Sequerome

Cada sesión del navegador se puede iniciar sin hacer demasiadas preguntas al principio. El usuario solo tiene que introducir la secuencia en el panel de consulta y realizar una búsqueda BLAST de inmediato con los parámetros estándar. Los usuarios experimentados pueden realizar operaciones especiales adicionales en las opciones avanzadas. Algunas de las funciones incluyen la selección de bases de datos específicas para realizar búsquedas BLAST, la posibilidad de cargar archivos FASTA almacenados en ordenadores individuales, la recuperación de secuencias mediante identificadores NCBI y la visita a cualquier URL definida por el usuario para arrastrar y soltar las secuencias. Alternativamente, el usuario también puede realizar diversas acciones, como la manipulación, el análisis y la alineación de secuencias, utilizando las herramientas web disponibles. La opción "Selección de cualquier secuencia" acepta la entrada en cualquier formato (FASTA, con o sin espacios/números...). También existen alertas para advertir sobre selecciones incorrectas (ADN/ARN/Proteína). Los resultados obtenidos de la "manipulación de secuencias", por ejemplo, la traducción, se pueden utilizar para realizar análisis BLAST adicionales, conservando el historial de la búsqueda anterior.

Sequerome consulta directamente la secuencia de entrada en diversas bases de datos y herramientas (tanto dominios públicos populares como servicios privados), incluyendo BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE y otras, y genera resultados intuitivos y fáciles de comprender. El acceso a diversas herramientas de análisis (como la visualización de una estructura 3D a partir de un PDBid ) se proporciona mediante botones de comando independientes para analizar cada registro de un informe BLAST antes de realizar una selección final. En el caso de los resultados de un BLAST de proteínas, los PDBids se muestran de forma destacada junto al registro BLAST, de modo que la estructura de la molécula coincidente pueda visualizarse directamente (con una versión previamente descargada de un visor de estructuras moleculares, como Cn3D , PyMOL , Rasmol, etc.). Una vez que el informe BLAST se muestra en el panel de resultados, el usuario puede realizar directamente un análisis de cualquiera de los resultados de BLAST mediante una serie de botones de comando vinculados a los servidores/sitios correspondientes. La mayoría de los resultados de servidores de terceros se pueden ver directamente en el panel de resultados sin necesidad de abrir tantos navegadores, por ejemplo, predicción ORF , Protparam .

Una de las características clave para perfilar una secuencia de datos de entrada es almacenar, recuperar, combinar y reutilizar eficazmente las entradas anteriores. Esto se puede mejorar aún más si existen opciones de recuperación para cada una de las operaciones realizadas. El panel inferior derecho del navegador realiza esta función, almacenando además todas las secuencias de entrada introducidas previamente. De este modo, el navegador proporciona un entorno para la navegación por pestañas . Para cada uno de los iconos que enlazan con los resultados almacenados, el usuario puede elegir archivarlos, incluyendo opciones para imprimir, guardar y enviar por correo electrónico. Estas opciones se muestran como pequeñas imágenes de color sobre cada icono.

• "Una explosión mayor", NetWatch, Science VOL 309, 23 de septiembre de 2005, p-1971 doi : 10.1126/science.309.5743.1971b .
• "Secuenciar y encontrar", función de WebWatch, Biotechniques , Volumen 39, Número 5: págs. 629.
• "Una interfaz web que facilita el análisis de secuencia a estructura de informes de alineación BLAST", Biotechniques Volumen 39, Número 2: pp 186–188.