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Escaneo de objetivo

En bioinformática , TargetScan es un servidor web que predice las dianas biológicas de los microARN (miARN) mediante la búsqueda de sitios que coincidan con la región semilla de...

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En bioinformática , TargetScan es un servidor web que predice las dianas biológicas de los microARN (miARN) mediante la búsqueda de sitios que coincidan con la región semilla de cada miARN. [ 1 ] Para muchas especies, también se identifican otros tipos de sitios, conocidos como sitios compensatorios 3' [ 1 ] . Estas predicciones de dianas de miARN son actualizadas y mejoradas periódicamente por el laboratorio de David Bartel en colaboración con el Grupo de Bioinformática e Informática para la Investigación del Instituto Whitehead .

TargetScan incluye TargetScanHuman, [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanMouse, [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanFish, [ 6 ] [ 7 ] TargetScanFly, [ 8 ] [ 9 ] y TargetScanWorm. [ 10 ] que proporcionan predicciones para mamíferos, pez cebra, insectos y nematodos centrados en los genes de humanos, ratones, peces cebra , Drosophila melanogaster y Caenorhabditis elegans , respectivamente.

En comparación con otras herramientas de predicción de dianas, TargetScan proporciona clasificaciones precisas de las dianas predichas para cada miRNA. [ 6 ] Estas clasificaciones se basan en la probabilidad de diana conservada evolutivamente (puntuaciones P CT . [ 4 ] ) o en la eficacia predicha de la represión (puntuaciones context++). [ 6 ]

Otra característica distintiva de TargetScan es el uso de anotaciones adicionales de ARNm. En particular, TargetScanWorm y TargetScanFish se basan en modelos de ARNm de C. elegans y pez cebra, para los cuales las regiones 3' no traducidas (3' UTR) se definen utilizando sitios de poliadenilación determinados experimentalmente mediante métodos precisos de alto rendimiento. [ 7 ] [ 10 ]

Referencias

  1. 1 2 Bartel DP (2009). " MicroARN: reconocimiento de dianas y funciones reguladoras" . Cell . 136 (2): 215–33 . doi : 10.1016/j.cell.2009.01.002 . PMC 3794896. PMID 19167326 .  
  2. 1 2 Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). "El emparejamiento conservado de semillas, a menudo flanqueado por adenosinas, indica que miles de genes humanos son dianas de microARN" . Cell . 120 (1): 15– 20. doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 . 
  3. 1 2 Grimson A, Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Bartel DP (2007). " Especificidad de la focalización de microARN en mamíferos: determinantes más allá del emparejamiento de semillas" . Mol. Cell . 27 (1): 91– 105. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283. PMID 17612493 .  
  4. 1 2 3 Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (2009). "La mayoría de los ARNm de mamíferos son dianas conservadas de microARN" . Genome Res . 19 (1): 92– 105. doi : 10.1101/gr.082701.108 . PMC 2612969. PMID 18955434 .  
  5. 1 2 Garcia DM, Baek D, Shin C, Bell GW, Grimson A, Bartel DP (2011). "La débil estabilidad del emparejamiento de semillas y la alta abundancia del sitio objetivo disminuyen la eficiencia de lsy-6 y otros microARN" (PDF) . Nat. Struct. Mol. Biol . 18 (10): 1139– 46. doi : 10.1038 / nsmb.2115 . PMC 3190056. PMID 21909094 .  
  6. 1 2 3 4 5 Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (2015-08-12). " Predicción de sitios diana de microARN efectivos en ARNm de mamíferos" . eLife . 4 e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895. PMID 26267216 .   
  7. 1 2 Ulitsky I, Shkumatava A, Jan CH, Subtelny AO, Koppstein D, Bell GW, Sive H, Bartel DP (2012). " Poliadenilación alternativa extensa durante el desarrollo del pez cebra" . Genome Res . 22 (10): 2054– 66. doi : 10.1101/gr.139733.112 . PMC 3460199. PMID 22722342 .  
  8. ↑ Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (2007). "Evolución, biogénesis, expresión y predicciones de objetivos de un conjunto sustancialmente ampliado de microARN de Drosophila" . Genome Res . 17 (12): 1850–64 . doi : 10.1101/gr.6597907 . PMC 2099593. PMID 17989254 .  
  9. ↑ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, I; Bartel, DP (4 de octubre de 2018). " Predicción de la eficacia de la focalización de microARN en Drosophila" . Genome Biology . 19 (1): 152. doi : 10.1186/s13059-018-1504-3 . PMC 6172730. PMID 30286781 .  
  10. 1 2 Jan CH, Friedman RC, Ruby JG, Bartel DP (2011). "Formación, regulación y evolución de las 3'UTR de Caenorhabditis elegans" . Nature . 469 ( 7328): 97– 101. Bibcode : 2011Natur.469...97J . doi : 10.1038/nature09616 . PMC 3057491. PMID 21085120 .  
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