nucleasa microcócica

La nucleasa microcócica ( EC 3.1.31.1 , nucleasa S7 , MNasa , endonucleasa del bazo , termonucleasa , nucleasa T , endonucleasa microcócica , nucleasa T' , nucleasa estafilocócica , fosfodiesterasa del bazo , nucleasa de Staphylococcus aureus , nucleasa B de Staphylococcus aureus , ribonucleato (desoxinucleato) 3'-nucleotidohidrolasa ) es una endo - exonucleasa que digiere preferentemente ácidos nucleicos monocatenarios . La velocidad de escisión es 30 veces mayor en el lado 5' de A o T que en G o C y da como resultado la producción de mononucleótidos y oligonucleótidos con fosfatos terminales 3' . ^[¹^] La enzima también es activa contra ADN y ARN bicatenarios y todas las secuencias serán escindidas finalmente.

Características

La enzima tiene un peso molecular de 16,9 kDa. El pH óptimo se reporta como 9,2. La actividad enzimática depende estrictamente del Ca ²⁺ y el pH óptimo varía según la concentración de Ca ²⁺ . ^{[ 2 ]} Por lo tanto, la enzima se inactiva fácilmente por EGTA .

Fuentes

Esta enzima es la nucleasa extracelular de Staphylococcus aureus . Dos cepas, V8 y Foggi, producen enzimas casi idénticas. ^{[ 3 ]} Una fuente común son las células de E. coli que portan un gen nuc clonado que codifica la nucleasa extracelular de Staphylococcus aureus (nucleasa microcócica).

Estructura

La estructura tridimensional de la nucleasa microcócica (entonces llamada nucleasa estafilocócica) se resolvió muy temprano en la historia de la cristalografía de proteínas , en 1969. ^{[ 4 ]} Se dispone de estructuras cristalinas más recientes y de mayor resolución para la forma apo ^{[ 5 ]} y para la forma inhibida por timidina-difosfato. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Como se ve en el diagrama de cintas anterior, la molécula de nucleasa tiene 3 largas hélices alfa y una lámina beta de 5 hebras en forma de barril , en una disposición conocida como pliegue OB (por pliegue de unión a oligonucleótidos) según la clasificación en la base de datos SCOP .

Aplicaciones

Secuenciación CUT&RUN , escisión controlada dirigida por anticuerpos mediante nucleasa microcócica para la elaboración de perfiles transcriptómicos.
Hidrólisis de ácidos nucleicos en extractos crudos libres de células.
Secuenciación de ARN .
Preparación de lisados de reticulocitos de conejo .
Estudios de la estructura de la cromatina .
Eliminación de ácidos nucleicos de preparaciones de proteínas de laboratorio , lo que permite realizar estudios de plegamiento de proteínas y de relación estructura-función.
Investigación sobre los mecanismos de plegamiento de las proteínas .

Véase también

nucleasa de Serratia marcescens

Referencias

↑ Colin Dingwall, George P. Lomonossoff, Ronald A. Laskey, Alta especificidad de secuencia de la nucleasa microcócica, Nucleic Acids Research, Volumen 9, Número 12, 25 de junio de 1981, Páginas 2659–2674, https://doi.org/10.1093/nar/9.12.2659
↑ Heins JN, Suriano JR, Taniuchi H, Anfinsen CB (1967). "Caracterización de una nucleasa producida por Staphylococcus aureus" . J. Biol. Chem . 242 (5): 1016–20 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . PMID 6020427 .
↑ Cusumano CL, Taniuchi H, Anfinsen CB (1968). "Nucleasa estafilocócica (cepa Foggi). I. Orden de los fragmentos de bromuro de cianógeno y un "cuarto" residuo de histidina" . J. Biol. Chem . 243 (18): 4769–77 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)93185-6 . PMID 5687719 .
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↑ Truckses, DM, Prehoda, KE, Miller, SC, Markley, JL y Somoza, JR (1996), Acoplamiento entre la isomerización de prolina trans/cis y la estabilidad de la proteína en la nucleasa estafilocócica. Protein Science, 5: 1907-1916. https://doi.org/10.1002/pro.5560050917 PDB: https://www.rcsb.org/structure/1SNO
↑ Khangulov, VS, Schlessman, JL, Heroux, A., Garcia-Moreno, EB Estructura cristalina de la variante Delta+PHS V104E de la nucleasa estafilocócica a temperatura criogénica PDB: https://www.rcsb.org/structure/3H6M
↑ Loll, PJ y Lattman, EE (1989), Estructura cristalina del complejo ternario de la nucleasa estafilocócica, Ca2+ y el inhibidor pdTp, refinada a 1,65 Å. Proteins, 5: 183-201. https://doi.org/10.1002/prot.340050302 PDB: https://www.rcsb.org/structure/1SNC

http://www.thermoscientificbio.com/dna-and-rna-modifying-enzymes/micrococcal-nuclease/
http://www.worthington-biochem.com/NFCP/default.html
http://www.thermoscientificbio.com/uploadedFiles/Resources/en0181-usa-msds.pdf - Hoja de datos de seguridad y materiales del producto
http://www.thermoscientificbio.com/uploadedFiles/Resources/en018-product-information.pdf - Hoja de información del producto

Enlaces externos

Micrococcal+Nuclease en los Encabezamientos de Materia Médica (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
CE 3.1.31.1

[1] Colin Dingwall, George P. Lomonossoff, Ronald A. Laskey, Alta especificidad de secuencia de la nucleasa microcócica, Nucleic Acids Research, Volumen 9, Número 12, 25 de junio de 1981, Páginas 2659–2674, https://doi.org/10.1093/nar/9.12.2659

[2] Heins JN, Suriano JR, Taniuchi H, Anfinsen CB (1967). "Caracterización de una nucleasa producida por Staphylococcus aureus" . J. Biol. Chem . 242 (5): 1016–20 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . PMID 6020427 .

[3] Cusumano CL, Taniuchi H, Anfinsen CB (1968). "Nucleasa estafilocócica (cepa Foggi). I. Orden de los fragmentos de bromuro de cianógeno y un "cuarto" residuo de histidina" . J. Biol. Chem . 243 (18): 4769–77 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)93185-6 . PMID 5687719 .

[4] Arnone A, Bier J, et al. (1971). "Estructura de alta resolución de un complejo inhibidor de la nucleasa extracelular de Staphylococcus aureus: I. Procedimientos experimentales y seguimiento de la cadena" . J. Biol. Chem . 246 (7): 2303– 2316. doi : 10.1016/S0021-9258(19)77221-4 . PMID 5555571 .

[5] Truckses, DM, Prehoda, KE, Miller, SC, Markley, JL y Somoza, JR (1996), Acoplamiento entre la isomerización de prolina trans/cis y la estabilidad de la proteína en la nucleasa estafilocócica. Protein Science, 5: 1907-1916. https://doi.org/10.1002/pro.5560050917 PDB: https://www.rcsb.org/structure/1SNO

[6] Khangulov, VS, Schlessman, JL, Heroux, A., Garcia-Moreno, EB Estructura cristalina de la variante Delta+PHS V104E de la nucleasa estafilocócica a temperatura criogénica PDB: https://www.rcsb.org/structure/3H6M

[7] Loll, PJ y Lattman, EE (1989), Estructura cristalina del complejo ternario de la nucleasa estafilocócica, Ca2+ y el inhibidor pdTp, refinada a 1,65 Å. Proteins, 5: 183-201. https://doi.org/10.1002/prot.340050302 PDB: https://www.rcsb.org/structure/1SNC

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