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Base de datos semántica simple y descuidada

Simple Sloppy Semantic Database ( S3DB ) es un sistema de gestión de datos distribuido que se basa en conceptos de la Web Semántica para la gestión de datos heterogéneos. S3DB e...

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Simple Sloppy Semantic Database ( S3DB ) es un sistema de gestión de datos distribuido que se basa en conceptos de la Web Semántica para la gestión de datos heterogéneos.

S3DB es un software de código abierto , licenciado bajo una Licencia Creative Commons Atribución-NoComercial-CompartirIgual 3.0 Estados Unidos. Está escrito en PHP .

Historia

S3DB se propuso por primera vez en 2006, [ 1 ] tras la argumentación del año anterior de que los conjuntos de datos ómicos se gestionarían más fácilmente si se almacenaran como triples RDF . [ 2 ]

La primera versión, la 1.0, se centró en el soporte de un motor de indexación para la gestión de almacenes de triples .

La segunda versión, disponible desde octubre de 2007, añadió referencias cruzadas entre triples en distintas implementaciones de S3DB para dar soporte a esta infraestructura distribuida.

La tercera versión se publicó en julio de 2008 y expone su API mediante un lenguaje de consulta especializado, S3QL, [ 3 ] accesible como un servicio web REST . Una actualización de esa versión (versión 3.5) también incluye un punto final RESTful SPARQL . Esta actualización introdujo una función de autoactualización que reemplaza los números de versión por la fecha de actualización.

En 2011, se publicó la API de S3DB [ 4 ] y se utilizó en la gestión de un ensayo clínico en el MD Anderson Cancer Center mediante una aplicación web con una interfaz autoensamblada. [ 5 ]

Evaluaciones

La justificación, el modelo de datos principal y su uso en los premios SPORE del Instituto Nacional del Cáncer ( NIH/NCI ) se describen e ilustran en un manuscrito de PLoS ONE de 2008 [ 6 ] y en un manuscrito de BMC Bioinformatics de 2010 [ 7 ] .

Un estudio de 2012 afirmaba: «S3QL admite un mecanismo de control de permisos que permite a los usuarios especificar detalles contextuales como la procedencia y el control de acceso a nivel semántico. La eficacia de S3QL se ilustró mediante casos de uso de IB, como la caracterización genómica del cáncer y la epidemiología molecular de enfermedades infecciosas. Esperamos que S3QL o sus variantes sean aceptadas como el mecanismo de control de acceso estándar por la comunidad de SW». [ 8 ]

Referencias

  1. ↑ Almeida JS, Chen C, Gorlitsky R, et  al. (septiembre de 2006). "La integración de datos se vuelve 'descuidada'"". Nat. Biotechnol . 24 (9): 1070– 1. doi : 10.1038/nbt0906-1070 . PMID 16964209 . S2CID 8526134 .  
  2. ↑ Wang X, Gorlitsky R, Almeida JS (septiembre de 2005). "De XML a RDF: cómo las tecnologías de la web semántica cambiarán el diseño de los estándares 'ómicos'". Nat . Biotechnol . 23 (9): 1099–103 . doi : 10.1038/nbt1139 . PMID 16151403. S2CID 23561352 .  
  3. ↑ Conceptos básicos de la API S3QL
  4. ↑ Deus HF; MC Correa; R Stanislaus; M Miragaia; W Maass; H de Lencastre; R Fox; JS Almeida (2011). " S3QL: Un lenguaje específico de dominio distribuido para la integración semántica controlada de datos de ciencias de la vida" . BMC Bioinformatics . 12 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-12-285 . PMC 3155508. PMID 21756325 .  
  5. ↑ Correa MC, Deus HF, Vasconcelos AT, Hayashi Y, Ajani JA, Patnana SV, Almeida JS (2010). "AGUIA: ensamblaje de interfaz gráfica de usuario autónoma para servicios de datos semánticos de ensayos clínicos" . BMC Medical Informatics and Decision Making . 10 : 35. doi : 10.1186/1472-6947-10-65 . PMC 2987967. PMID 20977768 .  
  6. ↑ Deus HF, Stanislaus R, Veiga DF, et al. (2008). Ben-Jacob E (ed.). "Un modelo de gestión de la web semántica para la informática biomédica integrativa" . PLOS ONE . 3 (8) e2946. Bibcode : 2008PLoSO...3.2946D . doi : 10.1371/journal.pone.0002946 . PMC 2491554. PMID 18698353 .   
  7. ↑ Almeida JS, Deus HF, Maass W (2010). "S3DB core: un marco para la generación y gestión de RDF en infraestructuras bioinformáticas" . BMC Bioinformatics . 11 : 387. doi : 10.1186/1471-2105-11-387 . PMC 2918582. PMID 20646315 .  
  8. ↑ Chen H, Yu T, Chen JY (2012). "La web semántica se encuentra con la biología integrativa: una revisión" . Briefings in Bioinformatics . 14 (1): 109–25 . doi : 10.1093/bib/bbs014 . PMID 22492191 . 
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