Articulo de referencia

Base de datos de clasificación de transportadores

La base de datos de clasificación de transportadores (o TCDB ) es un sistema de clasificación aprobado por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) para...

La base de datos de clasificación de transportadores (o TCDB ) es un sistema de clasificación aprobado por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) para las proteínas de transporte de membrana , incluidos los canales iónicos . [1] [2] [3]

Clasificación

El nivel superior de clasificación y algunos ejemplos de proteínas con estructura 3D conocida:

1.Canalesy poros

1.A canales de tipo α

1.B.Porinas de barril βy otras proteínas de la membrana externa

1.CToxinas formadoras de poros(proteínas y péptidos)

1.D Canales no sintetizados ribosómicamente

  • 1.D.1 La familia de canales de gramicidina A
  • 1.D.2 La familia de siringomicinas formadoras de canales
  • 1.D.3 La familia de siringopeptinas formadoras de canales
  • 1.D.4 La familia formadora de canales Tolaasin
  • 1.D.5 La familia de antibióticos formadores de canales de alameticina o peptaibol
  • 1.D.6 La familia de canales Ca 2+ de poli 3-hidroxibutirato complejados (cPHB-CC)
  • 1.D.7 La familia de las beticolinas
  • 1.D.8 La familia de las saponinas
  • 1.D.9 La familia de canales iónicos de poliglutamina (PG-IC)
  • 1.D.10 La familia de canales formadores de ceramidas
  • 1.D.11 La familia de las surfactinas
  • 1.D.12 La familia Beauvericin (Beauvericin)
  • 1.D.13 Antibióticos peptídicos anfipáticos de administración de ADN (DAPA)
  • 1.D.14 La familia de péptidos formadores de canales anfipáticos sintéticos Leu/Ser (l/S-SCP)
  • 1.D.15 La familia de la daptomicina (Daptomycin)
  • 1.D.16 La familia de heptapéptidos formadores de poros anfipáticos sintéticos (SAPH)
  • 1.D.17 Familia de péptidos de lámina β formadores de poros y de diseño combinatorio
  • 1.D.18 La familia de conjugados de guanosina y ácido biliar formadores de poros
  • 1.D.19 Fármaco formador de canales de Ca 2+ , familia de las digitoxinas
  • 1.D.20 La familia de agentes antibióticos/fúngicos macrólidos poliénicos formadores de poros (PMAA)
  • 1.D.21 La familia de nanoporos lipídicos (LipNP)
  • 1.D.22 El pigmento carotenoide translocador de protones, familia de la zeaxantina
  • 1.D.23 Familia de antimicrobianos formadores de poros de feniletilenglicol (PEPA)
  • 1.D.24 La familia de las esponjas marinas politeonamida B (pTB)
  • 1.D.25 La familia de los foldámeros de arilamina (AAF)
  • 1.D.26 La familia del alcohol dihidrodeshidrodiconiferílico 9'-O-β-D-glucósido (DDDC9G)
  • 1.D.27 La familia de isósteros de tiourea
  • 1.D.28 La familia de lipopeptidil-butadieno
  • 1.D.29 La familia de oligocolatos macrocíclicos
  • 1.D.30 La familia de canales artificiales de pilar[5]areno con hidrazida adjunta (HAPA-C)
  • 1.D.31 La familia de la anfotericina B
  • 1.D.32 La familia de novicidinas formadoras de poros
  • 1.D.33 La familia de politeonamidas B formadoras de canales
  • 1.D.34 Los oligoésteres formadores de canales Bolaamphiphiles
  • 1.D.35 La familia de lipodepsipéptidos cíclicos formadores de poros
  • 1.D.36 La familia de canales iónicos de oligoborneno
  • 1.D.37 La familia Hibicuslide C
  • 1.D.38 La familia de nanotubos peptídicos cíclicos (cPepNT)
  • 1.D.39 La familia de canales iónicos moleculares anfifílicos basados ​​en azobenceno controlados por luz (AAM-IC)
  • 1.D.40 La familia de poros toroidales lipídicos inducidos por proteínas
  • 1.D.41 La familia de los ionóforos de tipo esprotetonato (espirohexanólidos)
  • 1.D.42 La familia de canales de areno-pilar tripéptido Phe-Arg[5] (TPPA-C)
  • 1.D.43 La familia de canales de dinucleósido de guanosina adaptados a triazol (TT-GDN-C)
  • 1.D.44 La familia de canales iónicos sintéticos con ferroceno redox-activo (ICRF)
  • 1.D.45 La familia de poros de membrana de sonoporación y electroporación (SEMP)
  • 1.D.46 La familia de nanoporos de ADN (DnaNP)
  • 1.D.47 La familia de péptidos cíclicos sintéticos formadores de poros (PSCP)
  • 1.D.48 La familia de siringomicina E formadora de poros
