Hispanopedia WikiEl análisis del espaciador intergénico del ARN ribosómico ( ARNr ) ( RISA ) es un método de análisis de la comunidad microbiana que proporciona un medio para comparar diferentes entornos o impactos de tratamientos sin el sesgo impuesto por los enfoques dependientes del cultivo. [1] El RISA implica la amplificación por PCR de una región del operón del gen ARNr entre las subunidades pequeña ( 16S ) y grande ( 23S ) denominada región espaciadora intergénica ISR. [2]
Mediante el uso de oligonucleótidos iniciadores dirigidos a regiones conservadas en los genes 16S y 23S, se pueden generar fragmentos RISA a partir de la mayoría de las bacterias dominantes en una muestra ambiental. Si bien la mayoría del operón ARNr cumple una función estructural, partes de la región intergénica 16S-23S pueden codificar ARNt según la especie bacteriana. Sin embargo, el valor taxonómico de la región intergénica 16S-23S reside en la heterogeneidad significativa tanto en longitud como en secuencia de nucleótidos. En RISA, intentamos explotar la heterogeneidad de longitud de la región intergénica 16S-23S, que se ha demostrado que oscila entre 150 y 1500 pb, siendo la mayoría de las longitudes de la región intergénica entre 150 y 500 pb. [3]
El producto de PCR resultante será una mezcla de fragmentos aportados por varios miembros dominantes de la comunidad. Este producto se somete a electroforesis en un gel de poliacrilamida y el ADN se visualiza después de la tinción. El resultado es un patrón de bandas complejo que proporciona un perfil específico de la comunidad, en el que cada banda de ADN corresponde a una población bacteriana en el conjunto original.
Referencias
- ^ Sigler, WV; Zeyer, J. (2002). "Diversidad y actividad microbiana a lo largo de los frentes de dos glaciares en retroceso". Microb. Ecol . 43 (4): 397–407. doi :10.1007/s00248-001-0045-5. PMID 11953808. S2CID 1095559.
- ^ Borneman, J.; Triplett, EW (1997). "Diversidad microbiana molecular en suelos de la Amazonia oriental: evidencia de microorganismos inusuales y cambios en la población microbiana asociados con la deforestación". Appl. Environ. Microbiol . 63 (7): 2647–2653. Bibcode :1997ApEnM..63.2647B. doi : 10.1128/AEM.63.7.2647-2653.1997 . PMC 168563 . PMID 9212415.
- ^ Sigler, WV; Crivii, S; Zeyer, J (2002). "Sucesión bacteriana en suelos de antecampo glaciar caracterizados por la estructura de la comunidad, la actividad y la dinámica de crecimiento oportunista". Microb. Ecol . 44 (4): 306–316. doi :10.1007/s00248-002-2025-9. PMID 12399899. S2CID 45554678.