Hispanopedia WikiTCAIM es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TCAIM [5] [6] (inhibidor de la activación de células T, mitocondrial).
Gene
El gen está ubicado en el cromosoma 3 , en la posición 3p21.31, y tiene 71.333 bases de longitud. A continuación se muestra un gráfico de la imagen en la Fig.1.2. La proteína TCAIM tiene 496 residuos de longitud y pesa 57925 Da. Existe en cuatro isoformas diferentes. TCAIM está altamente conservada entre diferentes especies, pero no se descubrieron homologías con familias de proteínas de funciones conocidas. [7]
Transcripción
Hay 8 exones empalmados alternativamente, que codifican 4 variantes de transcripción . La transcripción primaria, que tiene 3520 pb, está bien conservada entre los ortólogos, y la isoforma humana 1 tiene una alta identidad con las proteínas ortólogas. La transcripción X1 contiene 11 exones, que producen un polipéptido que tiene una longitud de 496 residuos de aminoácidos. [8]
Proteína
Propiedades generales
El punto isoeléctrico es significativamente mayor que el promedio de las proteínas humanas (6,81). [9]
Estructura
A la derecha se muestra una estructura terciaria prevista de la proteína. Está compuesta principalmente de hélices alfa largas con varias regiones en espiral y cadenas dispersas a lo largo de la proteína. Los extremos de la proteína consisten en regiones en espiral opuestas a los extremos N y C.
Expresión
La expresión de TCAIM es moderada (50-75%) en la mayoría de los tejidos del cuerpo. [10] Sin embargo, un estudio en NCBI GEO que analiza el efecto de los estados patológicos en la expresión del ARNm de TCAIM encontró que la expresión de la proteína en realidad estaba elevada en los tejidos positivos al VPH en comparación con los tejidos negativos al VPH. Otro estudio encontró que la expresión de TCAIM estaba elevada en individuos con diabetes tipo 2 y resistencia a la insulina . La expresión de TCAIM parece depender del estado patológico específico en una variedad de casos. [11]
Localización subcelular
La proteína contiene un péptido señal mitocondrial que la localiza en la matriz mitocondrial . [12] El análisis mediante el software de localización EXPASY [13] confirmó este hallazgo. El alto punto isoeléctrico de la proteína humana proporciona más evidencia de la localización mitocondrial debido al alto pH de la matriz mitocondrial.
Modificaciones postraduccionales
Sitios de escisión
La proteína se escinde inicialmente para eliminar los 26 aminoácidos del extremo N. Esto representa un péptido señal después de que se localiza en la mitocondria. [12]
Fosforilación
Hay varios sitios de fosforilación previstos , como se ve en la figura de la derecha. Los residuos de serina tienen más probabilidades de sufrir fosforilación que los residuos de treonina o tirosina .
Glicosilación ligada a O
A la derecha se muestran varios sitios o-ligados previstos . Hasta el momento, no se ha determinado ninguno experimentalmente. [ ¿Cuándo? ]
Homología y evolución
Homólogos
Se realizó una alineación de homólogos de Homo sapiens TCAIM y Danio rerio (pez cebra) utilizando el banco de trabajo SDSC. Existe aproximadamente un 55% de identidad entre los dos ortólogos, con un puntaje de alineación global de 1817. Los dos ortólogos son consistentemente similares a lo largo de la totalidad de sus secuencias. Las diferencias entre los dos genes se deben a segmentos aparentemente aleatorios de residuos no conservados y semiconservados dispersos en las dos alineaciones. Esta diferencia puede deberse a la falta de parentesco entre los dos organismos. [14]
Historia evolutiva
El TCAIM divergió mucho más rápido que el citocromo C , pero ligeramente más lento que el fibrinógeno . [15]
Función
No se sabe mucho sobre su función ; se supone que esta proteína puede desempeñar un papel en la apoptosis de las células T. TCAIM puede desempeñar un papel en la señalización inmune innata a través de las mitocondrias. [16]
Importancia clínica
Vogel et al. realizaron un estudio de investigación en el que descubrieron que la TCAIM se expresa en gran medida en los injertos y tejidos de pacientes con trasplantes que desarrollan tolerancia y que la proteína se localiza en las mitocondrias. En este estudio, descubrieron que la TCAIM interactúa con las células dendríticas CD11c(+) y está regulada por ellas . [16] Otro artículo de Hendrikson et. el menciona brevemente la TCAIM. Descubrieron que las variantes genéticas en los genes mitocondriales codificados en el núcleo influyen en la progresión del SIDA . [7] El tercer artículo es otra investigación que encuentra evidencia de que la TCAIM (junto con los genes mitocondriales) podría usarse como un marcador en pacientes para predecir si podrían aceptar un aloinjerto o rechazarlo. [17]
Referencias
- ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000179152 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000046603 – Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia PubMed de ratón:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU . .
