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El archivo de imágenes oncológicas

El Archivo de Imágenes Oncológicas ( TCIA ) es una base de datos de acceso abierto de imágenes médicas para la investigación del cáncer . El sitio está financiado por el Program...

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El Archivo de Imágenes Oncológicas ( TCIA ) es una base de datos de acceso abierto de imágenes médicas para la investigación del cáncer . El sitio está financiado por el Programa de Imágenes Oncológicas del Instituto Nacional del Cáncer (NCI), y el contrato es operado por la Universidad de Arkansas para Ciencias Médicas . Los datos dentro del archivo están organizados en colecciones que generalmente comparten un tipo de cáncer y/o sitio anatómico común. La mayoría de los datos consisten en imágenes de TC , RM y medicina nuclear (p. ej., PET ) almacenadas en formato DICOM , pero también se proporcionan o enlazan muchos otros tipos de datos de apoyo, para mejorar la utilidad de la investigación. [ 1 ] Todos los datos están anonimizados para cumplir con la Ley de Portabilidad y Responsabilidad del Seguro Médico (HIPAA) y las políticas de intercambio de datos de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) .

Los recursos de TCIA están destinados a brindar apoyo a:

  • Desarrollo de métodos de diagnóstico asistido por ordenador (imágenes cuantitativas)
  • Evaluación de la reproducibilidad de la ciencia imparcial mediante métodos estadísticos estándar aceptables.
  • Investigación sobre la correlación de imágenes médicas de diagnóstico clínico con imágenes histológicas microscópicas digitales.
  • Investigación exploratoria de biomarcadores en la que la obtención de imágenes es un elemento clave.
  • Colaboración entre investigadores multidisciplinarios donde la imagen es crucial para la investigación sobre la heterogeneidad tumoral, entre pacientes y dentro del tumor; seguimiento de la respuesta temporal del tejido: mediciones objetivas de la progresión tumoral ; genómica de imágenes y vinculación y análisis de Big Data (clínico, histopatológico, genómico) [ 2 ]

TCIA es reconocido como un repositorio recomendado para las revistas Scientific Data , PLOS One [ 3 ] y F1000Research [ 4 ] . También figura en el Registro de Repositorios de Datos de Investigación [ 5 ] .

Historia

Antes de la creación de TCIA, el NCI financió el desarrollo del Archivo Nacional de Imágenes Biomédicas ( NBIA). NBIA es una aplicación web de código abierto diseñada para permitir el almacenamiento y la consulta de imágenes DICOM. TCIA se inició posteriormente en diciembre de 2010 para ampliar las actividades de intercambio de datos mediante la financiación de un componente de servicio que ayudaría a abordar los desafíos técnicos y normativos asociados con la investigación en imágenes médicas. TCIA aprovecha herramientas de código abierto como NBIA y Clinical Trials Processor para proporcionar sus servicios. [ 6 ] [ 7 ]

Organización del archivo

El contenido del sitio está organizado en cinco categorías: [ 8 ]

  • Sobre nosotros: Proporciona una descripción general del sitio y de las organizaciones responsables de su funcionamiento.
  • Comparta sus datos: ofrece una descripción general de cómo solicitar la carga de datos al archivo.
  • Acceso al archivo: proporciona información sobre los datos disponibles, los métodos para acceder a ellos y las métricas de uso del sistema.
  • Actividades de investigación: proporciona información sobre las principales iniciativas de investigación que se están llevando a cabo utilizando datos de TCIA, así como información sobre las directrices de publicación.
  • Ayuda: Proporciona información sobre cómo obtener asistencia para usar el archivo, así como documentación y políticas de uso de datos.

Métodos para acceder a los datos

La mayoría de las colecciones del Archivo de Imágenes Oncológicas se pueden consultar sin necesidad de una cuenta, pero algunas están restringidas a usuarios específicos y, por lo tanto, requieren una cuenta para acceder a ellas. [ 2 ] TCIA ofrece varias formas de explorar, filtrar y descargar datos. Estas incluyen:

Navegación, descarga masiva y acceso a datos de soporte

La página principal incluye una lista de todas las colecciones disponibles. También se proporciona información básica sobre los datos, como el tipo de cáncer, su localización, las modalidades y el número de sujetos. Al hacer clic en el nombre de una colección, se muestra una página que describe los datos, incluyendo su propósito de investigación original, cómo se generaron y cómo podrían ser útiles para otros usuarios de TCIA. Por ejemplo, el DOI : 10.7937/K9/TCIA.2015.L4FRET6Z describe la Colección de Radiómica y Genómica del Cáncer de Cáncer de Pulmón de Células Pequeñas (NSCLC-Radiómica-Genómica). En la sección inferior de la página, hay enlaces para buscar o descargar las imágenes y cualquier dato complementario disponible en la pestaña de Acceso a Datos. Otras pestañas proporcionan información sobre las versiones de los datos y cómo citarlos si se utilizan en publicaciones.

Muchas colecciones contienen tipos de datos adicionales, como información genómica, datos demográficos de los pacientes, detalles del tratamiento y análisis de imágenes realizados por expertos. Estos datos generalmente solo se encuentran al navegar por las páginas de las colecciones, en lugar de realizar búsquedas en NBIA o usar la API.

