Cupriavidus necator es una bacteria del suelo Gram-negativa de la clase Betaproteobacteria . [ 1 ]
Taxonomía
Cupriavidus necator ha pasado por una serie de cambios de nombre. En la primera mitad del siglo XX, muchos microorganismos fueron aislados por su capacidad de usar hidrógeno. Los organismos quimiolitotróficos metabolizadores de hidrógeno se agruparon en el grupo Hydrogenomonas . [ 2 ] C. necator fue originalmente llamado Hydrogenomonas eutrophus porque entraba dentro de la clasificación Hydrogenomonas y era "bien nutrido y robusto". [ 3 ] Algunos de los cultivos originales de H. eutrophus aislados fueron por Bovell y Wilde. [ 4 ] [ 5 ] Después de caracterizar la morfología celular , el metabolismo y el contenido de GC , la nomenclatura Hydrogenomonas fue disuelta porque comprendía muchas especies de microorganismos. [ 2 ] H. eutrophus fue renombrado entonces Alcaligenes eutropha porque era un microorganismo con flagelación peritrica degenerada . [ 3 ] [ 6 ] Al investigar el fenotipo , la composición lipídica , la composición de ácidos grasos y el análisis del ARNr 16S , se encontró que A. eutropha pertenecía al género Ralstonia y se denominó Ralstonia eutropha . [ 1 ] Tras un estudio más profundo del género, se encontró que Ralstonia comprendía dos grupos fenotípicamente distintos. El nuevo género Wautersia se creó a partir de uno de estos grupos que incluía a R. eutropha . A su vez , R. eutropha fue renombrada Wautersia eutropha . [ 7 ] Al observar la hibridación ADN-ADN y la comparación fenotípica con Cupriavidus necator , se encontró que W. eutropha era la misma especie que C. necator descrita previamente . Debido a que C. necator fue nombrada en 1987 mucho antes del cambio de nombre a R. eutropha y W. eutropha , el nombre C. necator fue asignado a R. eutropha de acuerdo con la Regla 23a del Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias .8 ]
Metabolismo
Cupriavidus necator es una bacteria oxidante de hidrógeno ("bacteria knallgas") capaz de crecer en la interfaz de ambientes anaeróbicos y aeróbicos. Puede adaptarse fácilmente entre estilos de vida heterótrofos y autótrofos . Tanto los compuestos orgánicos como el hidrógeno pueden usarse como fuente de energía [ 9 ] C. necator puede realizar respiración aeróbica o anaeróbica por desnitrificación de nitrato y/o nitrito a nitrógeno gaseoso. [ 10 ] Cuando crece en condiciones autótrofas, C. necator fija carbono a través de la vía reductiva de las pentosas fosfato . [ 11 ] Se sabe que produce y secuestra plásticos de polihidroxialcanoato (PHA) cuando se expone a cantidades excesivas de sustrato de azúcar. El PHA puede acumularse a niveles de alrededor del 90% del peso seco de la célula. [ 12 ] Para caracterizar mejor el estilo de vida de C. necator , se han secuenciado los genomas de dos cepas . [ 9 ] [ 13 ]
hidrogenasas
Cupriavidus necator puede utilizar hidrógeno gaseoso como fuente de energía cuando crece en condiciones autotróficas. Contiene cuatro hidrogenasas diferentes que tienen sitios activos [Ni-Fe] y todas realizan esta reacción: [ 14 ] [ 15 ]
- H 22H + + 2e −
Las hidrogenasas de C. necator son como otras hidrogenasas [Ni-Fe] típicas porque están formadas por una subunidad grande y una pequeña. La subunidad grande es donde reside el sitio activo [Ni-Fe] y la subunidad pequeña está compuesta por cúmulos [Fe-S] . [ 16 ] Sin embargo, las hidrogenasas de C. necator son diferentes de las hidrogenasas [Ni-Fe] típicas porque son tolerantes al oxígeno y no son inhibidas por el CO . [ 14 ] Si bien las cuatro hidrogenasas realizan la misma reacción en la célula, cada hidrogenasa está vinculada a un proceso celular diferente. Las diferencias entre la hidrogenasa reguladora, la hidrogenasa unida a la membrana, la hidrogenasa soluble y la hidrogenasa actinobacteriana en C. necator se describen a continuación.
