RASAR se ha mejorado mediante su integración con los descriptores ARKA en QSAR . [ 7 ]

Referencias

  1. Banerjee, Arkaprava; Roy, Kunal (octubre de 2022). "Primer informe de modelado q-RASAR hacia un enfoque de fácil interpretabilidad y eficiente transferibilidad". Molecular Diversity . 26 (5): 2847– 2862. doi : 10.1007/s11030-022-10478-6 . PMID 35767129 . 
  2. Chen, Shuo; Sun, Guohui; Fan, Tengjiao; Li, Feifan; Xu, Yuancong; Zhang, Na; Zhao, Lijiao; Zhong, Rugang (junio de 2023). "Estudio ecotoxicológico QSAR de hidrocarburos aromáticos policíclicos fusionados/no fusionados (FNFPAH): evaluación y clasificación de prioridad de la toxicidad aguda para Pimephales promelas mediante métodos QSAR y de modelado de consenso". Science of the Total Environment . 876 162736. Bibcode : 2023ScTEn.87662736C . doi : 10.1016/j.scitotenv.2023.162736 . PMID 36907405 . 
  3. Sobańska, Anna W. (julio de 2023). "Evaluación in silico de los riesgos asociados a la exposición a plaguicidas durante el embarazo". Chemosphere . 329 138649. Bibcode : 2023Chmsp.32938649S . doi : 10.1016/j.chemosphere.2023.138649 . PMID 37043889 . 
  4. Yang, Lu; Tian, ​​Ruya; Li, Zhoujing; Ma, Xiaomin; Wang, Hongyan; Sun, Wei (julio de 2023). "Evaluación de la toxicidad basada en datos de sustancias químicas orgánicas contra especies de Gammarus utilizando un enfoque QSAR". Chemosphere . 328 138433. Bibcode : 2023Chmsp.32838433Y . doi : 10.1016/j.chemosphere.2023.138433 . PMID 36963572 . 
  5. 1 2 Banerjee, Arkaprava; Roy, Kunal (20 de marzo de 2023). "Sobre algunas nuevas funciones basadas en similitud utilizadas en el enfoque q-RASAR basado en ML para predicciones cuantitativas eficientes de puntos finales de toxicidad seleccionados". Chemical Research in Toxicology . 36 (3): 446– 464. doi : 10.1021/acs.chemrestox.2c00374 . PMID 36811528 . 
  6. Banerjee, Arkaprava; Roy, Kunal (18 de septiembre de 2023). "Entrenamiento inteligente inspirado en la predicción para el desarrollo de modelos de relación estructura-actividad de lectura cruzada de clasificación (c-RASAR) para sensibilizantes cutáneos orgánicos: evaluación de la tasa de error de clasificación a partir de nuevos coeficientes de similitud". Chemical Research in Toxicology . 36 (9): 1518– 1531. doi : 10.1021/acs.chemrestox.3c00155 . PMID 37584642 . 
  7. Banerjee, Arkaprava; Roy, Kunal (2 de abril de 2025). "El marco ARKA multiclase para el desarrollo de modelos q-RASAR mejorados para puntos finales de toxicidad ambiental". Environmental Science: Processes Impacts . doi : 10.1039/D5EM00068H . PMID 40227888 .