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Articulo de referencia

StarBase (base de datos biológica)

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StarBase [ 2 ] es una base de datos para decodificar miRNA - mRNA , miRNA-lncRNA, [ 3 ] miRNA - sncRNA , miRNA-circRNA, [ 3 ] miRNA- pseudogen , protein-lncRNA, [ 4 ] protein-ncRNA, interacciones protein-mRNA y redes ceRNA [ 5 ] a partir de datos de secuenciación CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH) y degradoma . [ 1 ] [ 6 ] StarBase proporciona herramientas web miRFunction y ceRNAFunction para predecir la función de los ncRNA (miRNA, lncRNA, pseudogenes) y genes codificadores de proteínas a partir de las redes reguladoras de miRNA y ceRNA [ 7 ] . StarBase también desarrolló la Plataforma de Análisis Pancáncer para descifrar las Redes de Análisis Pancáncer de lncRNAs, miRNAs, ceRNAs y proteínas de unión a ARN (RBPs) mediante la minería de perfiles clínicos y de expresión de 14 tipos de cáncer (incluidas más de seis mil muestras) del Portal de Datos del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) .

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (enero de 2011). "starBase: una base de datos para explorar mapas de interacción microARN-ARNm a partir de datos Argonaute CLIP-Seq y Degradome-Seq" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos). Inglaterra: D202-9. doi : 10.1093/nar/ gkq1056 . PMC 3013664. PMID 21037263 .  
  2. ↑ "starBase o ENCORI: Decodificando la Enciclopedia de Interactomas de ARN" . rnasysu.com .
  3. 1 2 "Interacciones miRNA-lncRNA de LncRNABase: decodificando mapas de interacción miRNA-lncRNA" . starbase.sysu.edu.cn . Archivado del original el 22 de septiembre de 2013.
  4. ↑ "Interacciones RBP-LncRNA, starBase: decodificando mapas de interacción ARN-LncRNA" . starbase.sysu.edu.cn . Archivado del original el 22 de septiembre de 2013.
  5. ↑ "CeRNABase starBase: Decodificando redes reguladoras de ceRNA a partir de datos CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH). ARN endógenos competitivos (CeRNA)" . Archivado del original el 22/09/2013 . Recuperado el 08/12/2013 .
  6. ↑ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1 de diciembre de 2013). "starBase v2.0: decodificación de redes de interacción miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA y proteína-ARN a partir de datos CLIP-Seq a gran escala" . Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi : 10.1093/nar/gkt1248 . PMC 3964941. PMID 24297251 .  
  7. ↑ "Red reguladora de ceRNA pancáncer. StarBase: Decodificación de mapas de interacción miRNA-diana, miRNA-ceRNA y proteína-ARN a partir de datos CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH)" . starbase.sysu.edu.cn . Archivado del original el 15 de marzo de 2014. Consultado el 13 de enero de 2022 .
  • "Bienvenido a starBase" . Archivado del original el 22 de febrero de 2011.