  • 1.D.49 La familia de canales transmembrana de radicales carotenoides (CRC)
  • 1.D.50 La familia de transportadores de aniones bis-catecol anfifílicos (AC-AT)
  • 1.D.51 La familia de nanoporos de proteínas (ProNP)
  • 1.D.52 La familia de nanoporos de macrociclos de oligoamidas aromáticas (OmnNP)
  • 1.D.53 La familia de nanotubos peptídicos alfa y gamma (a,gPepNT)
  • 1.D.54 La familia de canales iónicos hexil-benzoureido-15-corona-5-éter (HBEC) selectivos de potasio
  • 1.D.55 La familia de nanoporos basados ​​en porfirina (PorNP)
  • 1.D.56 La familia de nanoporos oligoméricos alfa-aminoisobutirato (Aib) (AibNP)
  • 1.D.57 La familia de electroporos lipídicos (LEP)
  • 1.D.58 La familia de prodigiosenos transportadores de aniones (Prodigiosene)
  • 1.D.59 La familia de las perenosinas transportadoras de aniones (perenosinas)
  • 1.D.60 La familia de péptidos alfa, gamma-cíclicos (AGCP)
  • 1.D.61 La familia de 2,6-bis(bencimidazol-2-il)piridinas anionofóricas (ABBP)
  • 1.D.62 La familia de derivados de bis-triazolil diguanosina que forman canales (TDG)
  • 1.D.63 La familia de nanoporos basados ​​en péptidos (PepNP)
  • 1.D.64 La familia de nanotubos de carbono (CarNT)
  • 1.D.65 La familia de los anfidinol formadores de poros (Amphidinol)
  • 1.D.66 La familia de nanoporos de macromoléculas helicoidales (HmmNP)
  • 1.D.67 La familia de canales iónicos peptídicos helicoidales modificados con éter de corona (CEHP)
  • 1.D.68 La familia de polímeros en bloque pleurónicos formadores de poros (PPBP)
  • 1.D.69 La familia de nanoporos cónicos (ConNP)
  • 1.D.70 La familia de nanoporos metálicos (Au/Ag/Pt/grafeno) (MetNP)
  • 1.D.71 La familia de péptidos sintéticos TP359 (TP359)
  • 1.D.72 La familia de receptores trípodes basados ​​en triazina transportadores de cloruro (CCTTR)
  • 1.D.73 La familia de nanoporos de sílice mesoporosos (SilNP)
  • 1.D.74 La familia de poros rígidos sintéticos de p-octifenilo sensibles al estímulo (SSROP)
  • 1.F.1 La familia de poros de fusión de vesículas sinaptosómicas (poros SVF)
  • 1.F.2 La familia de exocistos octaméricos (exocistos)
  • 1.G.1 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 1 (VMFP1)
  • 1.G.2 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 2 (VMFP2)
  • 1.G.3 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 3 (VMFP3)
  • 1.G.4 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 4 (VMFP4)
  • 1.G.5 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 5 (VMFP5)
  • 1.G.6 La familia de proteínas de fusión hepadnavirales S (proteína HBV-S)
  • 1.G.7 La familia de proteínas de fusión FAST del reovirus (R-FAST)
  • 1.G.8 La familia de proteínas de fusión de arenavirus (AV-FP)
  • 1.G.9 La familia de las sincitinas (Syncytin)
  • 1.G.10 La familia del complejo de fusión de membrana del virus del herpes simple (HSV-MFC)
  • 1.G.11 Familia del complejo de proteínas de entrada celular del virus de la viruela (PEP-C)
  • 1.G.12 La familia de proteínas de fusión gp95 del virus de la leucosis aviar (ALV-gp95)
  • 1.G.13 La familia de virus transmembrana pequeños asociados a la fusión (FAST) de orthoreovirus
  • 1.G.14 La familia de proteínas formadoras de poros de fusión/hemaglutinina del virus de la influenza (Influenza-H/FPP)
  • 1.G.15 Familia de la glicoproteína principal de envoltura GP64 (GP64) del virus de la polihedrosis nuclear de Autographa californica
  • 1.G.16 La familia de péptidos de fusión (VIH-FP) del virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1)
  • 1.G.17 La familia de glicoproteínas de la envoltura del virus de la leucemia bovina (BLV-Env)
  • 1.G.18 El péptido de fusión SARS-CoV en la familia de precursores de la glicoproteína de la espícula (SARS-FP)
  • 1.G.19 Familia de complejos de fusión de membrana formadores de poros de rotavirus (CMC de rotavirus)
  • 1.G.20 La familia de glicoproteínas de fusión de la envoltura Gc del hantavirus (Gc-EFG)
  • 1.G.21 Familia Gp42 (Gp42) del virus de Epstein Barr (virus del herpes humano 4)
  • 1.G.22 La familia de la glicoproteína gO (gO) del citomegalovirus (virus del herpes humano 5)

