Asignación basada en la estructura

La asignación basada en la estructura (SBA) es una técnica para acelerar la asignación de resonancias, que es un cuello de botella clave en la biología estructural por RMN ( resonancia magnética nuclear ). ^{[ 1 ]} En SBA, se utiliza una proteína homóloga (similar) como plantilla para la proteína objetivo. Esta proteína plantilla proporciona información estructural previa sobre la proteína objetivo y conduce a una asignación de resonancias más rápida. Por analogía, en la cristalografía de rayos X , la técnica de reemplazo molecular permite resolver el problema de fase cristalográfica cuando se conoce un modelo estructural homólogo, facilitando así la determinación rápida de la estructura. ^{[ 2 ]} Algunos de los algoritmos de SBA son CAP, que es un algoritmo de asignación de ARN que realiza una búsqueda exhaustiva sobre todas las permutaciones, ^{[ 3 ]} MARS, que es un programa para la asignación automática robusta de la cadena principal ^{[ 4 ]} y el reemplazo de vectores nucleares (NVR), que es un enfoque similar al reemplazo molecular para SBA de resonancias y efectos Overhauser nucleares (NOE) dispersos. ^{[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]}