Articulo de referencia

QST (genética)

En genética cuantitativa , Q ST es una estadística destinada a medir el grado de diferenciación genética entre poblaciones con respecto a un rasgo cuantitativo . Fue desarrollad...

En genética cuantitativa , Q ST es una estadística destinada a medir el grado de diferenciación genética entre poblaciones con respecto a un rasgo cuantitativo . Fue desarrollada por Ken Spitze en 1993. [ 1 ] Su nombre refleja que Q ST fue concebida para ser análoga al índice de fijación para un único locus genético (F ST ). [ 2 ] [ 3 ] Q ST se compara frecuentemente con F ST de loci neutros para probar si la variación en un rasgo cuantitativo es resultado de selección divergente o deriva genética, un análisis conocido como comparaciones Q ST –F ST .

Cálculo de Q ST

Ecuaciones

Q ST representa la proporción de varianza entre subpoblaciones, y su cálculo es sinónimo de F ST desarrollado por Sewall Wright . [ 4 ] Sin embargo, en lugar de utilizar la diferenciación genética, Q ST se calcula hallando la varianza de un rasgo cuantitativo dentro y entre subpoblaciones, y para la población total. [ 1 ] La varianza de un rasgo cuantitativo entre poblaciones (σ 2 GB ) se describe como:

σGRAMOB2=(1QST)σT2{\displaystyle \sigma _{GB}^{2}=(1-Q_{ST})\sigma _{T}^{2}}

Y la varianza de un rasgo cuantitativo dentro de las poblaciones (σ 2 GW ) se describe como:

σGRAMOW2=2QSTσT2{\displaystyle \sigma _{GW}^{2}=2Q_{ST}\sigma _{T}^{2}}

Donde σ²T es la varianza genética total en todas las poblaciones. Por lo tanto, QST se puede calcular con la siguiente ecuación:

QST=σGRAMOB2σGRAMOB2+2σGRAMOW2{\displaystyle Q_{ST}={\frac {\sigma _{GB}^{2}}{\sigma _{GB}^{2}+2\sigma _{GW}^{2}}}}

Supuestos

El cálculo de Q ST está sujeto a varias suposiciones: las poblaciones deben estar en equilibrio de Hardy-Weinberg , se supone que la variación observada se debe únicamente a efectos genéticos aditivos , no hay selección ni desequilibrio de ligamiento , [ 5 ] y las subpoblaciones existen dentro de un modelo de isla. [ 6 ]

Comparaciones Q ST – F ST

Los análisis Q ST –F ST suelen implicar el cultivo de organismos en condiciones ambientales consistentes, conocidos como experimentos de jardín común , [ 7 ] y la comparación de la varianza fenotípica con la varianza genética. Si se encuentra que Q ST supera a F ST , esto se interpreta como evidencia de selección divergente, ya que indica una mayor diferenciación en el rasgo de la que podría producirse únicamente por deriva genética . Si Q ST es menor que F ST , se espera que exista selección equilibradora . Si los valores de Q ST y F ST son equivalentes, la diferenciación del rasgo observada podría deberse a la deriva genética. [ 6 ]

La comparación adecuada de Q ST y F ST está sujeta a múltiples supuestos ecológicos y evolutivos, [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] y desde el desarrollo de Q ST , múltiples estudios han examinado las limitaciones y restricciones de los análisis Q ST –F ST . Leinonen et al. señalan que F ST debe calcularse con loci neutros, sin embargo, el filtrado excesivo de loci no neutros puede reducir artificialmente los valores de F ST . [ 7 ] Cubry et al. encontraron que Q ST se reduce en presencia de dominancia , lo que resulta en estimaciones conservadoras de selección divergente cuando Q ST es alto, y resultados no concluyentes de selección equilibradora cuando Q ST es bajo. [ 5 ] Además, la estructura de la población puede afectar significativamente las razones Q ST –F ST . Los modelos de escalones, que pueden generar más ruido evolutivo que los modelos de islas, son más propensos a experimentar errores de tipo 1. [ 6 ] Si un subconjunto de poblaciones actúa como fuentes, como durante una invasión , ponderar las contribuciones genéticas de cada población puede aumentar la detección de la adaptación. [ 11 ] Para mejorar la precisión de los análisis Q ST , se deberían incluir más poblaciones (>20) en los análisis. [ 12 ]

Aplicaciones de Q ST en la literatura

Múltiples estudios han incorporado Q ST para separar los efectos de la selección natural y la deriva genética, y a menudo se observa que Q ST supera a F ST , lo que indica adaptación local. [ 13 ] En un estudio de restauración ecológica , Bower y Aitken utilizaron Q ST para evaluar poblaciones adecuadas para la transferencia de semillas de pino de corteza blanca . Encontraron altos valores de Q ST en muchas poblaciones, lo que sugiere adaptación local para características adaptadas al frío. [ 14 ] Durante una evaluación de la especie invasora Brachypodium sylvaticum , Marchini et al. encontraron divergencia entre poblaciones nativas e invasoras durante el establecimiento inicial en el rango invadido, pero una divergencia mínima durante la expansión del rango . [ 11 ] En un examen de la boca de dragón común ( Antirrhinum majus ) a lo largo de un gradiente de elevación, los análisis Q ST –F ST revelaron diferentes tendencias de adaptación entre dos subespecies ( A. m. pseudomajus y A. m. striatum ). Mientras que ambas subespecies se encuentran en todas las elevaciones, A. m. A. m. striatum presentó valores Q ST altos para rasgos asociados con la adaptación a la altitud: altura de la planta, número de ramas y longitud del entrenudo. A. m. pseudomajus presentó valores Q ST más bajos que F ST para el tiempo de germinación. [ 15 ]