1.H Canales paracelulares

  • 1.H.1 La familia Claudin Tight Junction (Claudin1)
  • 1.H.2 La familia de invertebrados PMP22-Claudin (Claudin2)

1.I Canales unidos a membrana

2. Transportadores impulsados ​​por potencial electroquímico

  • 2.A.1 Superfamilia de facilitadores mayores (MFS), véase también permeasa de lactosa , permeasa de fosfato y transportador de glucosa
  • 2.A.2 La familia de simportadores de cationes glicósido-pentósido-hexurónido (GPH)
  • 2.A.3 La familia de organocationes de aminoácidos y poliaminas (APC)
  • 2.A.4 Familia de facilitadores de difusión de cationes (CDF)
  • 2.A.5 Familia de permeasas de zinc (Zn 2+ )-hierro (Fe 2+ )
  • 2.A.6 Superfamilia de resistencia-nodulación-división celular , véase también proteína de membrana exportadora de proteína SecDF
  • 2.A.7 La superfamilia de transportadores de fármacos y metabolitos (DMT)
  • 2.A.8 La familia de simportadores gluconato:H + (GntP)
  • 2.A.9 La familia de las insertasas de proteínas de membrana (YidC/Alb3/Oxa1)
  • 2.A.10 La familia del transportador de 2-ceto-3-desoxigluconato (KdgT)
  • 2.A.11 La familia de simportadores citrato-Mg 2+ :H + (CitM) citrato-Ca 2+ :H + (CitH) (CitMHS)
  • 2.A.12 Familia de antiportadores ATP:ADP
  • 2.A.13 La familia de captación de dicarboxilato C4 (Dcu)
  • 2.A.14 Familia de la permeasa de lactato
  • 2.A.15 La familia de transportadores de betaína/carnitina/colina (BCCT)
  • 2.A.16 Familia de transportadores de dicarboxilato y resistencia al telurito
  • 2.A.17 Familia de transportadores de oligopéptidos dependientes de protones
  • 2.A.18 La familia de permeasas de aminoácidos/auxinas (AAAP)
  • 2.A.19 La familia de antiportadores de cationes Ca 2+ (CaCA)
  • 2.A.20 La familia de transportadores de fosfato inorgánico (PiT)
  • 2.A.21 Familia de simportadores de soluto y sodio
  • 2.A.22 La familia de simportadores de sodio y neurotransmisores
  • 2.A.23 La familia de simportadores de dicarboxilato/aminoácido:catión (Na + o H + ) (DAACS)
  • 2.A.24 La familia del transportador de 2-hidroxicarboxilato (2-HCT)
  • 2.A.25 Familia de simportadores de cationes de alanina o glicina (AGCS)
  • 2.A.26 La familia de simportadores de aminoácidos de cadena ramificada: cationes (LIVCS)
  • 2.A.27 La familia de simportadores glutamato:Na + (ESS)
  • 2.A.28 Ácidos biliares: Na + Familia Symporter
  • 2.A.29 Familia portadora mitocondrial
  • 2.A.30 Familia de cotransportadores de cationes y cloruros (CCC)
  • 2.A.31 Familia de intercambiadores de aniones
  • 2.A.32 La familia de transportadores de silicio (Sit)
  • 2.A.33 Familia NhaA Na + :H + Antiportador (NhaA)
  • 2.A.34 La familia de antiportadores Na + :H + (NhaB) de NhaB
  • 2.A.35 La familia de antiportadores Na + :H + (NhaC) de NhaC
  • 2.A.36 Familia de antiportadores de protones monovalentes de cationes-1 (CPA1)
  • 2.A.37 Familia de antiportadores de protones monovalentes de cationes-2 (CPA2)
  • 2.A.38 Familia de transportadores K + (Trk)
  • 2.A.39 Familia de simportadores de nucleobases y cationes 1 (NCS1)
