TRANSFAC

TRANSFAC (base de datos de factores de transcripción) es una base de datos curada manualmente de factores de transcripción eucariotas , sus sitios de unión genómicos y perfiles de unión al ADN . El contenido de la base de datos puede utilizarse para predecir posibles sitios de unión de factores de transcripción .

El origen de la base de datos fue una recopilación de datos temprana publicada en 1988. ^{[ 2 ]} La primera versión, lanzada bajo el nombre de TRANSFAC, fue desarrollada en el antiguo Centro Nacional Alemán de Investigación en Biotecnología y diseñada para su instalación local (ahora: Centro Helmholtz para la Investigación de Infecciones ). ^{[ 3 ]} En uno de los primeros proyectos de bioinformática financiados con fondos públicos , lanzado en 1993, TRANSFAC se convirtió en un recurso disponible en Internet. ^{[ 4 ]}

En 1997, TRANSFAC fue transferida a una empresa de reciente creación, BIOBASE , con el fin de asegurar la financiación a largo plazo de la base de datos. Desde entonces, la versión más reciente requiere licencia, mientras que las versiones anteriores son gratuitas para usuarios no comerciales. ^{[ 5 ] [ 6 ]} Desde julio de 2016, TRANSFAC es mantenida y distribuida por geneXplain GmbH, Wolfenbüttel, Alemania. ^{[ 7 ]}

El contenido de la base de datos está organizado de manera que se centra en la interacción entre los factores de transcripción (FT) y sus sitios de unión al ADN (SFT). Los FT se describen en función de sus características estructurales y funcionales, extraídas de la literatura científica original . Se clasifican en familias, clases y superclases según las características de sus dominios de unión al ADN . ^{[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]}

La unión de un factor de transcripción (FT) a un sitio genómico se documenta especificando la localización del sitio, su secuencia y el método experimental aplicado. Todos los sitios que se refieren a un FT, o a un grupo de FT estrechamente relacionados, se alinean y se utilizan para construir una matriz de puntuación específica de posición (PSSM), o matriz de recuento. Muchas matrices de la biblioteca de matrices TRANSFAC han sido construidas por un equipo de curadores , mientras que otras se obtuvieron de publicaciones científicas.

La base de datos TRANSFAC puede utilizarse como una enciclopedia de factores de transcripción eucariotas. Las secuencias diana y los genes regulados pueden listarse para cada TF, lo que puede utilizarse como referencia para herramientas de reconocimiento de sitios de unión de factores de transcripción (TFBS) o como conjuntos de entrenamiento para nuevos algoritmos de reconocimiento de TFBS. ^{[ 12 ]} La clasificación de TF permite analizar dichos conjuntos de datos con respecto a las propiedades de los dominios de unión al ADN. ^{[ 13 ]} Otra aplicación es recuperar todos los TF que regulan un determinado (conjunto de) gen(es). En el contexto de estudios de biología de sistemas, las relaciones TF-gen diana documentadas en TRANSFAC se utilizaron para construir y analizar redes reguladoras de la transcripción. ^{[ 14 ] [ 15 ]} El uso más frecuente de TRANSFAC es, con mucho, la predicción computacional de posibles TFBS. Existen varios algoritmos que utilizan los sitios de unión individuales o la biblioteca de matrices para este propósito:

• Patch: analiza las similitudes de secuencia con los sitios de unión documentados en TRANSFAC; se proporciona junto con la base de datos. ^{[ 16 ] [ 17 ]}
• SiteSeer: analiza las similitudes de secuencia con los sitios de unión documentados en TRANSFAC. ^{[ 18 ] [ 19 ]}
• Coincidencia: identifica posibles sitios de unión a factores de transcripción (TFBS) utilizando la biblioteca de matrices; se proporciona junto con la base de datos. ^{[ 20 ] [ 21 ]}
• TESS (Sistema de Búsqueda de Elementos de Transcripción) analiza las similitudes de secuencia con los sitios de unión de TRANSFAC, así como los posibles sitios de unión, utilizando las bibliotecas de matrices de TRANSFAC y otras tres fuentes. ^{[ 22 ] [ 23 ]} TESS también proporciona un programa para la identificación de módulos cis-reguladores (CRM, combinaciones características de TFBS), que utiliza matrices de TRANSFAC. ^{[ 24 ]}
• PROMO – predicción basada en matrices de TFBS con la ayuda de la versión de base de datos comercial ^{[ 25 ] [ 26 ]}
• TFM Explorer: identificación de sitios de unión a factores de transcripción potenciales comunes en un conjunto de genes ^{[ 27 ] [ 28 ]}
• MotifMogul: análisis de secuencias basado en matrices con varios algoritmos diferentes ^{[ 29 ]}
• ConTra – análisis de secuencias basado en matrices en regiones promotoras conservadas ^{[ 30 ] [ 31 ]}
• PMS (Poly Matrix Search) – análisis de secuencias basado en matrices en regiones promotoras conservadas ^{[ 32 ] [ 33 ]}

Comparación de matrices con la biblioteca de matrices de TRANSFAC y otras fuentes:

• Comparador T-Reg ^{[ 34 ]} para comparar matrices individuales o grupos de matrices con las de TRANSFAC u otras bibliotecas.
• MACO (Poly Matrix Search) ^{[ 35 ] [ 36 ]} – comparación de matrices con bibliotecas de matrices.

Varios servidores proporcionan anotaciones genómicas calculadas con la ayuda de TRANSFAC. ^{[ 37 ] [ 38 ]} Otros han utilizado dichos análisis para inferir conjuntos de genes objetivo. ^{[ 39 ] [ 40 ]}

• bases de datos de sitios de unión de factores de transcripción

• Historia de la base de datos TRANSFAC en la página principal de Edgar Wingender.