SIDD

En bioinformática , SIDD son las siglas de Stress-Induced ( ADN ) Duplex Destabilization (Desestabilización del ADN inducida por estrés). Se trata de la fusión del ADN que no es inducida por un promotor, sino puramente por la naturaleza superhelicoidal (también llamada topológica) del ADN. ^{[ 1 ]} Se basa en un tratamiento de mecánica estadística del ADN realizado por Craig J. Benham y Richard M. Fye. ^{[ 2 ]} Se ha demostrado que este desenrollamiento inducido por estrés coincide con las regiones promotoras del ADN de los plásmidos bacterianos y puede dirigir la respuesta global de las células a los cambios en sus entornos externos al afectar qué genes se transcriben .

El modelo computacional calcula el perfil de probabilidad de desnaturalización de una secuencia de pares de bases de ADN, así como el perfil energético de la secuencia. Es a través de este perfil energético que la técnica recibe su nombre: los pares de bases con menor energía son menos estables (desestabilizados) que los de mayor energía y tienen mayor probabilidad de desnaturalizarse. El estrés relacionado con el número de enlace (específicamente su componente de torsión) del ADN provoca la desestabilización de la doble hélice (dúplex); de ahí el nombre de Desestabilización del Dúplex Inducida por Estrés.

Craig Benham también ha desarrollado un applet en línea que calcula el perfil SIDD de secuencias de ADN de entrada. ^{[ 3 ]} También muestra el perfil de probabilidad de desnaturalización de la secuencia de pares de bases dada, así como el número y la ubicación de las secuencias de desnaturalización.

Dado que el método computacional SIDD completo requiere mucho tiempo de procesamiento (debido a su complejidad), se implementó en el algoritmo WebSIDD un algoritmo acelerado propuesto por Benham et al. en su artículo de 1999. Este algoritmo acelerado trunca la función de partición al ignorar las contribuciones de ciertos estados conformacionales.