  • 2.A.40 Familia de simportadores de nucleobases y cationes-2 (NCS2)
  • 2.A.41 La familia de transportadores de nucleósidos concentrativos (CNT)
  • 2.A.42 La familia de permeasas de aminoácidos aromáticos e hidroxi (HAAAP)
  • 2.A.43 La familia del transportador de cistina lisosomal (LCT)
  • 2.A.45 Familia de eflujos de arsenito-antimonita
  • 2.A.46 La familia de simportadores benzoato:H + (BenE)
  • 2.A.47 Anión divalente: Na + familia simportadora (DASS)
  • 2.A.48 La familia de transportadores de folato reducido (RFC)
  • 2.A.49 Familia de portadores/canales de cloruro (ClC)
  • 2.A.50 La familia de captación de glicerol (GUP)
  • 2.A.51 La familia de transportadores de iones de cromato (CHR)
  • 2.A.52 La familia de transportadores Ni 2+ -Co 2+ (NiCoT)
  • 2.A.53 Familia de la permeasa de sulfato (SulP)
  • 2.A.54 La familia de transportadores tricarboxilato mitocondriales (MTC)
  • 2.A.55 La familia de transportadores de iones metálicos (Mn 2+ -hierro) (Nramp)
  • 2.A.56 La familia de transportadores periplásmicos independientes de ATP tripartitos (TRAP-T)
  • 2.A.57 La familia de transportadores de nucleósidos equilibrantes (ENT)
  • 2.A.58 La familia de simportadores de fosfato:Na + (PNaS)
  • 2.A.59 La familia de resistencia arsenical-3 (ACR3)
  • 2.A.60 Familia de transportadores de aniones orgánicos (OAT)
  • 2.A.61 La familia de captación de dicarboxilato C4 (DcuC)
  • 2.A.62 Familia de antiportadores NhaD Na + :H + (NhaD)
  • 2.A.63 El catión monovalente (K + o Na + ): Familia del antiportador de protones-3 (CPA3)
  • 2.A.64 Familia de diana de arginina gemela (Tat)
  • 2.A.65 La familia de transportadores de bilirrubina (BRT)
  • 2.A.66 La superfamilia de flipasas de múltiples fármacos/oligosacáridos-lípidos/polisacáridos (MOP)
  • 2.A.67 La familia de transportadores de oligopéptidos (OPT)
  • 2.A.68 La familia del transportador de p-aminobenzoil-glutamato (AbgT)
  • 2.A.69 La familia de portadores de eflujo de auxina (AEC)
  • 2.A.70 La familia de simportadores malonato:Na + (MSS)
  • 2.A.71 La familia de transportadores de folato-biopterina (FBT)
  • 2.A.72 La familia de permeasas de captación de K + (KUP)
  • 2.A.73 La familia de captación de ácidos grasos de cadena corta (AtoE)
  • 2.A.74 La familia de transportadores endosómicos de múltiples fármacos (MET) 4 TMS
  • 2.A.75 La familia de exportadores de L-lisina (LysE)
  • 2.A.76 La resistencia a la familia Homoserina/Treonina (RhtB)
  • 2.A.77 La familia de resistencia al cadmio (CadD)
  • 2.A.78 La familia de exportadores de aminoácidos de cadena ramificada (LIV-E)
  • 2.A.79 La familia de exportadores de treonina/serina (ThrE)
  • 2.A.80 La familia de transportadores de tricarboxilato (TTT)
  • 2.A.81 La familia de intercambiadores de aspartato:alanina (AAEx)
  • 2.A.82 La familia de transportadores de solutos orgánicos (OST)
  • 2.A.83 La familia de transportadores de bicarbonato dependientes de Na + (SBT)
  • 2.A.84 La familia de exportadores de maltosa de cloroplastos (MEX)