Filtrado o búsqueda con NBIA

En cada página de la colección y también en el menú principal del sitio hay enlaces para "Buscar en TCIA". Esto cargará la aplicación NBIA, que permite búsquedas simples, avanzadas y de texto libre. Los resultados de la búsqueda siguen la jerarquía DICOM convencional: paciente -> estudio -> serie. TCIA proporciona documentación completa sobre las diversas funciones del software NBIA. [ 9 ]

API RESTful

También se encuentran disponibles varios comandos de búsqueda y descarga a través de la API. Las nuevas iteraciones de la API se publican como nuevas versiones, de modo que las aplicaciones existentes desarrolladas con versiones anteriores de la API sigan funcionando. [ 10 ]

Actividades de investigación

Se mantiene una lista de publicaciones conocidas basadas en datos de TCIA para facilitar a los investigadores que deseen investigar cómo se ha utilizado anteriormente. [ 11 ] Además de las publicaciones revisadas por pares, también se describen varias iniciativas de investigación importantes en la sección de Actividades de Investigación del sitio.

La Iniciativa de Radiología CIP TCGA para la Investigación Radiogenómica

Un gran número de colecciones contienen sujetos que fueron analizados como parte de la base de datos NIH/NHGRI conocida como The Cancer Genome Atlas (TCGA). Esto ofrece a los investigadores la posibilidad de correlacionar imágenes clínicas utilizando identificadores únicos compartidos para cada estudio que cuenta con un extenso análisis genómico, diapositivas de patología digital y descarga masiva de datos demográficos y clínicos individuales en TCGA. Una red multiinstitucional de investigadores que ofrecen su tiempo de forma voluntaria está utilizando los datos para desarrollar métodos que permitan determinar el pronóstico o predecir la respuesta a la terapia. [ 12 ] Las colecciones de TCGA se designan mediante una nomenclatura compartida por el Portal de Datos de TCGA [ 13 ] (por ejemplo: TCGA-BRCA, TCGA-GBM, etc.). Están sujetas a una política de publicación especial que es única con respecto a los demás datos públicos en TCIA. [ 14 ]

competiciones de desafío

TCIA también proporciona conjuntos de datos específicos utilizados para concursos de "desafíos", como los de sociedades profesionales internacionales centradas en la imagen digital, como MICCAI, SPIE o ISBI. En el sitio web se mantiene un directorio de desafíos anteriores y futuros. [ 15 ]

identificadores de objetos digitales

Para facilitar el intercambio de datos, muchas publicaciones animan a los autores a incluir citas de los datos que utilizaron para obtener los resultados descritos en sus artículos académicos. Además, ahora existen nuevas revistas que permiten describir directamente las colecciones de datos (por ejemplo, Nature Scientific Data ). TCIA asigna identificadores de objetos digitales (DOI) a todas las colecciones cuando se envían y también tiene la capacidad de crear identificadores persistentes vinculados a subconjuntos de datos almacenados en TCIA que los autores pueden utilizar para citar datos en sus artículos académicos. [ 16 ]

Referencias

  1. ↑ Vendt, Clark (junio de 2013). "El Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA): Mantenimiento y Operación de un Repositorio Público de Información" . Journal of Digital Imaging . 26 (6): 1045– 57. doi : 10.1007/s10278-013-9622-7 . PMC 3824915. PMID 23884657 .  
  2. 1 2 "Acerca del Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) - El Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA)" . El Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  3. ↑ "PLOS ONE: acelerando la publicación de ciencia revisada por pares" . journals.plos.org . Consultado el 11 de junio de 2016 .
  4. ↑ "Directrices de datos - F1000Research" . f1000research.com . Consultado el 11 de junio de 2016 .
  5. ↑ "Archivo de imágenes oncológicas | re3data.org" . service.re3data.org . Consultado el 11 de junio de 2016 .
  6. ↑ Clark, Kenneth; Vendt, Bruce; Smith, Kirk; Freymann, John; Kirby, Justin; Koppel, Paul; Moore, Stephen; Phillips, Stanley; Maffitt, David (2013-07-25). "The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a Public Information Repository" . Journal of Digital Imaging . 26 (6): 1045– 1057. doi : 10.1007/s10278-013-9622-7 . ISSN 0897-1889 . PMC 3824915. PMID 23884657 .   
  7. ↑ "Archivo de imágenes oncológicas" . Programa de imágenes oncológicas - Instituto Nacional del Cáncer . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  8. ↑ "El Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) - Un archivo en crecimiento de imágenes médicas de cáncer" . El Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  9. ↑ "Guía del usuario del Archivo de Imágenes Oncológicas - Ayuda en línea de TCIA - Wiki del Archivo de Imágenes Oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  10. ↑ "Guía de uso de la interfaz programática TCIA (API REST) ​​- Acceso público al archivo de imágenes oncológicas (TCIA) - Wiki del archivo de imágenes oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  11. ↑ "Publicaciones - Acceso público al archivo de imágenes oncológicas (TCIA) - Wiki del archivo de imágenes oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  12. ↑ "CIP TCGA Radiology Initiative - The Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  13. ↑ "Portal de datos de TCGA" . Consultado el 24 de marzo de 2016 .{{cite web}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace )
  14. ↑ "Políticas y restricciones de uso de datos - Acceso público al Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) - Wiki del Archivo de Imágenes Oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  15. ↑ "Concursos de desafío - Acceso público al Archivo de Imágenes Oncológicas (TCIA) - Wiki del Archivo de Imágenes Oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
  16. ↑ "Identificadores de objetos digitales TCIA - DOI TCIA - Wiki del Archivo de Imágenes Oncológicas" . wiki.cancerimagingarchive.net . Consultado el 24 de marzo de 2016 .
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