Articulo de referencia

TMUB2

La proteína 2 que contiene el dominio transmembrana y similar a la ubiquitina es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TMUB2 . [4] [5] [6] Gene El gen TMUB2...

La proteína 2 que contiene el dominio transmembrana y similar a la ubiquitina es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TMUB2 . [4] [5] [6]

Gene

El gen TMUB2 se encuentra en el cromosoma humano 17 , en el locus 17q21.31. [6] TMUB2 se encuentra entre dos genes vecinos, ASB16-AS1 a la izquierda y ATXN7L3 a la derecha. [7] TMUB2 tiene una longitud de 4,99 Kb . El gen TMUB2 se puede transcribir en tres posibles variantes de ARNm . [8]

Expresión

Es probable que TMUB2 se exprese de forma ubicua en todo el cuerpo humano. [9] Tiene un alto nivel de expresión que es 2,9 veces mayor que otros genes humanos . [10] [11]

Proteína

La proteína TMUB2 tiene una función que actualmente no se conoce. Consiste en una cadena larga de 321 aminoácidos en humanos. La proteína humana tiene un peso molecular de 33,8 kdal , un punto isoeléctrico de 4,73899 y tres regiones transmembrana . [12] Es probable que varíen en los ortólogos .

Homología

Parálogos

TMUB1 es el único parálogo de TMUB2. [13] [14] Estas proteínas comparten un 38% de identidad y un 51% de similitud. [15]

Ortólogos

La siguiente tabla presenta una selección de algunos de los ortólogos de TMUB2 para mostrar la diversidad de proteínas entre especies . [15]

*Cobertura de consultas limitada

Interacciones de proteínas

En los seres humanos, la ubiquitina C (UBC) es una proteína con una interacción conocida con TMUB2. [16] [17] [18] [19] Otras interacciones propuestas incluyen BCL2L13 (BCL2-like 13), [20] SGTA (proteína pequeña rica en glutamina que contiene repeticiones de tetratricopéptidos), [20] y UBQLN1 (ubiquilina-1). [20] [21] [22]

Referencias

  1. ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000034757 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  3. ^ "Referencia de PubMed sobre ratón". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ^ Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (junio de 1996). "Un método de "doble adaptador" para mejorar la construcción de bibliotecas de escopetas". Anal Biochem . 236 (1): 107–113. doi :10.1006/abio.1996.0138. PMID  8619474.
  5. ^ Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (junio de 1997). "Secuenciación de ADNc por concatenación a gran escala". Genome Res . 7 (4): 353–8. doi :10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146 . PMID  9110174. 
  6. ^ ab "Gen Entrez: dominio transmembrana TMUB2 y similar a ubiquitina que contiene 2".
  7. ^ Navegador de genomas de la UCSC: búsqueda BLAT
  8. ^ Gen NCBI: TMUB2
  9. ^ Visor de perfiles EST: humano
  10. ^ Vista previa: TMUB2
  11. ^ Perfiles GEO del NCBI
  12. ^ Banco de trabajo de biología SDSC 2.0
  13. ^ Tarjetas genéticas: TMUB2
  14. ^ Gen NCBI: TMUB1
  15. ^ ab NCBI BLAST: Herramienta básica de búsqueda de alineación local
  16. ^ Danielsen Jannie señor; Sylvestersen Kathrine B; Bekker-Jensen Simon; Szklarczyk Damián; Poulsen Jon W; Cuerno Heiko; Jensen Lars J; Mailand Niels; Nielsen Michael L. (2011). "El análisis espectrométrico de masas de la ubiquitilación de lisina revela promiscuidad a nivel de sitio". Proteómica molecular y celular . 10 (3): M110.003590. doi : 10.1074/mcp.M110.003590 . PMC 3047152 . PMID  21139048. 
  17. ^ Wagner SA; Beli P.; Weinert BT; Nielsen ML; Cox J.; Mann M.; Choudhary C. (2011). "Un estudio cuantitativo de sitios de ubiquitilación in vivo en todo el proteoma revela funciones reguladoras generalizadas". Molecular & Cellular Proteomics . 10 (10): M111.013284. doi : 10.1074/mcp.M111.013284 . PMC 3205876 . PMID  21890473. 
  18. ^ Kim Woong; Bennett Eric J.; Huttlin Edward L.; Guo Ailan; Li Jing; Possemato Anthony; Sowa Mathew E.; et al. (2011). "Evaluación sistemática y cuantitativa del proteoma modificado por ubiquitina". Molecular Cell . 44 (2): 325–40. doi :10.1016/j.molcel.2011.08.025. PMC 3200427 . PMID  21906983. 
  19. ^ Povlsen Lou K.; Beli Petra; Wagner Sebastian A.; Poulsen Sara L.; Sylvestersen Kathrine B.; Poulsen Jon W.; Nielsen Michael L.; Bekker-Jensen Simon; Mailand Niels; Choudhary Chunaram (2012). "El análisis de la dinámica de la ubiquitinación en todo el sistema revela un papel clave para la ubiquitinación de PAF15 en la evasión del daño del ADN". Nature Cell Biology . 14 (10): 1089–1098. doi :10.1038/ncb2579. PMID  23000965. S2CID  26442522.
  20. ^ abc Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, et al. (noviembre de 2014). "Un mapa a escala del proteoma de la red del interactoma humano". Cell . 159 (5): 1212–26. doi :10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588 . PMID  25416956. 
  21. ^ STRING: Redes de asociación de proteínas funcionales
  22. ^ Base de datos BioGRID

