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Articulo de referencia

Sitio de restricción

En biología molecular , los sitios de restricción , o sitios de reconocimiento de restricción , son regiones de una molécula de ADN que contienen secuencias específicas de nucle...

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En biología molecular , los sitios de restricción , o sitios de reconocimiento de restricción , son regiones de una molécula de ADN que contienen secuencias específicas de nucleótidos (de 4 a 8 pares de bases de longitud [ 1 ] ) ; estas son reconocidas por enzimas de restricción , que cortan el ADN en el sitio o cerca de él. Generalmente se trata de secuencias palindrómicas [ 2 ] (porque las enzimas de restricción suelen unirse como homodímeros ), y una enzima de restricción en particular puede cortar la secuencia entre dos nucleótidos dentro de su sitio de reconocimiento, o en algún lugar cercano.

Función

Por ejemplo, la enzima de restricción común EcoRI reconoce la secuencia palindrómica GAATTC y corta entre la G y la A en ambas hebras. Esto deja un extremo cohesivo (una porción terminal de una hebra de ADN sin complemento unido) conocido como extremo pegajoso [ 2 ] en cada extremo de AATT (AATTC, es decir, TTAAC). Este extremo cohesivo se puede usar para ligar (ver ADN ligasa ) un fragmento de ADN con un extremo cohesivo complementario (otro fragmento cortado por EcoRI, por ejemplo).

Algunas enzimas de restricción cortan el ADN en un sitio de restricción de manera que no deja un extremo sobresaliente, llamado extremo romo. [ 2 ] Los extremos romos tienen muchas menos probabilidades de ser ligados por una ADN ligasa porque no tienen el par de bases sobresaliente que la enzima puede reconocer y emparejar con un par complementario. [ 3 ] Sin embargo, los extremos cohesivos del ADN tienen más probabilidades de unirse con éxito con la ayuda de una ADN ligasa debido a los nucleótidos expuestos y no emparejados. Por ejemplo, un extremo cohesivo que termina en AATTG tiene más probabilidades de unirse con una ligasa que un extremo romo donde ambas hebras de ADN, 5' y 3', están emparejadas. En el caso del ejemplo, el AATTG tendría un par complementario de TTAAC, lo que reduciría la funcionalidad de la enzima ADN ligasa. [ 4 ]

Aplicaciones

Los sitios de restricción pueden utilizarse en diversas aplicaciones de biología molecular, como la identificación de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción ( RFLP ). Además, es importante tener en cuenta los sitios de restricción al diseñar plásmidos .

Bases de datos

Existen varias bases de datos para sitios de restricción y enzimas, de las cuales la base de datos no comercial más grande es REBASE. [ 5 ] [ 6 ] Recientemente, se ha demostrado que los nulómeros estadísticamente significativos (es decir, motivos ausentes cortos que se espera que existan) en los genomas de virus son sitios de restricción, lo que indica que los virus probablemente se han deshecho de estos motivos para facilitar la invasión de huéspedes bacterianos. [ 7 ] La base de datos Nullómeros contiene un catálogo completo de motivos ausentes mínimos, muchos de los cuales podrían ser motivos de restricción aún no conocidos.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Russell, Peter J. (2006). iGenetics: Un enfoque mendeliano . Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346664.
  2. 1 2 3 Lehninger, Albert L.; Nelson, David L.; Cox, Michael M. (2008). Principios de bioquímica (5.ª ed.). Nueva York, NY: WH Freeman and Company. págs. 305-306 . ISBN   978-0-7167-7108-1.
  3. ↑ Mousavi-Khattat, Mohammad; Rafati, Adele; Gill, Pooria (5 de febrero de 2015). "Fabricación de nanotubos de ADN utilizando nanoestructuras basadas en origami con extremos adhesivos" . Journal of Nanostructure in Chemistry . 5 (2): 177– 183. doi : 10.1007/s40097-015-0148-z .
  4. ^ Gao, canción; Zhang, Jiannan; Miao, Tianjín; Mamá, Di; Su, Ying; An, Yingfeng; Zhang, Qingrui (28 de marzo de 2015). "Un método de ligadura de extremos romos/pegajosos simple y conveniente para la construcción de genes de fusión". Genética Bioquímica . 53 ( 1– 3): 42– 48. doi : 10.1007/s10528-015-9669-x . PMID 25820211 . S2CID 16709792 .  
  5. ↑ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2009-10-21). "REBASE: una base de datos para la restricción y modificación del ADN: enzimas, genes y genomas" . Nucleic Acids Research . 38 (supl. 1 ): D234– D236. doi : 10.1093/nar/gkp874 . ISSN 0305-1048 . PMC 2808884. PMID 19846593 .   
  6. ↑ Roberts, Richard J.; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (2014-11-05). "REBASE: una base de datos para la restricción y modificación del ADN: enzimas, genes y genomas" . Nucleic Acids Research . 43 (D1): D298– D299. doi : 10.1093 / nar/gku1046 . ISSN 1362-4962 . PMC 4383893. PMID 25378308 .   
  7. ↑ Koulouras, Grigorios; Frith, Martin C (2021-04-06). "Inexistencia significativa de secuencias en genomas y proteomas" . Nucleic Acids Research . 49 (6): 3139– 3155. doi : 10.1093 / nar/gkab139 . ISSN 0305-1048 . PMC 8034619. PMID 33693858 .