  • 2.A.85 La familia de exportadores de ácidos aromáticos (ArAE)
  • 2.A.86 La familia del exportador autoinductor-2 (AI-2E) (anteriormente la familia PerM, TC n.° 9.B.22)
  • 2.A.87 La familia del transportador de riboflavina procariota (P-RFT)
  • 2.A.88 Familia de transportadores de captación de vitaminas (VUT o ECF)
  • 2.A.89 La familia de transportadores de hierro vacuolar (VIT)
  • 2.A.90 Familia de receptores/transportadores de vitamina A (STRA6)
  • 2.A.91 Complejo de importación de ARNt mitocondrial (M-RIC) (anteriormente 9.C.8)
  • 2.A.92 La familia de transportadores de colina (CTL)
  • 2.A.94 La familia de las permeasas de fosfato (Pho1)
  • 2.A.95 La familia de transportadores de aminoácidos neutros (NAAT) 6TMS
  • 2.A.96 La familia de transportadores de captación de acetato (AceTr)
  • 2.A.97 La familia de intercambiadores de K + /H + y Ca2 + /H + de la membrana interna mitocondrial (LetM1)
  • 2.A.98 La familia de exportadores putativos de sulfato (PSE)
  • 2.A.99 La familia de transportadores de captación de Ni 2+ 6TMS (HupE-UreJ)
  • 2.A.100 La familia de las ferroportinas (Fpn)
  • 2.A.101 La familia de captación de malonato (MatC) (anteriormente UIT1)
  • 2.A.102 La familia de permeasas de captación de 4-toluenosulfonato (TSUP)
  • 2.A.103 La familia de exportadores de precursores de mureína (MPE) bacterianos
  • 2.A.104 La familia de exportadores de L-alanina (AlaE)
  • 2.A.105 La familia de transportadores de piruvato mitocondrial (MPC)
  • 2.A.106 La familia de antiportadores Ca 2+ :H + 2 (CaCA2)
  • 2.A.107 La familia de exportadores de MntP Mn 2+ (MntP)
  • 2.A.108 La familia de transportadores de hierro/plomo (ILT)
  • 2.A.109 La familia de resistencias iónicas de telurio (TerC)
  • 2.A.110 El transportador de hemo, familia de proteínas génicas sensibles al hemo (HRG)
  • 2.A.111 La familia de antiportadores Na + /H +-E (NhaE)
  • 2.A.112 La familia de antígenos del grupo sanguíneo KX (KXA)
  • 2.A.113 La familia de transportadores de níquel/cobalto (NicO)
  • 2.A.114 La familia de transportadores de péptidos putativos de inanición de carbono CstA (CstA)
  • 2.A.115 La familia de exportadores de novobiocina (NbcE)
  • 2.A.116 La familia de proteínas de direccionamiento de peptidoglicolípidos (GAP)
  • 2.A.117 La familia de exportadores de clorhexidina (CHX)
  • 2.A.118 La familia de antiportadores de aminoácidos básicos (ArcD)
  • 2.A.119 La familia de exportadores organoarsénicos (ArsP)
  • 2.A.120 La supuesta familia de permeasas de aminoácidos (PAAP)
  • 2.A.121 La familia de transportadores de sulfato (CysZ)
  • 2.A.122 La familia de proteínas auxiliares similares a holina LrgB/CidB (LrgB/CidB)
  • 2.A.123 La familia Sweet; PQ-loop; Saliva; MtN3 (Sweet)
  • 2.A.124 La familia de los exportadores de lisina (LysO)
  • 2.A.125 La familia del transportador de riboflavina eucariota (E-RFT)
  • 2.A.126 La familia de exportadores de ácidos grasos (FAX)
  • 2.A.127 Familia de transportadores de cardiolipina (CLT) enterobacterianos

