Articulo de referencia

TMEM106A

TMEM106A es un gen que codifica la proteína transmembrana 106A (TMEM106A) en Homo sapiens . [ 5 ] Se localiza en 17q21.31 en la cadena positiva junto a los genes relacionados co...

TMEM106A es un gen que codifica la proteína transmembrana 106A (TMEM106A) en Homo sapiens . [ 5 ] Se localiza en 17q21.31 en la cadena positiva junto a los genes relacionados con el cáncer NBR1 y BRCA1 . [ 5 ] [ 6 ] El gen TMEM106A contiene un dominio de función desconocida , DUF1356. [ 5 ]

Estructura de las proteínas

La proteína TMEM106A tiene un peso molecular de 28,9  kDa. Tiene 262 aminoácidos, 240 de los cuales se encuentran en el dominio de función. [ 5 ] La proteína tiene una región transmembrana . [ 7 ] Existe evidencia de una región transmembrana secundaria en humanos, pero esta región no está conservada en ortólogos relacionados. [ 8 ] La proteína no contiene un péptido señal . [ 9 ] La estructura de la proteína contiene una proporción similar de estructuras secundarias de hélice alfa y lámina beta (esto no incluye las estructuras transmembrana). [ 10 ] [ 11 ]

Proteína TMEM106A con láminas beta (rojo), hélices alfa (azul) y región transmembrana (gris).

Existen varias áreas para la modificación postraduccional de TMEM106A, entre las que se incluyen:

Homología

Parálogos

El gen TMEM106A tiene dos parálogos: TMEM106B y TMEM106C . Estos parálogos pertenecen a la familia de genes pfam07092, que a su vez pertenece a la superfamilia DUF1356. Esta familia está compuesta por varias proteínas de mamíferos de aproximadamente 250 aminoácidos de longitud. [ 15 ] TMEM106B y TMEM106C se conservan desde invertebrados hasta mamíferos.

Ortólogos

Expresión de TMEM106A en tejidos humanos [ 19 ]

El gen TMEM106A se ha encontrado únicamente en el filo Chordate . [ 20 ] De los tres subfilos, TMEM106A se encuentra con mayor frecuencia en Vertebrata y también se ha encontrado en algunos miembros de Tunicata , que son invertebrados marinos filtradores. Esta división del filo ocurrió hace 722,5 millones de años. [ 21 ] TMEM106A no se ha observado en bacterias, plantas ni hongos.

Expresión

TMEM106A se expresa en varios tejidos humanos. Los tejidos con mayor expresión son el útero , los riñones , el intestino delgado y el estómago . [ 16 ] [ 22 ] Los perfiles EST para ortólogos muestran que la expresión está conservada con la mayor expresión en los riñones y menor expresión en varias otras áreas. [ 23 ] Algunos tejidos nunca muestran expresión, incluidos: músculo , tejido adiposo y hueso .

Vecindario genético

En Homo sapiens , TMEM106A se encuentra junto a NBR1 , un gen identificado como antígeno tumoral ovárico monitorizado en el cáncer de ovario . [ 24 ] También se encuentra cerca de BRCA1 , un gen supresor de tumores de cáncer de mama . [ 25 ] Los primeros 140 aminoácidos de la proteína TMEM106A, incluyendo porciones de DUF1356 y una región transmembrana, se eliminan junto con BRCA1 durante el cáncer de mama de aparición temprana. [ 26 ]

Vecindario genético de TMEM106A

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000184988 Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000034947 Ensembl , mayo de 2017
  3. "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. 1 2 3 4 "Gen Entrez: proteína transmembrana TMEM106A 106A" .
  6. "Fichas genéticas: proteína transmembrana TMEM106A 106A" .
  7. Nakai K, Horton P (enero de 1999). "PSORT: un programa para detectar señales de clasificación en proteínas y predecir su localización subcelular" . Trends Biochem. Sci . 24 (1): 34– 6. doi : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . PMID 10087920 . 
  8. Persson B, Argos P (marzo de 1994). "Predicción de segmentos transmembrana en proteínas utilizando alineamientos de secuencias múltiples". J. Mol. Biol . 237 (2): 182– 92. doi : 10.1006/jmbi.1994.1220 . PMID 8126732 . 
  9. Nielsen H, Engelbrecht J, Brunak S, von Heijne G (enero de 1997). "Identificación de péptidos señal procariotas y eucariotas y predicción de sus sitios de escisión" . Protein Eng . 10 (1): 1– 6. doi : 10.1093/protein/10.1.1 . PMID 9051728 . 
  10. Garnier J, Osguthorpe DJ, Robson B (marzo de 1978). "Análisis de la precisión e implicaciones de métodos simples para predecir la estructura secundaria de proteínas globulares". J. Mol. Biol . 120 (1): 97–120 . doi : 10.1016/0022-2836(78)90297-8 . PMID 642007 . 
  11. Chou PY, Fasman GD (1979). "Predicción de la estructura secundaria de las proteínas a partir de su secuencia de aminoácidos" . Avances en enzimología y áreas relacionadas de la biología molecular . Vol. 47. págs. 45–148 . doi : 10.1002/9780470122921.ch2 . ISBN   9780470122921. PMID 364941 . 
  12. Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (diciembre de 1999). "Predicción de sitios de fosforilación de proteínas eucariotas basada en secuencia y estructura". J. Mol. Biol . 294 (5): 1351– 62. doi : 10.1006/jmbi.1999.3310 . PMID 10600390 . 
  13. Gupta R, Jung E, Brunak S (2004). "Predicción de sitios de N-glicosilación en proteínas humanas" . Archivado del original el 11 de junio de 2021. Recuperado el 8 de mayo de 2012 .{{cite journal}}: Para citar una revista se requiere |journal=( ayuda )
  14. Johansen MB, Kiemer L, Brunak S (septiembre de 2006). "Análisis y predicción de la glicación de proteínas de mamíferos". Glycobiology . 16 (9): 844– 53. CiteSeerX 10.1.1.128.831 . doi : 10.1093/glycob/cwl009 . PMID 16762979 .  
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  25. Garcia-Casado Z, Romero I, Fernandez-Serra A, Rubio L, Llopis F, Garcia A, Llombart P, Lopez-Guerrero JA (2011). "Identificación de una deleción completa de novo del gen BRCA1 en una mujer española con cáncer de mama bilateral en estadio temprano" . BMC Med. Genet . 12 134. doi : 10.1186/1471-2350-12-134 . PMC 3207938. PMID 21989022 .  
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