Hispanopedia WikiLa base de datos de vías metabólicas de moléculas pequeñas (SMPDB) [ 1 ] [ 2 ] es una base de datos en línea completa, de alta calidad y de acceso libre que contiene más de 600 vías metabólicas de moléculas pequeñas encontradas en humanos. SMPDB está diseñada específicamente para apoyar la elucidación y el descubrimiento de vías metabólicas en metabolómica , transcriptómica , proteómica y biología de sistemas . Esto es posible, en parte, al proporcionar diagramas coloridos, detallados, totalmente consultables e hipervinculados de cinco tipos de vías metabólicas de moléculas pequeñas: 1) vías metabólicas humanas generales ; 2) vías metabólicas humanas de enfermedades; 3) vías de señalización de metabolitos humanos ; 4) vías de acción de fármacos y 5) vías de metabolismo de fármacos . Las vías de SMPDB se pueden navegar, visualizar y ampliar de forma interactiva mediante una interfaz similar a Google Maps. Todas las vías de SMPDB incluyen información sobre los órganos relevantes , compartimentos subcelulares , cofactores proteicos , ubicaciones de proteínas, ubicaciones de metabolitos, estructuras químicas y estructuras cuaternarias de proteínas (Fig. 1). Cada molécula pequeña en SMPDB está hipervinculada a descripciones detalladas contenidas en HMDB [ 3 ] o DrugBank [ 4 ] y cada proteína o complejo enzimático está hipervinculado a UniProt [ 5 ] . Además, todas las vías de SMPDB están acompañadas de descripciones detalladas y referencias, proporcionando una visión general de la vía, condición o procesos representados en cada diagrama. Los usuarios pueden explorar SMPDB (Fig. 2) o buscar en su contenido mediante búsqueda de texto (Fig. 3), búsqueda de secuencias o búsqueda de estructuras químicas . También es posible realizar consultas más potentes, incluyendo búsquedas con listas de nombres de genes o proteínas, nombres de fármacos, nombres de metabolitos, identificadores de GenBank , identificadores de Swiss-Prot , identificadores de microarrays de Agilent o Affymetrix . Estas consultas producirán listas de vías coincidentes y resaltarán las moléculas coincidentes en cada uno de los diagramas de vías. Los datos de concentración de genes , metabolitos y proteínas también se pueden visualizar a través de la interfaz de mapeo de SMPDB.
SMPDB forma parte de un conjunto de bases de datos de metabolómica que también incluye Human Metabolome Database , DrugBank y Toxin and Toxin-Target Database (T3DB). Mientras que DrugBank incluye información sobre 7000 fármacos y más de 4200 dianas farmacológicas, enzimas , transportadores y portadores no redundantes , HMDB alberga más de 40 000 metabolitos de moléculas pequeñas presentes en el cuerpo humano. El conjunto se complementa con T3DB, que cuenta con más de 3100 sustancias tóxicas comunes y más de 1300 dianas tóxicas correspondientes.
Historial de versiones
La primera versión de SMPDB se publicó el 1 de enero de 2010. [ 1 ] Esta versión contenía más de 350 vías metabólicas con imágenes para vías de moléculas pequeñas. La interfaz del visor se limitaba a la navegación de imágenes con barra de desplazamiento y zoom de 3 pasos (pequeño, mediano, grande). Las vías en esta primera versión se limitaban a 1) vías metabólicas humanas ; 2) vías de enfermedades metabólicas humanas; y 3) vías de señalización de metabolitos humanos. La segunda versión de SMPDB se publicó en 2014. [ 2 ] Esta versión contenía más de 620 vías de moléculas pequeñas. La interfaz del visor se mejoró para incluir una interfaz similar a Google Maps con navegación de imágenes mediante clic y arrastre y zoom interactivo ilimitado. Las vías en esta segunda versión se ampliaron para incluir: 1) vías metabólicas humanas generales; 2) vías de enfermedades metabólicas humanas; 3) vías de señalización de metabolitos humanos; 4) vías de acción de fármacos y 5) vías de metabolismo de fármacos .
Véase también
Referencias
- 1 2 3 Frolkis, A; Knox, C; Lim, E; Jewison, T; Law, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS (enero de 2010). "SMPDB: La base de datos de vías de moléculas pequeñas" . Nucleic Acids Research . 38 (número especial de bases de datos): D480-7. doi : 10.1093/nar/gkp1002 . PMC 2808928. PMID 19948758 .
- 1 2 Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (enero de 2014). "Base de datos de vías de moléculas pequeñas" . Nucleic Acids Research . 42 (número especial de bases de datos): D478-84. doi : 10.1093/nar/gkt1067 . PMC 3965088. PMID 24203708 .
- ↑ Wishart DS, Tzur D, Knox C, Eisner R, Guo AC, Young N, Cheng D, Jewell K, Arndt D, Sawhney S, Fung C, Nikolai L, Lewis M, Coutouly MA, Forsythe I, Tang P, Shrivastava S, Jeroncic K, Stothard P, Amegbey G, Block D, Hau DD, Wagner J, Miniaci J, Clements M, Gebremedhin M, Guo N, Zhang Y, Duggan GE, Macinnis GD, Weljie AM, Dowlatabadi R, Bamforth F, Clive D, Greiner R, Li L, Marrie T, Sykes BD, Vogel HJ, Querengesser L (enero de 2007). "HMDB: la base de datos del metaboloma humano" . Nucleic Acids Research . 35 (número especial de bases de datos): D521-6. doi : 10.1093/nar/ gkl923 . PMC 1899095. PMID 17202168 .
- ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre fármacos" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D1035-41. doi : 10.1093 / nar/gkq1126 . PMC 3013709. PMID 21059682 .
- ↑ Consorcio UniProt (enero de 2011). " Desarrollos actuales y futuros en el Recurso Universal de Proteínas" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D214-9. doi : 10.1093/nar/gkq1020 . PMC 3013648. PMID 21051339 .
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