Sinergistota

Synergistota es un filo de bacterias anaeróbicas que muestran tinción Gram negativa y tienen forma celular de bastón/vibrioide. ^{[ 1 ] [ 2 ]} Aunque Synergistota tiene una envoltura celular didérmica, [ ^{3 ] [ 4 ] los} genes para varias proteínas involucradas en la biosíntesis de lipopolisacáridos aún no se han detectado en Synergistota, lo que indica que pueden tener una envoltura celular externa atípica. ^{[ 3 ] [ 4 ]} Synergistota habita la mayoría de los ambientes anaeróbicos incluyendo tractos gastrointestinales de animales, suelo, pozos de petróleo y plantas de tratamiento de aguas residuales y también están presentes en sitios de enfermedades humanas como quistes, abscesos y áreas de enfermedad periodontal . ^{[ 5 ] [ 6 ]} Debido a su presencia en sitios relacionados con enfermedades, se sugiere que Synergistota son patógenos oportunistas pero también se pueden encontrar en individuos sanos en el microbioma del ombligo y en la flora vaginal normal . ^{[ 6 ] [ 7 ]} Las especies de este filo también se han visto implicadas en la enfermedad periodontal , ^{[ 8 ]} infecciones gastrointestinales e infecciones de tejidos blandos. ^{[ 6 ]} Otras especies de este filo se han identificado como contribuyentes importantes en la degradación de lodos para la producción de biogás en digestores anaeróbicos y son candidatas potenciales para su uso en la producción de energía renovable a través de su producción de gas hidrógeno. ^{[ 9 ]} Todas las especies y géneros conocidos de Synergistota forman parte actualmente de una sola clase (Synergistia), orden (Synergistiales) y familia (Synergistaceae). ^{[ 2 ]}

Análisis comparativos recientes de genomas secuenciados de Synergistota han llevado a la identificación de un gran número de indels característicos conservados (CSI) en secuencias de proteínas que son específicos para todas las especies de Synergistota secuenciadas o algunos de sus subclados que se observan en árboles filogenéticos . ^{[ 10 ]} De los CSI que se identificaron, 32 en proteínas ampliamente distribuidas como RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA, etc., incluyendo un gran inserto de >300 aa en la proteína RpoC, están presentes en varias especies de Synergistota, pero excepto en bacterias aisladas, estos CSI no se encuentran en los homólogos de proteínas de todos los demás organismos. Estos CSI proporcionan nuevos marcadores moleculares para distinguir las especies de Synergistota de todas las demás bacterias. ^{[ 10 ]} Se encontraron otros siete CSI en proteínas importantes, incluyendo uno de 13 aa en RpoB, que estaban presentes exclusivamente en las especies de Jonquetella , Pyramidobacter y Dethiosulfovibrio , lo que indica una relación estrecha y específica entre estas bacterias, la cual también está fuertemente respaldada por árboles filogenéticos. Quince CSI adicionales que solo estaban presentes en Jonquetella y Pyramidobacter indican una estrecha asociación entre estas dos especies. ^{[ 10 ]} Por último, una estrecha relación entre las especies de Aminomonas y Thermanaerovibrio también está respaldada por 9 CSI identificados. Los marcadores moleculares identificados proporcionan medios confiables para la división de especies del filo Synergistota en rangos taxonómicos intermedios como familias y órdenes. ^{[ 10 ]}

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LSPN) ^{[ 17 ]} y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). ^{[ 18 ]}

• Filo Synergistota Jumas-Bilak et al. 2021
  • Clase Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009
    • Orden Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009
      • Género " Pacaella " Ndongo et al. 2017
        • ¿ Especies  ?" P. massiliensis " Ndongo et al. 2017
      • Género " Candidatus Tammella " Hongoh et al. 2007
        • ¿Especies  ?" Ca. T. caduceiae " Hongoh et al. 2007
      • Familia Aminithiophilaceae Pradel et al. 2023
        • Género Aminithiophilus Pradel et al. 2023
      • Familia Acetomicrobiaceae Pradel et al. 2023
        • Género Acetomicrobium Soutschek et al. 1985 [ Anaerobaculum Rees et al. 1997 ]
      • Familia Aminiphilaceae Pradel et al. 2023
        • Género " Aminirhabdus " corrig. Liu y cols. 2021 [" Aminirod " (sic]
          • ¿ Especie  ?” A. propionatiphilus “ corrig. Liu y cols. 2021
        • Género Aminiphilus Díaz et al. 2007
      • Familia Aminobacteriaceae Pradel et al. 2023
        • Género Aminobacterium Baena et al. 1999
        • Género Aminivibrio Honda et al. 2013
        • Género Fretibacterium Vartoukian et al. 2013
        • Género Lactivibrio Qiu et al. 2014
      • Familia Dethiosulfovibrionaceae Pradel et al. 2023
        • Género Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997
        • Género Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007
        • Género Pyramidobacter Downes et al. 2009
        • Género Rarimicrobium Jumas-Bilak et al. 2015
      • Familia Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Familia Clostridiales XV; Thermosynergistaceae Yang et al. 2021 ]
        • Género Aminomonas Baena et al. 1999
        • Género " Candidatus Caccocola " Gilroy et al. 2021
        • ¿Género  ? Caenicola El Houari et al. 2025
        • Género Cloacibacillus Ganesan et al. Enmienda de 2008. Looft y col. 2013
        • Género " Candidatus Equadaptatus " Gilroy et al. 2022
          • Especie " Ca. E. faecalis " Gilroy et al. 2022
        • Género Synergistes Allison et al. 1993
        • Género Thermanaerovibrio Baena et al. Enmienda de 1999. Palaniappan et al. 2013
      • Familia Thermosynergistaceae Yang et al. 2021
        • Género Thermosynergistes Yang et al. 2021
      • Familia Thermovirgaceae Pradel et al. 2023
        • Género Thermovirga Dahle y Birkeland 2006