Lectura adicional

  • Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "Clonación de ADN mediante recombinación específica de sitio in vitro". Genome Res . 10 (11): 1788–1795. doi :10.1101/gr.143000. PMC  310948 . PMID  11076863.
  • Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Hacia un catálogo de genes y proteínas humanas: secuenciación y análisis de 500 nuevos ADNc humanos que codifican proteínas completas". Genome Res . 11 (3): 422–435. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC  311072 . PMID  11230166.
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generación y análisis inicial de más de 15.000 secuencias completas de ADNc humano y de ratón". Proc. Natl. Sci. EE. UU . . 99 (26): 16899–16903. Bibcode :2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932.
  • Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "La iniciativa de descubrimiento de proteínas secretadas (SPDI), un esfuerzo a gran escala para identificar nuevas proteínas humanas secretadas y transmembrana: una evaluación bioinformática". Genome Res . 13 (10): 2265–2270. doi :10.1101/gr.1293003. PMC  403697 . PMID  12975309.
  • Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Secuenciación completa y caracterización de 21.243 ADNc humanos de longitud completa". Nat. Genet . 36 (1): 40–45. doi : 10.1038/ng1285 . PMID:  14702039.
  • Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "El estado, la calidad y la expansión del proyecto de ADNc de longitud completa del NIH: la Colección de Genes de Mamíferos (MGC)". Genome Res . 14 (10B): 2121–2127. doi :10.1101/gr.2596504. PMC  528928 . PMID  15489334.
  • Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "Del ORFeome a la biología: una línea de trabajo genómica funcional". Genome Res . 14 (10B): 2136–2144. doi :10.1101/gr.2576704. PMC  528930. PMID  15489336 .
  • Wan D, Gong Y, Qin W, et al. (2004). "Cribado a gran escala de transfección de ADNc para genes relacionados con el desarrollo y progresión del cáncer". Proc. Natl. Sci. USA . 101 (44): 15724–15729. Bibcode :2004PNAS..10115724W. doi : 10.1073/pnas.0404089101 . PMC  524842 . PMID  15498874.
  • Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "La base de datos LIFEdb en 2006". Nucleic Acids Res . 34 (número de la base de datos): D415–D418. doi :10.1093/nar/gkj139. PMC  1347501 . PMID  16381901.
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