hidrogenasa reguladora
La primera hidrogenasa es una hidrogenasa reguladora (RH) que indica a la célula la presencia de hidrógeno. La RH es una proteína que contiene subunidades de hidrogenasa [Ni-Fe] grandes y pequeñas unidas a una subunidad de proteína quinasa de histidina . [ 17 ] El hidrógeno gaseoso se oxida en el centro [Ni-Fe] de la subunidad grande y, a su vez, reduce los clústeres [Fe-S] de la subunidad pequeña. Se desconoce si los electrones se transfieren de los clústeres [Fe-S] al dominio de la proteína quinasa. [ 14 ] La proteína quinasa de histidina activa un regulador de respuesta . El regulador de respuesta es activo en su forma desfosforilada. El regulador de respuesta desfosforilado promueve la transcripción de la hidrogenasa unida a la membrana y la hidrogenasa soluble. [ 18 ]
hidrogenasa unida a la membrana
La hidrogenasa unida a la membrana (MBH) está conectada a la cadena respiratoria a través de una proteína específica relacionada con el citocromo b en C. necator . [ 19 ] El hidrógeno gaseoso se oxida en el sitio activo [Ni-Fe] en la subunidad grande y los electrones se transportan a través de los grupos [Fe-S] en la subunidad pequeña hacia la proteína similar al citocromo b. [ 14 ] La MBH se localiza en la membrana citoplasmática externa . Recupera energía para la célula canalizando electrones hacia la cadena respiratoria y aumentando el gradiente de protones . [ 19 ] La MBH en C. necator no es inhibida por el CO y es tolerante al oxígeno. [ 20 ]
hidrogenasa reductora de NAD+
La hidrogenasa reductora de NAD+ (hidrogenasa soluble, SH) crea una equivalencia reductora de NADH mediante la oxidación del hidrógeno gaseoso. La SH es una proteína heterohexamérica [ 21 ] con dos subunidades que forman las subunidades grande y pequeña de la hidrogenasa [Ni-Fe] y las otras dos subunidades que comprenden un módulo reductasa similar al del Complejo I. [ 22 ] El sitio activo [Ni-Fe] oxida el hidrógeno gaseoso que transfiere electrones a un cofactor FMN-a , luego a un relé de clúster [Fe-S] de la subunidad pequeña de la hidrogenasa y el módulo reductasa, luego a otro cofactor FMN-b y finalmente a NAD + . [ 14 ] Las equivalencias reductoras se utilizan luego para fijar dióxido de carbono cuando C. necator crece autotróficamente.
El sitio activo de la SH de C. necator H16 ha sido ampliamente estudiado debido a que C. necator H16 puede producirse en grandes cantidades, puede manipularse genéticamente y puede analizarse con técnicas espectrográficas . Sin embargo, actualmente no se dispone de una estructura cristalina de la hidrogenasa soluble de C. necator H16 en presencia de oxígeno para determinar las interacciones del sitio activo con el resto de la proteína. [ 14 ]
Hidrogenasas [Ni-Fe] anaeróbicas típicas
La hidrogenasa [Ni-Fe] de Desulfovibrio vulgaris y D. gigas tienen estructuras proteicas similares entre sí y representan hidrogenasas [Ni-Fe] típicas. [ 14 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] La subunidad grande contiene el sitio activo [Ni-Fe] enterrado profundamente en el núcleo de la proteína y la subunidad pequeña contiene clústeres [Fe-S]. El átomo de Ni está coordinado a la hidrogenasa de Desulfovibrio por 4 ligandos de cisteína . Dos de estos mismos ligandos de cisteína también unen el Fe del sitio activo [Ni-Fe]. [ 23 ] [ 24 ] El átomo de Fe también contiene tres ligandos, un CO y dos CN que completan el sitio activo. [ 26 ] Estos ligandos adicionales podrían contribuir a la reactividad o ayudar a estabilizar el átomo de Fe en el estado de oxidación de bajo espín +2. [ 23 ] Las hidrogenasas [NiFe] típicas, como las de D. vulgaris y D. gigas, se envenenan con oxígeno porque un átomo de oxígeno se une fuertemente al sitio activo de NiFe. [ 20 ]
C. necator tolerante al oxígeno SH
La SH en C. necator es única para otros organismos porque tolera el oxígeno. [ 27 ] Se ha estudiado el sitio activo de la SH para comprender por qué esta proteína tolera el oxígeno. Un estudio reciente mostró que la tolerancia al oxígeno implementada en la SH se basa en una desintoxicación catalítica continua de O 2 [Ref faltante]. Los genes que codifican esta SH pueden regularse positivamente en condiciones de crecimiento heterotrófico utilizando glicerol en el medio de cultivo [ 28 ] y esto permite la producción aeróbica y la purificación de la misma enzima. [ 29 ]
Aplicaciones
Las hidrogenasas tolerantes al oxígeno de C. necator se han estudiado para diversos fines. C. necator se estudió como un organismo atractivo para ayudar a sustentar la vida en el espacio. Puede fijar dióxido de carbono como fuente de carbono, utilizar la urea de la orina como fuente de nitrógeno y utilizar hidrógeno como fuente de energía para crear cultivos densos que podrían utilizarse como fuente de proteínas. [ 30 ] [ 31 ]
