TMEM249

La proteína transmembrana 249 es una proteína que en los seres humanos está codificada por el gen TMEM249 .

TMEM249 se encuentra cerca del extremo del brazo largo del cromosoma 8 en humanos. ^{[ 5 ]}

TMEM249 también se conoce como C8orfk29. ^{[ 6 ]}

La secuencia primaria encontrada en NCBI ^{[ 7 ]} y Aceview en NCBI predice que hay cinco isoformas de empalme, cuatro de las cuales se parecen mucho entre sí y la quinta carece de una gran región intrónica 5' . Softberry refuerza los datos de Aceview al predecir cinco exones , que se observan en cuatro de las cinco isoformas de empalme de Aceview.

La estructura general del transcrito TMEM249 tiene una gran región 5' UTR seguida del exón 1, luego un gran intrón seguido del exón 2, un pequeño intrón y luego el exón 3. El resto de la proteína sigue al exón 3 con un gran intrón, el exón 4 un pequeño intrón y luego el exón 5, la región 3' UTR.

El transcrito primario contiene los cinco exones y produce una proteína de 235 aminoácidos . Los transcritos 1 y 2 se traducen en dirección 3' a 5', mientras que los transcritos 3 a 5 se traducen en dirección 5' a 3'. El gen está codificado en la cadena negativa del cromosoma .

El único parálogo conocido de la proteína TMEM249 humana se encuentra en la segunda isoforma de la proteína en los gorilas. De los 217 aminoácidos alineados entre la TMEM249 de gorila y la humana, el 96% coinciden completamente y el 99% están conservados.

Los ortólogos de TMEM249 incluyen a todos los grupos de vida excepto aves, hongos, arqueas, protistas y plantas. El ortólogo más distante, Rozella allomycis, fue la especie más divergente que calificó como ortólogo. El último ancestro común entre Rozella allomycis y Homo sapiens son los opistocontos .

No existen homólogos ni dominios homólogos dentro de TMEM249.

No se encontraron ortólogos en hongos al buscar secuencias similares, por lo que se podría suponer que el gen surgió en los opistocontos y se propagó a través del árbol filogenético animal. Esto significaría que la proteína divergió demasiado tarde para evolucionar en el árbol de los hongos. Esto explicaría por qué no se han encontrado ortólogos en plantas, ya que el gen habría surgido después de que animales y plantas divergieran evolutivamente.

Se han predicho tres dominios transmembrana . Se desconoce si estos dominios transmembrana afectan la estructura general del complejo proteico una vez que se expresa correctamente en el tejido. El análisis evolutivo mostró que estos dominios transmembrana están altamente conservados en todos los taxones ortólogos .

Cerca del extremo 3' de la proteína, se prevé que exista una región altamente fosforilada en serina. Es probable que este extremo se encuentre en la mitad citosólica de la proteína y participe en la activación de alguna vía metabólica.

TMEM249 presenta una estructura muy variada. Los datos predictivos sugieren la presencia de regiones alternas de láminas beta y hélices alfa . Estas predicciones podrían respaldar la existencia de un barril beta o "barril helicoidal" a través de la membrana, formado por múltiples monómeros de la proteína TMEM249.

La región promotora se identificó mediante Eldorado de Genomatix.de (fuente). Esta región se ubica aguas arriba de la región 5' de TMEM249 en la cadena negativa del cromosoma 8. Este promotor se une a diversos factores de transcripción, según lo determinado por Eldorado en Genomatix.de.

La expresión de TMEM249 se encuentra en niveles elevados en una amplia variedad de tejidos humanos. Los perfiles tisulares de GEO para esta proteína muestran que está presente en diversas localizaciones del cuerpo humano. El atlas de proteínas humanas indica un rango de expresión aún más amplio para esta proteína (fuente).

No se conocían interacciones proteicas para TMEM249.

TMEM249 no tiene ninguna relación conocida con enfermedades médicas.

En humanos existen varios polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para el gen TMEM249. Las mutaciones se encuentran dispersas en su mayoría, y los cambios más significativos en los aminoácidos ocurren en el dominio de función desconocida.