Riboconmutador SAM-IV

Los riboswitches SAM-IV son un tipo de riboswitch que se une específicamente a la S-adenosilmetionina (SAM), ^[1] un cofactor utilizado en muchas reacciones de metilación. Originalmente identificados por bioinformática , ^[2] los riboswitches SAM-IV se limitan en gran medida a los Actinomycetales , un orden de Bacteria . Las características conservadas del riboswitch SAM-IV y los experimentos implican que probablemente comparten un sitio de unión a SAM similar a otra clase de riboswitches de unión a SAM llamados riboswitches SAM-I . Sin embargo, los andamiajes de estos dos tipos de riboswitch parecen ser bastante distintos. Se ha estudiado la relación estructural entre estos tipos de riboswitches. ^[3]^[4]

Véase también

Referencias

^ Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC, et al. (2008). "El núcleo de aptámeros de los riboswitches SAM-IV imita el sitio de unión al ligando de los riboswitches SAM-I". ARN . 14 (5): 822–828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355 . PMID 18369181.
^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, et al. (2007). "Identificación de 22 ARN estructurados candidatos en bacterias utilizando el proceso de genómica comparativa CMfinder". Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809–4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .
^ Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (mayo de 2014). "Base estructural de la diversidad en el clan SAM de riboswitches". Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624–9. Bibcode :2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084 . PMID 24753586.
^ Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (diciembre de 2019). "Estructura crio-EM de un ARN riboswitch SAM-IV de 40 kDa con una resolución de 3,7 Å". Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682 . PMID 31796736.

Enlaces externos

Página de SAM-IV_riboswitch en Rfam

[1] Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC, et al. (2008). "El núcleo de aptámeros de los riboswitches SAM-IV imita el sitio de unión al ligando de los riboswitches SAM-I". ARN . 14 (5): 822–828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355 . PMID 18369181.

[2] Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, et al. (2007). "Identificación de 22 ARN estructurados candidatos en bacterias utilizando el proceso de genómica comparativa CMfinder". Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809–4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .

[3] Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (mayo de 2014). "Base estructural de la diversidad en el clan SAM de riboswitches". Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624–9. Bibcode :2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084 . PMID 24753586.

[4] Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (diciembre de 2019). "Estructura crio-EM de un ARN riboswitch SAM-IV de 40 kDa con una resolución de 3,7 Å". Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682 . PMID 31796736.