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Articulo de referencia

Saccharococcus

Scale bars are 5 μm. "},"classification_status":{"wt":"''[[Candidatus]]''"},"domain":{"wt":"[[Bacteria]]"},"unranked_phylum":{"wt":"[[CPR group]]"},"phylum":{"wt":"'''Sacch...

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Saccharibacteria , anteriormente conocida como TM7 , [ 1 ] es un linaje bacteriano importante. Fue descubierto mediante la secuenciación del ARNr 16S . [ 2 ]

Se han cultivado algunas especies de Saccharibacteria. [ 3 ] Todas ellas son parásitos obligados de huéspedes bacterianos con células y genomas de pequeño tamaño. La primera especie aislada, TM7x , es un epibionte de la cepa XH001 de Schaalia odontolytica (anteriormente conocida como Actinomyces odontolyticus) con la capacidad de matar a su huésped. [ 4 ] La secuencia completa del genoma reveló un genoma altamente reducido (705 kB) [ 5 ] y una completa falta de capacidad de biosíntesis de aminoácidos. En 2014 se informó de un cultivo axénico de TM7 de la cavidad oral, pero no se proporcionó la secuencia ni el cultivo. [ 6 ]

Junto con el filo candidato TM6 , [ 7 ] fue nombrado a partir de secuencias obtenidas en 1994 en un estudio ambiental de una muestra de suelo de turbera en Alemania donde 262 fragmentos de ADNr 16S amplificados por PCR fueron clonados en un vector plasmídico , llamados clones TM por Torf, Mittlere Schicht ( lit. turba, capa media). [ 8 ] Se ha encontrado en varios ambientes desde entonces, tales como en lodos activados , [ 9 ] [ 10 ] lodos de plantas de tratamiento de agua , [ 11 ] suelo de selva tropical , [ 12 ] saliva humana , [ 13 ] [ 14 ] en asociación con esponjas , [ 15 ] cucarachas , [ 16 ] minas de oro , [ 17 ] sedimentos de acuíferos enmendados con acetato , [ 18 ] y otros ambientes (excepto termófilos ), lo que lo convierte en un filo abundante y extendido.

Propiedades

Las sondas FISH específicas TM7 identificaron especies de un lodo de biorreactor que revelaron la presencia de envolturas celulares grampositivas y varios morfotipos : un filamento envainado (abundante), un bacilo que aparece en cadenas cortas, un filamento grueso y cocos ; el primero puede ser la causa del Eikelboom tipo 0041 (problemas de abultamiento de lodos activados). [ 11 ] La mayoría de los filos bacterianos son didermos gramnegativos , mientras que solo los Bacillota , los Actinomycetota y los Chloroflexota son monodermos . [ 19 ]

Las sacaribacterias forman parte de la microbiota oral humana , [ 6 ] [ 20 ] pero su papel en la salud humana no está claro.

Una característica distintiva de las Saccharibacteria conocidas es su incapacidad para sintetizar algunos aminoácidos, vitaminas y otras moléculas importantes. [ 3 ] Por lo tanto, se cree que son parásitos o simbiontes que obtienen nutrientes de un huésped bacteriano. [ 21 ] Se ha logrado cultivar con éxito un pequeño número de especies colocándolas en cultivos de bacterias huésped. [ 20 ]

Se han identificado más de 50 filotipos diferentes [ 19 ] y tiene una divergencia de secuencia de ADNr 16S intradivisión relativamente modesta del 17%, que varía del 13 al 33%. [ 11 ] [necesita actualización] Un árbol filogenético interactivo de TM7, [ 22 ] construido usando jsPhyloSVG , [ 23 ] permite un acceso rápido a las secuencias de GenBank y cálculos de matriz de distancia entre las ramas del árbol.

Los estudios de sondeo con isótopos estables han encontrado que algunos miembros de este filo pueden degradar el tolueno . [ 24 ] [ 25 ]

Taxonomía

Árbol filogenético de unión de vecinos de la división candidata TM7 [ 22 ]

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) [ 35 ] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [ 1 ].

  • Clase " Saccharimonadia " corrig. McLean et al. 2020 ["Nanoperiodontomorbia" corrig. McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccia" corrig. McLean et al. 2020 ]
    • Orden " Saccharimonadales " McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" corrig. McLean et al. 2020 ; "Nanoperiodontomorbales" corrig. McLean et al. 2020 ; "Nanosynbacterales" McLean et al. 2020 ; "Nanosyncoccales" McLean et al. 2020 ]
      • ?" Ca. Nanosynsaccharibacterium " corrig. McLean et al. 2020
        • " Ca. N. primum" corrig. McLean y cols. 2020 em. Kostovski, Oren y Göker 2025 (G1_3_12lb)
      • ?" Ca. Southlakia " Wang et al. 2023
        • " Ca. S. epibionticum" Wang et al. 2023
      • Familia AMD01
        • " Ca. Chaera " corrig. Lemos et al. 2019
          • " Ca. C. renei" corrig. Lemos et al. 2019
      • Familia " Nanoperiodontomorbaceae " corrig. McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanoperiodontomorbus " corrig. McLean et al. 2020
          • " Ca. N. periodonticus" corrig. McLean et al. 2020
      • Familia " Nanogingivalaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanogingivalis " McLean et al. 2020
          • " Ca. N. gingivitis" McLean et al. 2020
      • Familia " Nanosyncoccaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanosyncoccus " McLean et al. 2020
          • ?" Ca. N. oralis" Gilroy et al. 2023
          • " Ca. N. alces" McLean et al. 2020
          • " Ca. N. nanoralicus" McLean et al. 2020
      • Familia UBA1547
        • " Ca. Microsaccharimonas " corrig. Lemos et al. 2019 ["Candidatus Saccharibacter" Lemos et al. 2019 no Jojima et al. 2004 ] (AMD02)
          • " Ca. M. sossegonensis" corrig. Lemos et al. 2019
      • Familia UBA10027
        • " Ca. Mycolatisynbacter " corrig. Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Batinovic et al. 2021 ] (JR1)
          • " Ca. M. gordoniilyticus" corrig. Batinovic et al. 2021 [" Ca. Mycosynbacter amalyticus" Batinovic et al. 2021 ]
      • Familia " Saccharimonadaceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Saccharimonas " Albertsen et al. 2013
          • " Ca. S. aalborgensis" Albertsen et al. 2013
      • Familia " Nanosynbacteraceae " McLean et al. 2020
        • " Ca. Nanosynbacter " McLean et al. 2020 [" Ca. Minimicrobia " Ibrahim et al. 2021 ] (TM7x)
          • ?" Ca. Minimicrobia naudis" Ibrahim et al. 2021 [GCA_018866225.1]
          • ?" Ca. N. colneyensis" Gilroy et al. 2023
          • ?" Ca. N. gullae" Gilroy et al. 2023
          • ?" Ca. N. norwichensis" Gilroy et al. 2023
          • ?" Ca. N. quadrami" Gilroy et al. 2023
          • " Ca. N. featherlites" McLean et al. 2020
          • " Ca. N. lyticus" McLean et al. 2020
          • " Ca. Minimicrobia vallesae" Ibrahim et al. 2021

Referencias

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