Articulo de referencia

SH3D21

SH3D21 es una proteína nuclear codificada por el gen SH3D21. En los seres humanos, este gen se encuentra en el cromosoma 1 p34.3. [5] La transcripción del ARNm humano tiene 2527...

SH3D21 es una proteína nuclear codificada por el gen SH3D21. En los seres humanos, este gen se encuentra en el cromosoma 1 p34.3. [5] La transcripción del ARNm humano tiene 2527 pares de bases y el producto proteico final tiene 756 aminoácidos. [6] Si bien la función exacta de esta proteína sigue siendo desconocida, debido a la presencia de tres dominios SH3 , se la ha implicado en interacciones proteína-proteína. [7]

Gene

SH3D21 se expresa en niveles bajos en la mayoría de los tejidos. [8] El análisis de microarrays ha demostrado que la expresión de SH3D21 está disminuida en ratones knock out TP63 . [9] Se ha demostrado que SH3D21 se expresa en gran medida en el ganglio cervical superior , los ganglios de la raíz dorsal y el ganglio trigémino . [8] [10] Se sabe que la transcripción de SH3D21 se regula positivamente en presencia de testosterona. [11]

Proteína

SH3D21 contiene tres dominios SH3 . [7] [12] [13] Estos dominios se encuentran cerca del extremo N de la proteína. En los seres humanos, estos dominios SH3 tienen una secuencia de aminoácidos común Asp-Glu-Leu. Este motivo de secuencia también se conserva en otras especies. Se ha descubierto que SH3D21 interactúa con la adenilato quinasa 2 , la artemina y la importina 13. [ 5] La proteína humana tiene dos isoformas y no tiene parálogos . [6] La segunda isoforma tiene 645 aminoácidos de longitud y es idéntica a la primera isoforma, excepto que le faltan los primeros 111 aminoácidos. [14] Debido a esto, a la segunda isoforma le falta el primer dominio SH3 N-terminal y la mitad del segundo . [14] El análisis de la estructura secundaria de SH3D21 indica una estructura helicoidal alfa larga cerca del extremo C. [15] [16] Se desconoce el propósito de esta estructura. Se predice que SH3D21 tiene muchos sitios de fosforilación y múltiples sitios de sumoilación en toda la proteína. [17] [18]

Esta imagen es una alineación de secuencias múltiples de los tres dominios SH3 que se encuentran en la proteína humana SH3D21. Nótese el motivo Asp-Glu-Leu conservado. Esta imagen se generó utilizando datos de secuencias disponibles públicamente y software de código abierto.

Función

La función de este gen aún no está clara. Sin embargo, la investigación ha vinculado los cambios en la expresión de SH3D21 con la infertilidad masculina y la ataxia telangiectasia . [19] [20] Estudios posteriores han implicado a la región cromosómica de 1p34.3 en el aneurisma intracraneal y como un signo de pronóstico negativo en el cáncer colorrectal . [21] [22] Sin embargo, estos estudios no mencionan directamente a SH3D21.

Homología

Árbol filogenético generado utilizando software libre, de código abierto y datos de secuencias disponibles públicamente.

SH3D21 está bien conservado en mamíferos. El análisis BLAST encontró ortólogos distantes en osteíctios con una identidad máxima del 28 %. [23] La identidad de secuencia se calculó utilizando los datos de secuencia disponibles y el software ALIGN. [24]

Referencias

  1. ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000214193 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000073758 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ^ "Referencia PubMed de ratón:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU . .
  5. ^ ab "SH3D21". Genecards . Consultado el 3 de mayo de 2013 .
  6. ^ ab "SH3D21". Gene . NCBI . Consultado el 8 de mayo de 2013 .
  7. ^ ab "Análisis de dominios conservados de SH3D21". Búsqueda de dominios conservados del NCBI . Consultado el 2 de mayo de 2013 .
  8. ^ ab "Perfil de expresión de BioGPS" . Consultado el 2 de mayo de 2013 .
  9. ^ "Efecto de la mutación nula del factor de transcripción p63 en la piel (MG-U74B)" . Consultado el 1 de marzo de 2013 .
  10. ^ "Perfil de expresión GEO". Base de datos GEO . Consultado el 2 de mayo de 2013 .
  11. ^ "Informe sobre interacciones químicas" . Consultado el 1 de marzo de 2013 .
  12. ^ Pawson T, Schlessingert J (julio de 1993). "Dominios SH2 y SH3". Current Biology . 3 (7): 434–42. doi :10.1016/0960-9822(93)90350-W. PMID  15335710. S2CID  53273571.
  13. ^ Mayer BJ (abril de 2001). "Dominios SH3: complejidad moderada". Journal of Cell Science . 114 (Pt 7): 1253–63. doi :10.1242/jcs.114.7.1253. PMID  11256992.
  14. ^ ab "Isoforma 2 de la proteína 21 que contiene el dominio SH3". NCBI . Consultado el 9 de mayo de 2013 .
  15. ^ "Análisis de la estructura secundaria de Phyre 2" . Consultado el 14 de mayo de 2013 .
  16. ^ "Análisis PELE" . Consultado el 14 de mayo de 2013 .[ enlace muerto permanente ]
  17. ^ "Análisis SUMOplot" . Consultado el 14 de mayo de 2013 .
  18. ^ "Análisis de NetPhos 2.0" . Consultado el 14 de mayo de 2013 .
  19. ^ Mallott J, Kwan A, Church J, Gonzalez-Espinosa D, Lorey F, Tang LF, Sunderam U, Rana S, Srinivasan R, Brenner SE, Puck J (abril de 2013). "La detección de SCID en recién nacidos identifica a pacientes con ataxia telangiectasia". Journal of Clinical Immunology . 33 (3): 540–9. doi :10.1007/s10875-012-9846-1. PMC 3591536 . PMID  23264026. 
  20. ^ Stouffs K, Vandermaelen D, Massart A, Menten B, Vergult S, Tournaye H, Lissens W (marzo de 2012). "Hibridación genómica comparativa de matrices en la infertilidad masculina". Reproducción humana . 27 (3): 921–9. doi : 10.1093/humrep/der440 . PMID  22238114.
  21. ^ Nahed BV, Seker A, Guclu B, Ozturk AK, Finberg K, Hawkins AA, DiLuna ML, State M, Lifton RP, Gunel M (enero de 2005). "Mapeo de una forma mendeliana de aneurisma intracraneal a 1p34.3-p36.13". American Journal of Human Genetics . 76 (1): 172–9. doi :10.1086/426953. PMC 1196421 . PMID  15540160. 
  22. ^ Kashkin K, AG Perevoschoikov (mayo-junio de 2000). "La eliminación del locus Alu-VpA/MycL1(1p34.3) es un signo de pronóstico negativo en el cáncer colorrectal humano". Biología molecular . 34 (3): 337–344. doi :10.1007/bf02759663. S2CID  8301557.
  23. ^ "BLAST". NCBI . Consultado el 3 de mayo de 2013 .
  24. ^ "Alineación de secuencias". ALIGN . Archivado desde el original el 11 de agosto de 2003 . Consultado el 8 de mayo de 2013 .
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