2.B Portadores no sintetizados ribosómicamente

  • 2.B.1 La familia de portadores de valinomicina
  • 2.B.2 La familia de las monensinas
  • 2.B.3 La familia de las nigericinas
  • 2.B.4 La familia de antibióticos macrotetrólidos (MA)
  • 2.B.5 La familia de poliéteres macrocíclicos (MP)
  • 2.B.6 La familia de las ionomicinas
  • 2.B.7 La familia de translocación de fosfolípidos peptídicos de hélice α transmembrana (TMP-PLT)
  • 2.B.8 La familia de la bafilomicina A1 (Bafilomicina)
  • 2.B.9 La familia funcional de péptidos penetrantes de células (CPP)
  • 2.B.10 La CPP sintética, familia transportana
  • 2.B.11 La familia de ionóforos de tipo portador de calcimicina o A23187
  • 2.B.12 La familia de las salinomicinas
  • 2.B.13 La familia de antiportadores de aniones macrocíclicos tetrapirrólicos (TPMC-AA)
  • 2.B.14 La familia de ionóforos (lasalocid) Lasalocid A o X-537A
  • 2.B.15 La familia de portadores de cloruro basados ​​en trípodes de tris-tiourea (TTT-CC)
  • 2.B.16 La familia de portadores de aniones compuestos que contienen enlaces halógenos (HCAC)
  • 2.B.17 La familia de cotransportadores (IDC) del derivado de isoftalamina H + :Cl−
  • 2.B.18 La familia de cotransportadores H+:Cl del derivado de piridina-2,6-dicarboxamina (PDCA)
  • 2.B.19 La familia de derivados de Calix(4)pirrol (C4P)
  • 2.B.20 La familia de intercambiadores de cloruro/bicarbonato de prodigiosina (Prodigiosin)
  • 2.B.21 La familia de transportadores de aniones derivados de orto-fenilendiamina-bis-urea (oPDA-U)
  • 2.B.22 La familia de transportadores de aniones funcionalizados con imidazolio (IAT)
  • 2.B.23 Antiportador sintético homotetramérico transmembrana Zn 2+ /Co 2+ :protón, familia Rocker (Rocker)
  • 2.B.24 La familia de transportadores de aniones 2,6-bis(bencimidazol-2-il)piridina (BBP-AC)
  • 2.B.25 La familia de flip-flops lipídicos mediada por péptidos (PLFF)
  • 2.B.26 La familia de conjugados bis(coloxi) funcionalizados con bis(imidazolil) (BIBCC)
  • 2.B.27 La familia de transportadores de aniones Tris-Urea
  • 2.B.29 La familia de los alcaloides marinos anionofóricos tambjamina