La electrólisis del agua es una forma de crear atmósfera oxigenada en el espacio y se investigó a C. necator para reciclar el hidrógeno producido durante este proceso. [ 32 ]
Las hidrogenasas tolerantes al oxígeno se están utilizando para investigar biocombustibles. Las hidrogenasas de C. necator se han utilizado para recubrir superficies de electrodos para crear pilas de combustible de hidrógeno tolerantes al oxígeno y al monóxido de carbono [ 20 ] y para diseñar complejos ligeros productores de hidrógeno [ 33 ] . Además, las hidrogenasas de C. necator se han utilizado para crear sensores de hidrógeno [ 34 ] . C. necator modificado genéticamente puede producir isobutanol a partir de CO₂.2 que pueden sustituir directamente o mezclarse conla gasolina. El organismo emite el isobutanol sin necesidad de ser destruido para obtenerlo. [ 35 ]
Fijación de carbono y producción de bioplásticos
Además de su capacidad para sintetizar polihidroxialcanoatos (PHA), Cupriavidus necator puede canalizar el carbono derivado de la fijación de CO₂ hacia la producción de polímeros. El carbono asimilado a través del ciclo de Calvin-Benson-Bassham ingresa al metabolismo central y puede redirigirse hacia la biosíntesis de polihidroxibutirato (PHB) , particularmente en condiciones de limitación de nutrientes, como el agotamiento de nitrógeno. [ 36 ] [ 37 ]
Este cambio en la asignación de carbono refleja una estrategia metabólica en la que el exceso de carbono fijado se almacena como PHB en lugar de utilizarse para el crecimiento. El PHB funciona como una reserva intracelular de carbono y energía y puede movilizarse cuando los recursos externos se vuelven limitados. [ 36 ] Debido a su biodegradabilidad y biocompatibilidad, el PHB se considera una alternativa prometedora a los plásticos derivados del petróleo. [ 38 ]
El acoplamiento de la fijación de carbono y la acumulación de PHB ha despertado interés en la biotecnología sostenible, ya que permite la conversión de CO₂ en materiales de valor añadido. Como resultado, se ha investigado a C. necator como organismo plataforma para la producción de bioplásticos a partir de sustratos gaseosos como CO₂, H₂ y O₂, vinculando el secuestro de carbono con la fabricación de materiales. [ 39 ]
La distribución del flujo de carbono entre la formación de biomasa y la acumulación de PHB está influenciada por las condiciones ambientales, incluyendo la disponibilidad de nutrientes, los niveles de oxígeno y el suministro de sustrato. [ 37 ] [ 40 ] En condiciones de limitación de nutrientes o exceso de carbono, el flujo metabólico a menudo se redirige hacia la síntesis de PHB, mientras que las condiciones que favorecen el crecimiento rápido tienden a priorizar la producción de biomasa. [ 37 ]
Se han utilizado estudios a nivel de sistemas, incluyendo modelos metabólicos a escala genómica y análisis de balance de flujo, para investigar cómo estos factores ambientales afectan la distribución del flujo de carbono y para identificar estrategias para mejorar los rendimientos de PHB en aplicaciones biotecnológicas. [ 41 ]
Usos industriales
Investigadores de la UCLA han modificado genéticamente una cepa de la especie C. necator (anteriormente conocida como R. eutropha H16) para producir isobutanol a partir de CO₂ utilizando electricidad generada por una célula solar. El proyecto, financiado por el Departamento de Energía de EE. UU., es un potencial electrocombustible de alta densidad energética que podría utilizar la infraestructura existente para reemplazar el petróleo como combustible para el transporte. [ 42 ]
Ingenieros químicos y biomoleculares del Instituto Avanzado de Ciencia y Tecnología de Corea han presentado una forma escalable de convertir el CO₂ del aire en un poliéster mediante el uso de C. necator . [ 43 ]
Más allá de las aplicaciones basadas en CO₂ , C. necator se utiliza para la producción biotecnológica de polihidroxibutirato (PHB), un precursor clave para los bioplásticos , a partir de sustratos renovables como la dextrosa derivada de la yuca , con modelado de redes metabólicas (por ejemplo, análisis de balance de flujo ), lo que ayuda a la optimización del proceso y al diseño de estrategias de alimentación en bioprocesos. [ 44 ]
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Enlaces externos
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- Burkholderiaceae
- Bacterias descritas en 1969
- Formatotrofos
- bacterias Gram negativas