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La proteína 4 que contiene un dominio de bobina coloidal y membrana de un solo paso es una proteína de membrana de un solo paso con un dominio de bobina coloidal que contiene la proteína 4. En los seres humanos, está codificada por el gen SMCO4 . Una proteína transmembrana de un solo paso significa que un extremo de la proteína permanecerá en el citoplasma , mientras que el otro extremo está expuesto al exterior de la célula .
Propiedades de los genes
El gen SMCO4 se encuentra en el cromosoma 11 , con coordenadas cromosómicas específicas de 11q13.3-q23.3 en el Homo sapiens . [5] SMCO4 tiene dos alias comunes: C11orf75 (marco de lectura abierto 75 del cromosoma 11) y FN5 . [6]
Características del ARNm
El SMCO4 tiene 7 isoformas en el Homo sapiens . [7] La isoforma 1 del SMCO4 tiene 9 exones , mientras que el resto de las isoformas tienen cantidades variables de exones. Estas isoformas se enumeran en la siguiente tabla, con sus números de acceso como referencia.
Proteína
MRQLKGKPKKETSKDKKERKQAMQEARQQITTVVLPTLAVVVLLIVVFVYVATRPTITE
La proteína que codifica SMCO4 es rica en aminoácidos fosforilables y tiene un pH alto. No se prevén repeticiones de proteínas. Hay evidencia de que la proteína está presente en la membrana externa de las mitocondrias . [9] La ausencia de un péptido señal N-terminal muestra que la proteína no tiene la capacidad de salir del orgánulo en el que se encuentra, lo que se correlaciona con el conocimiento de que es una proteína transmembrana.
Estructura
La estructura de la proteína FN5 aún no se conoce, pero sus propiedades son útiles para predecir su estructura. No hay evidencia de que la proteína adopte ningún giro beta ; su estructura secundaria estaría compuesta únicamente por hélices alfa . Existen dos hélices independientes: la hélice transmembrana y la hélice alfa.
Expresión
Análisis de expresión
Se predijo que la expresión de SMCO4 en humanos sería más alta en las glándulas salivales . [10] [11] En general, se mostró expresión de tejido de ARN en 37 tejidos humanos y expresión de la proteína en 71 tipos de células . [11]
Regulación de la expresión
El SMCO4 no se expresa de forma ubicua en los seres humanos. Hay evidencia de que la expresión de SMCO4 se manipula fácilmente mediante muchos factores diferentes, lo que hace improbable su expresión constante. Un ejemplo de esta regulación de la expresión proviene de un experimento que mostró un aumento de la expresión de SMCO4 en presencia de gamma-tocotrienol . [12] [13]
Interacciones previstas
Se predice que SMCO4 interactuará con las siguientes proteínas: [14]
Conservación
Se cree que dos microARN , miR-124-3p.1 y miR-183-5p.1, están altamente conservados en una variedad de vertebrados . Estos microARN son de naturaleza neuronal. [15]
Ortólogos
Se encontraron ortólogos de SMCO4 en una variedad de especies, incluidos mamíferos, aves, reptiles, anfibios, insectos y parásitos. Se encontró que los primates tenían la mayor identidad de secuencia con la secuencia humana de SMCO4, seguidos de cerca por una especie de pez extinta llamada Latimeria chalumnae . No hubo evidencia de la presencia de SMCO4 en especies de levadura.
Referencias
- ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000166002 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000058173 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ ab Kehrer-Sawatzki H, Moschgath E, Maier C, Legius E, Elgar G, Krone W (junio de 2000). "Caracterización de los genes NLK y FN5 de Fugu rubripes que flanquean el gen NF1 (neurofibromatosis tipo 1) en la dirección 5' y mapeo de sus contrapartes humanas". Gene . 251 (1): 63–71. doi :10.1016/s0378-1119(00)00188-8. PMID 10863097.
- ^ "Mapa integrado GeneLoc para el cromosoma 11: resultados de la búsqueda".
- ^ "Proteína de membrana de un solo paso SMCO4 con dominios en espiral 4 [Homo sapiens (humano)]".
- ^ ab "SDSC Biology Workbench - Error 401". Archivado desde el original el 11 de agosto de 2003. Consultado el 28 de abril de 2017 .
- ^ "Servidor PSORT II - GenScript". Servidor PSORT II . GenScript.
- ^ "Perfil EST".
- ^ desde "SMCO4".
- ^ "Efecto del gamma-tocotrienol en las células MCF-7 del cáncer de mama".
- ^ "Tocotrienoles: una nueva forma de combatir el cáncer". 17 de diciembre de 2016.
- ^ "Se encontraron 107 interacciones binarias para el término de búsqueda SMCO4". Base de datos de interacciones moleculares IntAct . EMBL-EBI . Consultado el 25 de agosto de 2018 .
- ^ Dostie J, Mourelatos Z, Yang M, Sharma A, Dreyfuss G (febrero de 2003). "Numerosos microRNP en células neuronales que contienen nuevos microARN". ARN . 9 (2): 180–6. doi :10.1261/rna.2141503. PMC 1370383 . PMID 12554860.