2.C Energizadores impulsados ​​por gradiente de iones

  • 2.C.1 La familia TonB-ExbB-ExbD/TolA-TolQ-TolR (TonB) de proteínas auxiliares para la energización del transporte activo mediado por el receptor de membrana externa (OMR)

3.A. Transportadores impulsados ​​por hidrólisis de enlaces PP

  • 3.A.1 Transportadores ABC que incluyen BtuCD, transportador de captación de molibdato, regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística y otros
  • 3.A.2 La superfamilia de ATPasas de tipo F , ATPasas de tipo V y ATPasas de tipo A que translocan H + o Na +
  • 3.A.3 La superfamilia de ATPasas de tipo P
  • 3.A.4 La familia de eflujos de arsenito-antimonita
  • 3.A.5 Vía secretora general (Sec) translocón (preproteína translocasa SecY)
  • 3.A.6 La familia de la vía secretora de tipo III (relacionada con la virulencia) (IIISP)
  • 3.A.7 La familia de la vía secretora de tipo IV (transferencia de proteína-ADN conyugal o VirB) (IVSP)
  • 3.A.8 La familia de translocasas de proteínas mitocondriales (MPT)
  • 3.A.9 La familia de translocasas de la proteína de la envoltura del cloroplasto (CEPT o Tic-Toc)
  • 3.A.10 Familia de pirofosfatasas translocadoras de H + , Na +
  • 3.A.11 La familia de transportadores de transformación del ADN relacionados con la competencia bacteriana (ADN-T)
  • 3.A.12 La familia de translocadores de ADN septal (S-DNA-T)
  • 3.A.13 La familia de exportadores de fagos filamentosos (FPhE)
  • 3.A.14 La familia de exportadores de proteínas/fimbrilina (FPE)
  • 3.A.15 Familia de la rama terminal principal secretora de proteínas de membrana externa (MTB)
  • 3.A.16 La familia de retrotranslocones reticulares endoplasmáticos (ER-RT)
  • 3.A.17 La familia del inyectoma del fago T7 (inyectoma T7)
  • 3.A.18 La familia de exportadores nucleares de ARNm (ARNm-E)
  • 3.A.19 La familia de complejos de reconocimiento/inserción (TRC) de TMS
  • 3.A.20 La familia de importadores de proteínas peroxisomales (PPI)
  • 3.A.21 La familia de complejos de inserción/biogénesis de proteínas de membrana ancladas en la cola C-terminal (TAMP-B)
  • 3.A.22 La familia del complejo de exportación nuclear de ARNm TREX/TAP acoplado a transcripción (TREX)
  • 3.A.23 La familia de vías secretoras de simbiosis/virulencia tipo VI (VISP)
  • 3.A.24 Familia del sistema de secreción de proteínas tipo VII o ESX (T7SS)
  • 3.A.25 La familia de maquinarias similares a ERAD específicas de simbiontes (SELMA)
  • 3.A.26 La familia de translocones de proteínas exportadas (PTEX) de Plasmodium

3.B Transportadores impulsados ​​por descarboxilación

  • 3.B.1 La familia de descarboxilasas de ácidos carboxílicos transportadoras de Na + (NaT-DC)

3.C Transportadores impulsados ​​por transferencia de metilo

  • 3.C.1 La familia de la metiltetrahidrometanopterina transportadora de Na + :coenzima M metiltransferasa (NaT-MMM)

3.D. Transportadores impulsados ​​por oxidorreducción

Incluyen una serie de proteínas transmembrana similares al citocromo b, entre ellas la coenzima Q-citocromo c reductasa (citocromo bc1); complejo citocromo b6f ; formiato deshidrogenasa, nitrato reductasa respiratoria ; succinato-coenzima Q reductasa (fumarato reductasa); y succinato deshidrogenasa . Véase cadena de transporte de electrones .

