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El proyecto ' The All-Species Living Tree' es una colaboración entre varios grupos/institutos académicos, como ARB , el proyecto de base de datos de ARNr SILVA y LPSN , con el objetivo de reunir una base de datos de secuencias de ARNr 16S de todas las especies válidamente publicadas de bacterias y arqueas . [1] En una etapa,también se recopilaron secuencias 23S , [2] pero esto se ha detenido desde entonces. [3]
Actualmente, hay más de 10.950 especies en el conjunto de datos alineado y se están agregando varias más, ya sea a medida que se descubren nuevas especies o se secuencian especies que no están representadas en la base de datos. Inicialmente, este último grupo estaba compuesto por el 7 % de las especies.
Proyectos similares (y más recientes) incluyen la Enciclopedia Genómica de Bacterias y Arqueas (GEBA), que se centró en la secuenciación completa del genoma de bacterias y arqueas. [4] [5]
Árbol
El árbol se creó mediante un análisis de máxima verosimilitud sin bootstrap: en consecuencia, la precisión se sacrifica por el tamaño y muchos clados a nivel de filo no se resuelven correctamente (como los Firmicutes). (Los eucariotas no están presentes en el análisis). Esta filogenia es un resumen de LTP_08_2023 basado en el ARNr 16S y contiene todas las especies tipo con nombres publicados de forma válida hasta agosto de 2023. [6] [7] [8]
Véase también
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Woese, 1987)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Gupta, 2001)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Cavalier-Smith, 2002)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Rappe y Giovanoni, 2003)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Battistuzzi et al., 2004)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Ciccarelli et al., 2006)
- Orden de ramificación de los filos bacterianos (Base de datos de taxonomía del genoma, 2018)
- Filos bacterianos
- Lista de géneros de Archaea
- Lista de géneros de bacterias
- Lista de órdenes bacterianos
- LPSN , lista de nombres aceptados de bacterias y arqueas
Referencias
- ^ Yarza, P.; Richter, M.; Peplies, JR; Euzeby, J.; Amann, R.; Schleifer, KH; Ludwig, W.; Glöckner, FO; Rosselló-Móra, R. (2008). "El proyecto All-Species Living Tree: Un árbol filogenético basado en el ARNr 16S de todas las cepas tipo secuenciadas". Microbiología Sistemática y Aplicada . 31 (4): 241–250. doi :10.1016/j.syapm.2008.07.001. hdl : 10261/103580 . PMID 18692976.
- ^ Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz; Glöckner, Frank Oliver; Rosselló-Móra, Ramon (2010). "Actualización del proyecto All-Species Living Tree Project basado en análisis de secuencias de ARNr 16S y 23S". Microbiología sistemática y aplicada . 33 (6): 291–299. doi :10.1016/j.syapm.2010.08.001. PMID 20817437.
- ^ Munoz, RL; Yarza, P.; Ludwig, W.; Euzéby, J.; Amann, R.; Schleifer, KH; Oliver Glöckner, F.; Rosselló-Móra, R. (2011). "Liberación de LTPs104 del árbol viviente de todas las especies". Microbiología sistemática y aplicada . 34 (3): 169–170. doi :10.1016/j.syapm.2011.03.001. PMID 21497273.
- ^ Wu, Dongying; Hugenholtz, Philip; Mavromatis, Konstantinos; Pukall, Rüdiger; Dalin, Eileen; Ivanova, Natalia N.; Kunin, Victor; Goodwin, Lynne; Wu, Martin; Tindall, Brian J.; Hooper, Sean D. (diciembre de 2009). "Una enciclopedia genómica impulsada por la filogenia de bacterias y arqueas". Nature . 462 (7276): 1056–1060. Bibcode :2009Natur.462.1056W. doi :10.1038/nature08656. ISSN 0028-0836. PMC 3073058 . PMID 20033048.
- ^ Kyrpides, Nikos C.; Hugenholtz, Philip; Eisen, Jonathan A.; Woyke, Tanja; Göker, Markus; Parker, Charles T.; Amann, Rudolf; Beck, Brian J.; Chain, Patrick SG; Chun, Jongsik; Colwell, Rita R. (5 de agosto de 2014). "Enciclopedia genómica de bacterias y arqueas: secuenciación de una gran variedad de cepas tipo". PLOS Biology . 12 (8): e1001920. doi : 10.1371/journal.pbio.1001920 . ISSN 1545-7885. PMC 4122341 . PMID 25093819.
- ^ "El LTP" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
- ^ "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
- ^ "Notas de la versión LTP_08_2023" (PDF) . Consultado el 20 de noviembre de 2023 .
Enlaces externos
- http://www.arb-silva.de/projects/living-tree/