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Spitze K (octubre de 1993). " Estructura poblacional en Daphnia obtusa: variación genética cuantitativa y aloenzimática" . Genetics . 135 (2): 367– 374. doi : 10.1093/genetics/135.2.367 . PMC 1205642. PMID 8244001 .  
  2. Whitlock MC (abril de 2008). "Inferencia evolutiva a partir de QST" . Molecular Ecology . 17 (8): 1885– 1896. Bibcode : 2008MolEc..17.1885W . doi : 10.1111/j.1365-294X.2008.03712.x . PMID 18363667 . 
  3. McKay JK, Latta RG (junio de 2002). "Divergencia adaptativa de poblaciones: marcadores, QTL y rasgos". Trends in Ecology & Evolution . 17 (6): 285– 291. doi : 10.1016/S0169-5347(02)02478-3 .
  4. Wright S (1949). "La estructura genética de las poblaciones" . Anales de eugenesia . 15 (4): 323– 354. doi : 10.1111/j.1469-1809.1949.tb02451.x . PMID 24540312 . 
  5. 1 2 Cubry P, Scotti I, Oddou-Muratorio S, Lefèvre F (noviembre de 2017). "Generalización del marco Q ST en poblaciones estructuradas jerárquicamente: Impactos de la endogamia y la dominancia " (PDF) . Molecular Ecology Resources . 17 (6): e76– e83. doi : 10.1111/1755-0998.12693 . PMID 28681534. S2CID 206947951 .  
  6. 1 2 3 de Villemereuil P, Gaggiotti OE, Goudet J (2022). "Los experimentos de jardín común para estudiar la adaptación local deben tener en cuenta la estructura de la población" . Journal of Ecology . 110 (5): 1005– 1009. Bibcode : 2022JEcol.110.1005D . doi : 10.1111/1365-2745.13528 . hdl : 10023/24327 . ISSN 0022-0477 . S2CID 225136876 .  
  7. 1 2 Leinonen T, McCairns RJ, O'Hara RB, Merilä J (marzo de 2013). "Comparaciones Q(ST)–F(ST): perspectivas evolutivas y ecológicas a partir de la heterogeneidad genómica". Nature Reviews. Genetics . 14 (3): 179– 190. doi : 10.1038/nrg3395 . PMID 23381120 . S2CID 6312222 .  
  8. Pujol B, Wilson AJ, Ross RI, Pannell JR (noviembre de 2008). "¿Son significativas las comparaciones Q(ST)-F(ST) para poblaciones naturales?". Molecular Ecology . 17 (22): 4782– 4785. Bibcode : 2008MolEc..17.4782P . doi : 10.1111/j.1365-294X.2008.03958.x . PMID 19140971. S2CID 11707577 .  
  9. Leinonen T, O'Hara RB, Cano JM, Merilä J (enero de 2008). "Estudios comparativos de la divergencia de rasgos cuantitativos y marcadores neutros: un metaanálisis" . Journal of Evolutionary Biology . 21 (1): 1– 17. doi : 10.1111/j.1420-9101.2007.01445.x . PMID 18028355. S2CID 1037769 .  
  10. Miller JR, Wood BP, Hamilton MB (octubre de 2008). "F(ST) y Q(ST) bajo neutralidad" . Genetics . 180 ( 2): 1023– 1037. doi : 10.1534/genetics.108.092031 . PMC 2567353. PMID 18780742 .  
  11. 1 2 Marchini GL, Arredondo TM, Cruzan MB (noviembre de 2018). "Diferenciación selectiva durante la colonización y el establecimiento de una nueva especie invasora" . Journal of Evolutionary Biology . 31 (11): 1689– 1703. doi : 10.1111/jeb.13369 . PMID 30120791. S2CID 52031406 .  
  12. O'Hara RB, Merilä J (noviembre de 2005). " Sesgo y precisión en las estimaciones QST: problemas y algunas soluciones" . Genetics . 171 (3): 1331– 1339. doi : 10.1534/genetics.105.044545 . PMC 1456852. PMID 16085700 .  
  13. Merilä, J.; Crnokrak, P. (2001). "Comparación de la diferenciación genética en loci marcadores y rasgos cuantitativos: selección natural y diferenciación genética" . Journal of Evolutionary Biology . 14 (6): 892– 903. doi : 10.1046/j.1420-9101.2001.00348.x . S2CID 83979407 . 
  14. Bower, Andrew D.; Aitken, Sally N. (2008). "Genética ecológica y directrices para la transferencia de semillas de Pinus albicaulis (Pinaceae)" . American Journal of Botany . 95 (1): 66–76 . doi : 10.3732/ajb.95.1.66 . PMID 21632316 . 
  15. Marin, Sara; Gibert, Anaïs; Archambeau, Juliette; Bonhomme, Vincent; Lascoste, Mylène; Pujol, Benoit (2020). "Potencial divergencia adaptativa entre subespecies y poblaciones de plantas de boca de dragón inferida a partir de comparaciones Q ST – F ST" . Molecular Ecology . 29 (16): 3010– 3021. Bibcode : 2020MolEc..29.3010M . doi : 10.1111/mec.15546 . ISSN 0962-1083 . PMC 7540467. PMID 32652730 .