  • 3.D.1 La familia de la NADH deshidrogenasa (complejo I) translocante de H + o Na +
  • 3.D.2 La familia de las transhidrogenasas translocadoras de protones (PTH)
  • 3.D.3 La superfamilia de la quinol-citocromo c reductasa translocante de protones
  • 3.D.4 Superfamilia de la citocromo oxidasa translocante de protones (COX)
  • 3.D.5 La familia de la NADH:quinona deshidrogenasa (Na-NDH o NQR) translocante de Na +
  • 3.D.6 La familia de la NADH:ferredoxina oxidorreductasa (NFO o RNF) que transloca iones putativos (H + o Na + )
  • 3.D.7 La familia de la H 2 :heterodisulfuro oxidorreductasa (HHO)
  • 3.D.8 La familia de la formil metanofurano deshidrogenasa (FMF-DH) que bombea Na + o H +
  • 3.D.9 La familia de la deshidrogenasa F420H2 translocante de H + (F420H2DH)
  • 3.D.10 La familia de la succinato deshidrogenasa procariota (SDH)

3.E. Transportadores impulsados ​​por absorción de luz

4. Translocadores de grupo

4.A Translocadores de grupos impulsados ​​por fosfotransferencia

4.B Transportadores de captación de ribonucleósidos de nicotinamida

  • 4.B.1 La familia de permeasas de captación de ribonucleósidos (NR) de nicotinamida (PnuC)

Transportadores acoplados a la ligasa de acil CoA 4.C

  • 4.C.1 La familia propuesta de transportadores de ácidos grasos (FAT)
  • 4.C.2 La familia de la carnitina O-acil transferasa (CrAT)
  • 4.C.3 La familia de las acil-CoA tioesterasas (AcoT)

4.D Sintetasa de polisacáridos/exportadores

  • 4.D.1 La supuesta familia de polimerización vectorial de glicosilo (VGP)
  • 4.D.2 La familia de las glicosiltransferasas 2 (GT2)
  • 4.D.3 La familia de las glicano glucosil transferasas (OpgH)

4.E. Translocadores de grupos catalizados por polimerasa de polifosfato vacuolar

  • 4.E.1 La familia de polifosfato polimerasa vacuolar (acidocalcisoma) (V-PPP)

5. Transportadores de electrones

5.A Portadores de transferencia de 2 electrones transmembrana

  • 5.A.1 La familia de la oxidorreductasa D (DsbD) que enlaza disulfuro
  • 5.A.2 La familia de la oxidorreductasa B con enlaces disulfuro (DsbB)
  • 5.A.3 La familia de oxidorreductasas que contienen molibdopterina (PMO) procariotas

5.B Portadores de transferencia de 1 electrón transmembrana

8. Factores accesorios que intervienen en el transporte

8.A Proteínas de transporte auxiliares

8.B Toxinas proteicas/peptídicas sintetizadas ribosómicamente que se dirigen a canales y transportadores

8.C Toxinas sintetizadas no ribosómicamente que se dirigen a canales y transportadores

9. Sistemas de transporte caracterizados de forma incompleta

9.A Transportadores reconocidos de mecanismo bioquímico desconocido

9.B Proteínas transportadoras putativas

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas

Referencias

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  2. ^ Saier, MH; Yen, MR; Noto, K.; Tamang, DG; Elkan, C. (1 de enero de 2009). "La base de datos de clasificación de transportadores: avances recientes". Nucleic Acids Research . 37 (Base de datos): D274–D278. doi :10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586 . PMID  19022853. 
  3. ^ Saier, MH; Tran, CV; Barabote, RD (1 de enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana". Nucleic Acids Research . 34 (90001): D181–D186. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385 . PMID  16381841. 
  • Base de datos de clasificación de transportadores
  • Listado en qmul.ac.uk
  • Saier MH, Tran CV, Barabote RD (enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana". Nucleic Acids Res . 34 (número de la base de datos): D181–6. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC  1334385 . PMID  16381841.
  • Busch W, Saier MH (2002). "El sistema de clasificación de transportadores (TC), 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol . 37 (5): 287–337. doi :10.1080/10409230290771528. PMID  12449427. S2CID  10558982.
  • Clasificación de los transportadores humanos en farmacología
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