virus del Río Negro

El virus Río Negro, como todos los alfavirus, posee receptores de glicoproteínas , denominados proteínas E, en su envoltura. ^{[ 7 ]} que reconocen receptores celulares para llevar a cabo la fusión de membranas. ^{[ 8 ]} En la envoltura viral , existen originalmente dos de estos receptores de glicoproteínas, P62 y E1, que forman un dímero. Posteriormente, P62 se escinde en las proteínas E2 y E3, formando un trímero, lo que prepara a estas proteínas para reaccionar a condiciones ácidas. La fusión de membranas se inicia mediante el reconocimiento del receptor, seguido de la endocitosis mediada por clatrina . Luego, en respuesta al bajo pH del endosoma , se produce un cambio irreversible en la conformación del trímero de glicoproteínas. El dominio citoplasmático de la proteína E2 interactúa con la nucleocápside del virus, mientras que su ectodominio se une a receptores en la superficie de la membrana del huésped. Cuando la proteína E2 se une a los receptores del huésped, el virus es engullido por el huésped mediante endocitosis. Una vez que el virus se encuentra en un endosoma celular, con un pH bajo, las proteínas E1 y E2 se disocian. Este cambio conformacional expone los péptidos de fusión del virus, que luego fusionan la membrana del virus con el endosoma celular, el cual transporta la nucleocápside del virus al citoplasma de la célula huésped. ^{[ 6 ]}

Después de la fusión de la membrana, el genoma del virus Río Negro entra en el citoplasma del huésped, y es allí donde ocurren la replicación y la transcripción. ^{[ 9 ]} El ARN monocatenario positivo (+ssRNA) del genoma viral se utiliza tanto para traducir proteínas como para transcribir copias de ARN monocatenario positivo (+) del genoma viral. El genoma viral tiene dos ORF que generan las poliproteínas estructurales y no estructurales. Hay cinco proteínas estructurales: C, E3, E2, 6K y E1, así como la poliproteína no estructural nsP1-4. El virus Río Negro, como un tipo de alfavirus, codifica cuatro proteínas no estructurales (nsP1-4) en su genoma que se utilizan en la síntesis de ARN. Estas se producen inicialmente como una poliproteína, pero luego son escindidas por proteasas virales o del huésped para formar poliproteínas separadas. La primera escisión produce la poliproteína P123 y la nsP4, que forman una cadena molde de ARN monocatenario de sentido negativo (-ARNmc) para replicar el genoma viral. Posteriormente, la poliproteína P123 se escinde aún más para formar las proteínas nsP1, nsP2 y nsP3, además de la nsP4. Estas producen copias de ARNmc positivas del genoma viral, utilizando la cadena de ARNmc negativa como molde, que posteriormente se distribuirán a los viriones, los cuales se liberarán tras el ensamblaje. La RdRp es capaz de sintetizar ARN de novo. ^{[ 10 ]}

Las nucleocápsides de los alfavirus se ensamblan en el citoplasma a partir de las proteínas de la cápside producidas durante la traducción del genoma viral. Los viriones de los alfavirus están compuestos por la envoltura lipídica, donde se localizan las glicoproteínas E2 y E1, y la nucleocápside, formada por la proteína de la cápside, que rodea el genoma. ^{[ 9 ]} Las proteínas de la cápside poseen dos dominios: el dominio proteasa C-terminal y el dominio N-terminal, que presenta una fuerte carga positiva. La función proteasa del dominio C-terminal consiste en escindir la proteína de la cápside de la poliproteína en la que se produjo, permitiendo así su separación para formar la cápside.

El genoma viral contiene regiones conservadas que actúan como señales de empaquetamiento, aumentando la eficiencia de este proceso. Una de estas señales se encuentra en la secuencia codificante nsP1 de los virus de la encefalitis equina venezolana, oriental y occidental. Esta región del genoma forma ocho bucles de tallo. Cada uno de estos bucles contiene nucleótidos de guanina triplete (GGG) en el extremo del tallo. Una vez ensamblada la nucleocápside del virus, que encapsula el genoma viral recién producido, este sale de la célula por gemación a través de la membrana plasmática. Es también en este punto donde las glicoproteínas de superficie E1 y E2, codificadas por el virus, se incorporan al virión.