Ram Samudrala

Ram Samudrala es profesor de biología computacional y bioinformática en la Universidad de Buffalo , Estados Unidos. ^{[ 3 ]} Investiga el plegamiento, la estructura, la función, la interacción, el diseño y la evolución de las proteínas . ^{[ 4 ]}

Samudrala obtuvo sus títulos de pregrado en Ciencias de la Computación y Genética en la Universidad de Ohio Wesleyan como becario de Wesleyan, y completó su doctorado en Biología Computacional con John Moult en la Universidad de Maryland en 1997 como becario de Life Technologies.

Entre 1997 y 2000, fue becario postdoctoral con Michael Levitt en la Universidad de Stanford . En 2001, Samudrala se convirtió en el primer miembro del profesorado contratado por la Universidad de Washington en el marco de la Iniciativa de Tecnología Avanzada en Enfermedades Infecciosas, creada por la Legislatura del Estado de Washington "como un puente entre la investigación y la educación de vanguardia y la nueva actividad económica". ^{[ 5 ]} Fue ascendido a profesor asociado en 2006. En 2014, se convirtió en profesor y jefe de la División de Bioinformática de la Universidad Estatal de Nueva York en Buffalo. ^{[ 6 ]}

La investigación de Samudrala se centra en la proteómica y ha participado regularmente en los desafíos de predicción de estructura de proteínas CASP desde su inicio. Su trabajo con Moult y Levitt se encuentra entre las primeras mejoras de la predicción ciega de la estructura de proteínas en las categorías de modelado comparativo y sin plantilla. ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]} Con Moult, fue el primero en desarrollar y aplicar métodos probabilísticos y de teoría de grafos para predecir con precisión las interacciones para el modelado comparativo de estructuras de proteínas. ^{[ 10 ] [ 11 ]} Con Levitt, desarrolló un enfoque jerárquico combinado para la predicción de estructura de novo ^{[ 12 ]} así como la base de datos Decoys 'R' Us para evaluar funciones de discriminación. ^{[ 13 ]}

En la Universidad de Washington , el grupo de investigación de Samudrala desarrolló una serie de algoritmos y módulos de servidor web para predecir la estructura, ^{[ 14 ]} función, ^{[ 15 ]} e interacciones de proteínas ^{[ 16 ]} conocidos como Protinfo. ^{[ 17 ] [ 18 ]} El grupo luego aplicó estos métodos a proteomas de organismos, creando un marco conocido como Bioverse ^{[ 19 ] [ 20 ]} para explorar las relaciones entre los mundos atómico, molecular, genómico, proteómico, de sistemas y de organismos. El marco Bioverse realiza análisis y predicciones basados ​​en datos de secuencias genómicas para anotar y comprender la interacción de la secuencia, estructura y función de las proteínas, tanto a nivel de molécula individual como de sistemas. El marco se utilizó para anotar la secuencia completa del genoma del arroz publicada en 2005. ^{[ 21 ]}

El grupo de Samudrala también ha aplicado estos métodos al descubrimiento de fármacos , dando como resultado la plataforma de Análisis Computacional de Nuevas Oportunidades de Fármacos (CANDO), que clasifica las terapias para todas las indicaciones mediante análisis multiescala de firmas de interacción compuesto-proteoma. ^{[ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]} Una combinación de nuevos métodos de acoplamiento y/o su uso en la plataforma CANDO ha llevado a predicciones validadas prospectivamente de fármacos putativos contra el dengue, ^{[ 26 ] [ 27 ]} caries dental, herpes, lupus y malaria ^{[ 28 ]} junto con colaboradores específicos para cada indicación. ^{[ 29 ]}

Otras áreas de aplicación incluyen la predicción de la resistencia/susceptibilidad a los fármacos contra el VIH; ^{[ 30 ]} la nanobiotecnología, donde se diseñan computacionalmente pequeños péptidos multifuncionales que se unen a sustratos inorgánicos; ^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]} y la interactómica de varios organismos, incluido el proyecto Arroz Nutritivo para el Mundo (NRW). ^{[ 34 ]}

Samudrala recibió un premio Searle Scholar Award que financia a jóvenes científicos excepcionales en 2002 ^{[ 1 ]} y fue nombrado uno de los mejores jóvenes innovadores del mundo ( TR100 ) por MIT Technology Review en 2003, ^{[ 2 ] [ 35 ] [ 36 ]} En 2005, recibió un premio NSF CAREER Award ^{[ 37 ]} que reconoce a "científicos e ingenieros sobresalientes que muestran un potencial excepcional para el liderazgo en las fronteras del conocimiento". En 2008, recibió el premio Alberta Heritage Foundation for Medical Research Visiting Scientist Award y recibió diplomas honoris causa de las ciudades de Casma y Yautan , Perú , por su trabajo en el descubrimiento de vacunas. En 2010, recibió el premio NIH Director's Pioneer Award por la plataforma de descubrimiento de fármacos CANDO. ^{[ 23 ] [ 22 ]} En 2019, Samudrala recibió un premio NIH NCATS ASPIRE Design Challenge Award, ^{[ 38 ] [ 6 ]} al que siguió un gran premio NIH NCATS ASPIRE Reduction-to-Practice Award entregado en 2022. ^{[ 39 ] [ 40 ] [ 41 ]}

Samudrala también es músico y ha publicado y grabado obras bajo el seudónimo de TWISTED HELICES. ^{[ 42 ]} En 1994, publicó La filosofía de la música libre , ^{[ 43 ]} que predijo cómo la facilidad para copiar y transmitir información digital a través de Internet conduciría a violaciones sin precedentes de las leyes de derechos de autor y a nuevos modelos de distribución de música y otros medios digitales. ^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]} Su trabajo en este ámbito fue reseñado ya en 1997 por diversos medios de comunicación, entre ellos Billboard , ^{[ 47 ]} y The New York Times . ^{[ 48 ]}

• Sitio web del Grupo de Biología Computacional Samudrala
• Sitio web personal de Ram Samudrala
• Sitio web Arroz nutritivo para el mundo ( secciones de prensa y vídeo )
• Módulos del servidor web Protinfo : ABCM - PIRSPred - PSICSI - NMR - PPC - MFS
• Servidor web Bioverse