Articulo de referencia

Tramos de homocigosidad

Las regiones de homocigosidad (ROH) son segmentos contiguos de genotipos homocigotos que están presentes en un individuo debido a que los padres transmiten haplotipos idénticos ...

Las regiones de homocigosidad (ROH) son segmentos contiguos de genotipos homocigotos que están presentes en un individuo debido a que los padres transmiten haplotipos idénticos a su descendencia. [ 1 ]

El potencial de predecir o estimar la autozygocidad individual para una subpoblación es la proporción del genoma autosómico por encima de una longitud específica, denominada F roh . [ 2 ]

Un estudio de investigación realizado en UK Biobank , All of Us y Million Veteran Program encontró que el F ROH disminuyó con el tiempo en las cohortes de EE. UU. [ 3 ]

Uso

Esta técnica puede utilizarse para identificar la huella genómica de la endogamia en programas de conservación , ya que los organismos que han sufrido endogamia recientemente exhibirán largos tramos de homocigosidad. Por ejemplo, la estrategia de reintroducción gradual del íbice alpino en los Alpes suizos creó varios cuellos de botella poblacionales importantes que redujeron la diversidad genética de los individuos recién introducidos. El efecto de la endogamia en las subpoblaciones resultantes podría estudiarse midiendo los tramos de homocigosidad en diferentes individuos. [ 4 ]

En las pruebas de laboratorio clínico, la detección de ROH en sí misma no indica un trastorno genético particular, sino un mayor riesgo de enfermedades hereditarias autosómicas recesivas . [ 5 ] Dado que los ROH menores de 3 Mb distribuidos por todo el genoma son comunes incluso en poblaciones no endogámicas, [ 6 ] estos segmentos generalmente se consideraban poco importantes como para informarlos. [ 5 ] Los ROH grandes pueden ser indicativos de isodisomía uniparental [ 7 ] con pruebas de seguimiento para descartar falsos positivos, actualmente no existen estándares de informe consistentes entre los diferentes laboratorios. [ 5 ]

ROH puede utilizarse para detectar la posibilidad de incesto en humanos. [ 8 ] [ 5 ]

Referencias

  1. ^ Purfield DC, Berry DP, McParland S, Bradley DG (agosto de 2012). " Rachas de homocigosidad e historia poblacional en el ganado" . BMC Genetics . 13 : 70. doi : 10.1186/1471-2156-13-70 . PMC  3502433. PMID  22888858 .
  2. ^ McQuillan R, Leutenegger AL, Abdel-Rahman R, Franklin CS, Pericic M, Barac-Lauc L, et al. (septiembre de 2008). "Rachas de homocigosidad en poblaciones europeas" . American Journal of Human Genetics . 83 (3): 359–72 . doi : 10.1016 / j.ajhg.2008.08.007 . PMC 2556426. PMID 18760389 .  
  3. ^ Colbert, Sarah MC; Wendt, Frank R.; Pathak, Gita A.; Helmer, Drew A.; Hauser, Elizabeth R.; Keller, Matthew C.; Polimanti, Renato; Johnson, Emma C. (2023-06-01). "Disminución de la autozygocidad con el tiempo: una exploración en más de 1 millón de individuos de tres cohortes diversas" . The American Journal of Human Genetics . 110 (6): 1008– 1014. doi : 10.1016/j.ajhg.2023.04.007 . PMC 10257001. PMID 37178685 – vía Elsevier Science Direct.  
  4. ^ Grossen C, Biebach I, Angelone- Alasaad S, Keller LF, Croll D (2018). "Análisis de genómica poblacional de especies de cabra montés europeas muestran menor diversidad y mayor endogamia en poblaciones reintroducidas Evol Appl. 2018;11: 123–139" . Evolutionary Applications . 11 (2): 123–139 . doi : 10.1111/eva.12490 . PMC 5775499. PMID 29387150 .  
  5. ^ a b c d Gonzales, Patrick R.; Andersen, Erica F.; Brown, Teneille R.; Horner, Vanessa L.; Horwitz, Juli; Rehder, Catherine W.; Rudy, Natasha L.; Robin, Nathaniel H.; Thorland, Erik C.; en nombre del Comité de Garantía de Calidad de Laboratorio de la ACMG (2022-02-03). "Interpretación e informe de grandes regiones de homocigosidad y consanguinidad/disomía uniparental sospechada, revisión de 2021: Un estándar técnico del Colegio Americano de Genética Médica y Genómica (ACMG)" . Genetics in Medicine . 24 (2): 255– 261. doi : 10.1016/j.gim.2021.10.004 .
  6. ^ Ceballos, Francisco C.; Joshi, Peter K.; Clark, David W.; Ramsay, Michèle; Wilson, James F. (2018-04-15). "Runs of homozygosity: windows into population history and trait architecture" . Nature Reviews Genetics . 19 (4): 220– 234. doi : 10.1038/nrg.2017.109 . hdl : 20.500.11820/1928cc4c-af43-489f-b743-52ae374412d7 . ISSN 1471-0056 . 
  7. ^ Papenhausen, Peter; Schwartz, Stuart; Risheg, Hiba; Keitges, Elisabeth; Gadi, Inder; Burnside, Rachel D.; Jaswaney, Vikram; Pappas, John; Pasion, Romela; Friedman, Kenneth; Tepperberg, James (2011-04-15). "Detección de UPD mediante perfilado de homocigosidad con un microarreglo de genotipado de SNP" . American Journal of Medical Genetics Part A. 155 ( 4): 757– 768. doi : 10.1002/ajmg.a.33939 .
  8. ^ Zhang, Sarah (18 de marzo de 2024). "Las pruebas de ADN están revelando la verdadera prevalencia del incesto" . The Atlantic . Consultado el 12 de mayo de 2024 .
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