Análisis de diferencias representacionales

El análisis de diferencias representacionales ( RDA ) es una técnica utilizada en la investigación biológica para encontrar diferencias de secuencia en dos muestras genómicas o de ADNc . Los genomas o secuencias de ADNc de dos muestras (por ejemplo, una muestra de cáncer y una muestra normal) se amplifican mediante PCR y las diferencias se analizan mediante hibridación sustractiva de ADN . Esta tecnología se ha perfeccionado aún más con el desarrollo del análisis de microarrays de oligonucleótidos representacionales (ROMA) , que utiliza tecnología de microarrays para realizar dichos análisis. Este método también puede adaptarse para detectar diferencias de metilación del ADN, como se observa en el análisis de diferencias representacionales sensibles a la metilación (MS-RDA) . ^{[ 1 ]}

Este método se basa en la PCR para amplificar diferencialmente regiones de ADN no homólogas entre fragmentos digeridos de dos especies de ADN casi idénticas, denominadas ADN "conductor" y "de prueba". Normalmente, el ADN de prueba contiene una secuencia de interés que no es homóloga al ADN conductor. Al mezclar las dos especies, la secuencia conductora se añade en exceso al ADN de prueba. Durante la PCR, los fragmentos de doble cadena se desnaturalizan primero a ~95  °C y luego se vuelven a hibridar al someterse a la temperatura de hibridación. Dado que las secuencias conductora y de prueba son casi idénticas, el exceso de fragmentos de ADN conductor se hibridará con fragmentos de ADN homólogos de la especie de prueba. Esto bloquea la amplificación por PCR y no se produce un aumento en los fragmentos homólogos. Sin embargo, los fragmentos que difieren entre las dos especies no se hibridarán con una contraparte complementaria y se amplificarán mediante PCR. A medida que se realizan más ciclos de RDA, el conjunto de copias de fragmentos de secuencia únicos crecerá más rápidamente que los fragmentos encontrados en ambas especies.

• Lisitsyn N, Lisitsyn N, Wigler M. (1993), Clonación de las diferencias entre dos genomas complejos. Science , 259 , 946-951

• Información general en fullerton.edu