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T, Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ , Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, García AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG , Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodríguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (diciembre de 2002). "Generación y análisis inicial de más de 15.000 secuencias completas de ADNc humano y de ratón". Proc Natl Acad Sci Estados Unidos . 99 (26): 16899– 903. Código bibliográfico : 2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC: 139241. PMID: 12477932 .
- ^ "Gen Entrez: C3orf23 cromosoma 3 marco de lectura abierto 23".
- ^ ab Hendrickson SL, Lautenberger JA, Chinn LW, Malasky M, Sezgin E, Kingsley LA, Goedert JJ, Kirk GD, Gomperts ED, Buchbinder SP, Troyer JL, O'Brien SJ (2010). "Las variantes genéticas en genes mitocondriales codificados nucleares influyen en la progresión del SIDA". MÁS UNO . 5 (9): e12862. Código Bib : 2010PLoSO...512862H. doi : 10.1371/journal.pone.0012862 . PMC 2943476 . PMID 20877624.
- ^ "Inhibidor de la activación de células T TCAIM, mitocondrial [Homo sapiens (humano)] - Gen - NCBI".
- ^ Kozlowski, Lukasz P. "Proteome-pI - Estadísticas de la base de datos de puntos isoeléctricos del proteoma". isoelectricpointdb.org. Consultado el 30 de abril de 2017.
- ^ Uhlén M et al, 2015. Mapa tisular del proteoma humano. Science PubMed: 25613900 DOI: 10.1126/science.1260419
- ^ "GDS161 / RC_N95260_at".
- ^ ab "Gen TCAIM - GeneCards | Proteína TCAIM | Anticuerpo TCAIM".
- ^ "ExPASy: Portal de recursos de bioinformática del SIB - Categorías".
- ^ Myers EW, Miller W (1988). "Alineaciones óptimas en el espacio lineal". Aplicaciones informáticas en las biociencias . 4 (1): 11– 7. CiteSeerX 10.1.1.107.6989 . doi :10.1093/bioinformatics/4.1.11. PMID 3382986.
- ^ "Inicio del navegador del genoma de la UCSC".
- ^ ab Vogel SZ, Schlickeiser S, Jürchott K, Akyuez L, Schumann J, Appelt C, Vogt K, Schröder M, Vaeth M, Berberich-Siebelt F, Lutz MB, Grütz G, Sawitzki B (2015). "TCAIM disminuye la capacidad de preparación de células T de las células dendríticas al inhibir la entrada de Ca2+ inducida por TLR y la producción de IL-2" (PDF) . Journal of Immunology . 194 (7): 3136– 46. doi : 10.4049/jimmunol.1400713 . PMID 25750433.
- ^ Sawitzki B, Bushell A, Steger U, Jones N, Risch K, Siepert A, Lehmann M, Schmitt-Knosalla I, Vogt K, Gebuhr I, Wood K, Volk HD (2007). "Identificación de marcadores genéticos para la predicción del rechazo o la aceptación permanente del aloinjerto". American Journal of Transplantation . 7 (5): 1091– 102. doi : 10.1111/j.1600-6143.2007.01768.x . PMID 17456197. S2CID 20348485.
Enlaces externos
- Página de detalles del gen TCAIM y ubicación del genoma humano en el navegador de genomas de la UCSC .
Lectura adicional
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "La base de datos LIFEdb en 2006". Nucleic Acids Res . 34 (número de la base de datos): D415–8. doi :10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501 . PMID 16381901.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "Del ORFeome a la biología: una línea de genómica funcional". Genome Res . 14 (10B): 2136– 44. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930 . PMID 15489336.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "El estado, la calidad y la expansión del proyecto de ADNc de longitud completa del NIH: la colección de genes de mamíferos (MGC)". Genome Res . 14 (10B): 2121– 7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928 . PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Secuenciación completa y caracterización de 21.243 ADNc humanos de longitud completa". Nat. Genet . 36 (1): 40– 5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID: 14702039.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Localización subcelular sistemática de nuevas proteínas identificadas mediante secuenciación de ADNc a gran escala". EMBO Rep . 1 (3): 287– 92. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732 . PMID 11256614.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Hacia un catálogo de genes y proteínas humanas: secuenciación y análisis de 500 nuevos ADNc humanos codificantes de proteínas completas". Genome Res . 11 (3): 422– 35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072 . PMID 11230166.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "Clonación de ADN mediante recombinación específica de sitio in vitro". Genome Res . 10 (11): 1788– 95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948 . PMID 11076863.