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TSBP1

TSBP1 es una proteína que en humanos está codificada por el gen TSBP1 . [ 3 ] [ 4 ] TSBP1 se conocía anteriormente como C6orf10 . C6orf10 es un marco de lectura abierto en el cr...

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TSBP1 es una proteína que en humanos está codificada por el gen TSBP1 . [ 3 ] [ 4 ] TSBP1 se conocía anteriormente como C6orf10 . C6orf10 es un marco de lectura abierto en el cromosoma 6 que contiene una proteína que se expresa de forma ubicua a bajos niveles en el genoma adulto y puede desempeñar un papel durante el desarrollo fetal. Se ha descubierto que C6orf10 está vinculado a enfermedades neurodegenerativas y autoinmunes en adultos. La expresión de este gen es máxima en los testículos , pero también se observa en otros tipos de tejido como el cerebro , el cristalino del ojo y la médula oblongada . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]

Transcripción de ARNm

Alineamiento de secuencias múltiples de todas las isoformas humanas de C6orf10. Esta imagen se generó utilizando Clustal W [ 8 ] y M view [ 9 ] .

El gen C6orf10 contiene siete variantes de empalme de ARNm humano (a, b, c, X1, X2, X3, X4).

Región no codificante conservada

TSBP1 contiene una estructura de bucle de tallo altamente conservada en la región 3' UTR, desde las bases 100 hasta la 124.

Estructura de bucle de tallo altamente conservada de la isoforma a de C6orf10 [ 10 ]

Proteína

Composición

La isoforma a de C6orf10 es rica en lisina (K), glutamina (Q) y ácido glutámico (E), y pobre en histidina (H) y fenilalanina (F) [ 11 ] ] . La isoforma a es una proteína básica con un punto isoeléctrico de 9 y un peso molecular de 62 000 kDa . [ 12 ]

Esta isoforma contiene dos regiones transmembrana cerca del inicio de la secuencia de aminoácidos. [ 13 ] La primera región transmembrana abarca desde el residuo 6 hasta el residuo 25 (19 residuos en total) y tiene un punto isoeléctrico de 5. La segunda región transmembrana abarca desde el residuo 100 hasta el residuo 119 (19 residuos en total) y tiene un punto isoeléctrico de 8. La isoforma a contiene un dominio PTZ00121 [ 14 ] que comienza con el residuo 221 y se extiende hasta el final de la proteína. Hay varias secuencias repetitivas dentro de este dominio.

Estructura secundaria

TSBP1 se compone principalmente de hélices alfa y bucles aleatorios. [ 15 ] Solo hay unas pocas regiones que contienen láminas beta . [ 16 ] [ 17 ]

Localización subcelular

Se predice que TSBP1 se localiza en el núcleo y el retículo endoplasmático. [ 13 ] Existe un sitio de escisión del péptido señal entre los aminoácidos 30 y 31 [ 18 ] que incluye el primer dominio transmembrana. Es probable que esta región N-terminal de C6orf10 se localice en el retículo endoplasmático. La región C-terminal de la proteína contiene dos señales de localización nuclear de los aminoácidos 489-505 y 513-529, lo que indica que la sección de la proteína posterior al sitio de escisión del péptido señal se localiza en el núcleo.

Expresión

TSBP1 se expresa de forma ubicua a niveles bajos en el genoma humano adulto . En adultos, la expresión de este gen es máxima en los testículos. [ 19 ] C6orf10 se expresa a niveles más altos en tejidos fetales y embrionarios . Esto indica que C6orf10 podría desempeñar un papel en el desarrollo.

Perfil de expresión tisular del gen C6orf10 en embriones preimplantados
Perfil de expresión tisular de C6orf10 en adultos. Los puntos naranjas indican un nivel de expresión muy bajo, mientras que la barra azul indica una expresión alta. [ 19 ]

Regulación de la expresión

Transcripcional

TSBP1 posee un promotor de 1206 bases de longitud. [ 20 ] Este promotor se solapa con la región 3' UTR, pero termina antes del primer codón . Este promotor está bastante bien conservado entre los primates, excepto por una región de 136 nucleótidos en la mitad y el final de la región promotora. [ 21 ] Los primates presentan inserciones en estas dos regiones que los humanos no poseen. Esto podría sugerir que estas regiones del promotor no son esenciales para los humanos.

