Paquete de análisis de oligonucleótidos cortos

SOAPaligner (SOAP2) está diseñado específicamente para la alineación rápida de lecturas cortas y tiene un rendimiento favorable con respecto a herramientas de alineación similares como Bowtie y MAQ. ^{[ 1 ]}

SOAPdenovo es un ensamblador de novo de lecturas cortas que utiliza la construcción de grafos de De Bruijn . Está optimizado para lecturas cortas como las generadas por Illumina y es capaz de ensamblar genomas grandes como el genoma humano. ^{[ 2 ]} SOAPdenovo se utilizó para ensamblar el genoma del panda gigante . ^{[ 3 ]} Este se actualizó a SOAPdenovo2, que se optimizó para genomas grandes e incluyó el módulo GapCloser, ampliamente utilizado. ^{[ 4 ]}

SOAPdenovo-Trans es un ensamblador de transcriptomas de novo diseñado específicamente para RNA-Seq que fue creado para el proyecto 1000 Genomas de Plantas . ^{[ 5 ]}

SOAPindel es una herramienta para encontrar inserciones y deleciones a partir de datos de secuenciación de extremos emparejados de próxima generación, proporcionando una lista de indels candidatos con puntuaciones de calidad. ^{[ 6 ]}

SOAPsnp es un generador de secuencias de consenso. Esta herramienta utiliza la salida de SOAPaligner para generar una secuencia de consenso que permite identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en un individuo recién secuenciado.

SOAPsv es una herramienta para encontrar variaciones estructurales utilizando el ensamblaje del genoma completo. ^{[ 7 ]}

SOAPnuke es una herramienta para el control de calidad integrado y el preprocesamiento de conjuntos de datos de experimentos genómicos, de ARN pequeño , de expresión génica digital y metagenómicos . ^{[ 8 ]}

La primera versión de SOAP consistió únicamente en la herramienta de alineación de secuencias SOAPaligner . ^{[ 9 ]}

SOAP v2 ^{[ 1 ]} amplió y mejoró SOAP v1 al mejorar significativamente el rendimiento de la herramienta SOAPaligner . El tiempo de alineación se redujo en un factor de 20 a 30, mientras que el uso de memoria se redujo en un factor de 3. Se agregó compatibilidad con formatos de archivo comprimidos.

Posteriormente, el conjunto de herramientas SOAP se amplió para incluir las nuevas herramientas: SOAPdenovo 1 y 2, SOAPindel, SOAPsnp y SOAPsv.

SOAP v3 amplió la herramienta de alineación al ser la primera herramienta de alineación de lecturas cortas en utilizar procesadores GPU. ^{[ 10 ]} Como resultado de estas mejoras, SOAPalign superó significativamente a los alineadores de la competencia Bowtie y BWA en términos de velocidad.