Hispanopedia WikiRegulonDB es una base de datos de la red reguladora de la expresión génica en Escherichia coli K-12 . [ 1 ] [ 2 ] RegulonDB también modela la organización de los genes en unidades de transcripción , operones y regulones . Incluye un total de 120 ARN pequeños con 231 interacciones que, en conjunto, regulan 192 genes. RegulonDB se fundó en 1998 y también aporta datos a la base de datos EcoCyc .
Factores de transcripción y unidades de respuesta sensorial
En bacterias como E. coli , los genes están regulados por elementos de secuencia en promotores y sitios de unión relacionados. RegulonDB proporciona una base de datos de dichos elementos reguladores, sus sitios de unión y los factores de transcripción que se unen a estos sitios en E. coli . RegulonDB 9.0 incluye 184 factores de transcripción (FT) determinados experimentalmente, así como 120 FT predichos computacionalmente, lo que suma un total de 304.
Se describe el repertorio completo de 189 unidades genéticas de respuesta sensorial (unidades GENSOR), integrando su señal, interacciones reguladoras y vías metabólicas. Se destacan los cuatro componentes de un total de 78 unidades GENSOR; 119 incluyen el interruptor genético y la respuesta, y 2 contienen solo el interruptor genético.
Un total de 103 TF tienen un efector conocido en RegulonDB, incluyendo 25 sistemas de dos componentes . Hubo suficientes sitios para construir un motivo para 93 TF para inferir 16,207 sitios de unión de TF predichos. Este conjunto de sitios de unión predichos corresponde a 12,574 interacciones reguladoras TF → gen; esto representa una recuperación del 52% de las 1592 interacciones reguladoras anotadas en la base de datos para los 93 TF para los que RegulonDB tiene una matriz de peso de posición (PWM). Si solo se toman en cuenta los TF con una PWM de buena calidad, el número total de interacciones TF → gen predichas es 8,714, recuperando 672 (57%) de las interacciones anotadas para este subconjunto de TF. La curación semiautomática produjo un total de 3,195 interacciones reguladoras para 199 TF.
Definiciones
Consulte el glosario para ver todas las definiciones. Archivado el 18/06/2017 en Wayback Machine .
Unidad de transcripción (UT)
Una unidad de transcripción es un conjunto de uno o más genes transcritos a partir de un único promotor. Una unidad de transcripción también puede incluir sitios de unión de proteínas reguladoras que afectan a dicho promotor y un terminador. Por lo tanto, un operón complejo con varios promotores contiene varias unidades de transcripción. Una unidad de transcripción debe incluir todos los genes de un operón.
Promotores y desvinculadores
En RegulonDB, un promotor se define como la secuencia de nucleótidos ubicada 60 bases aguas arriba y 20 aguas abajo del inicio preciso de la transcripción o +1. Los terminadores son regiones donde finaliza la transcripción y la ARN polimerasa se desliga del ADN .
Sitio de unión
Los sitios de unión de los factores de transcripción son sitios físicos de ADN reconocidos por los factores de transcripción dentro de un genoma, incluidos los sitios potenciadores , activadores corriente arriba (UAS) y operadores que pueden unirse a represores o activadores .
Visualización gráfica en RegulonDB
La representación gráfica de un operón contiene todos los genes de sus diferentes unidades de transcripción, así como todos los elementos reguladores involucrados en la transcripción y regulación de dichas unidades. Un operón se concibe aquí como una unidad estructural que abarca todos los genes y elementos reguladores. Un operón con varios promotores ubicados cerca unos de otros también puede tener sitios de unión duales, lo que indica que dicho sitio puede activar un promotor en particular, pero reprimir otro. En la misma página, la colección de las diferentes unidades de transcripción se muestra debajo del operón. La representación gráfica de un operón contiene todos los genes de sus diferentes unidades de transcripción, así como todos los elementos reguladores involucrados en la transcripción y regulación de dichas unidades. La representación gráfica de una unidad de transcripción siempre contendrá solo un promotor —cuando se conoce— con los sitios de unión que regulan su actividad, seguido de los genes transcritos. Nótese que los sitios duales se muestran frecuentemente en una unidad de transcripción como represores o activadores. Esto se debe a que el sitio tendrá un efecto particular sobre el promotor de esa unidad de transcripción.
Referencias
- 1 2 Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L, Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboada B, Vega-Alvarado L, Olvera M, Olvera L, Grande R, Morett E, Collado-Vides J (enero de 2011). "RegulonDB versión 7.0: regulación transcripcional de Escherichia coli K-12 integrada dentro de unidades de respuesta sensorial genética (Unidades Gensor)" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D98-105. doi : 10.1093 / nar/gkq1110 . PMC 3013702. PMID 21051347 .
- ↑ Gama-Castro, Socorro; Salgado, Heladia; Santos-Zavaleta, Alberto; Ledezma-Tejeida, Daniela; Muñiz-Rascado, Luis; García-Sotelo, Jair Santiago; Alquicira-Hernández, Kevin; Martínez-Flores, Irma; Pannier, Lucía (4 de enero de 2016). "RegulonDB versión 9.0: integración de alto nivel de regulación genética, coexpresión, agrupación de motivos y más" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D133-143. doi : 10.1093/nar/gkv1156 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702833 . PMID 26527724 .
Enlaces externos
- http://regulondb.ccg.unam.mx/ Archivado el 7 de mayo de 2017 en Wayback Machine
- Bases de datos biológicas
- expresión génica