Factores de transcripción

La transcripción de TSBP1 está regulada por la unión de numerosos factores de transcripción a la región promotora. La proteína de unión a CCAAT y la caja TATA son regiones altamente conservadas que son importantes en el inicio de la transcripción . Varios de los factores de transcripción, incluidos EH1 , NACA , NKX5-2, SIX4 , VCR, etc., participan en vías de desarrollo. [ 20 ]

Interacciones de proteínas

La mayoría de las interacciones proteicas predichas con C6orf10 se basan únicamente en minería de texto e información recopilada de estudios de asociación de todo el genoma . Las dos proteínas con las puntuaciones de interacción más altas fueron la proteína similar a la butirofilina 2 ( BTNL2 ) y el dominio de repetición de tetratricopéptido que contiene TTC32 . [ 22 ] BTNL2 es un regulador negativo de la actividad de las células T y miembro de la superfamilia de inmunoglobulinas . BTNL2 se encuentra en el vecindario del gen C6orf10. TTC32 es de una familia de proteínas de motivos de repetición estructural que median las interacciones proteína-proteína en la formación de complejos proteína-proteína. [ 23 ] Esto puede indicar el potencial de C6orf10 para interactuar con otra proteína para formar un complejo .

Importancia clínica

Se ha encontrado que C6orf10 está asociado tanto con enfermedades neurodegenerativas como con enfermedades autoinmunes . Estas asociaciones se obtienen principalmente a partir de estudios de asociación de todo el genoma. Las enfermedades neurodegenerativas comunes asociadas con C6orf10 incluyen la demencia frontotemporal , la enfermedad de Parkinson , [ 24 ] y la enfermedad de Alzheimer . [ 24 ] Las enfermedades autoinmunes asociadas con C6orf10 incluyen la artritis reumatoide , [ 25 ] [ 26 ] [ 24 ] [ 27 ] la psoriasis , [ 28 ] [ 27 ] la esclerosis múltiple , [ 29 ] [ 24 ] la enfermedad de Graves [ 24 ] y el lupus .

Homólogos

Ortólogos

Al buscar en la base de datos NCBI BLAST [ 30 ] interacciones proteína-proteína, se encontró que C6orf10 es una proteína que solo se encuentra en mamíferos . La base de datos BLAST encontró el mayor número de homólogos en Primates , Artiodactyla y Carnivora . Había solo un par de homólogos en los órdenes taxonómicos de Rodentia , Chiroptera y Perissodactyla . En los órdenes Scandentia , Eulipotyphyla , Tubulidentata y Sirenia había solo un homólogo completo, pero existen algunas secuencias parciales. Había secuencias de proteínas parciales en Lagomorpha , Dermoptera y Macroscelidea y no había ortólogos en Diprotodontia , Didelphimorphia , Cetacea , Dasyuromorphia , Pilosa , Monotremata y Proboscidea . No se encontraron homólogos fuera de los mamíferos .

Ortólogos de la isoforma X4 de C6orf10

Parálogos

C6orf10 tiene un parálogo que divergió hace aproximadamente 135,6 millones de años. Este parálogo se llama proteína 2 que contiene el dominio de tiorredoxina (TXNDC2). [ 30 ]

[1] BLAST: Herramienta básica de búsqueda de alineación local. Centro Nacional de Información Biotecnológica. Disponible en: [https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi nih.gov] . Fecha de acceso: 4 de marzo de 2019.

Referencias

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  3. ↑ Stammers M, Rowen L, Rhodes D, Trowsdale J, Beck S (abril de 2000). "BTL-II: un locus polimórfico con homología a la familia de genes de la butirofilina, ubicado en el límite de las regiones de clase II y clase III del complejo mayor de histocompatibilidad en humanos y ratones". Immunogenetics . 51 ( 4–5 ) : 373–82 . doi : 10.1007/s002510050633 . PMID 10803852. S2CID 31938388 .  
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Lecturas adicionales

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