El Consorcio de ARN de interferencia

El Consorcio RNAi (TRC) es una colaboración público-privada cuya misión es crear bibliotecas de ARN de horquilla corta (shRNA) para 15 000 genes humanos y 15 000 genes de ratón . Estas bibliotecas ayudarán a la comunidad científica a analizar la función génica mediante RNAi . El consorcio tiene su sede en el Broad Institute del MIT y la Universidad de Harvard , e incluye seis instituciones asociadas al MIT y a Harvard, así como cinco organizaciones internacionales de ciencias de la vida. Sigma-Aldrich y Open Biosystems proporcionan clones de RNAi verificados y bibliotecas completas .

Se selecciona un conjunto de horquillas candidatas basándose en la primera transcripción RefSeq de cada gen NCBI . Deben ser de 21 nucleótidos, estar al menos a 25 pb del inicio de la secuencia codificante y no a menos de 150 pb de su final. Las candidatas se puntúan según varias reglas empíricas (consulte el sitio web del Broad Institute para obtener una lista completa).) y luego se compararon mediante BLAST con dos conjuntos de transcriptomas . Se priorizan las horquillas que son únicas para un clúster Unigene y un identificador RefSeq NM. Finalmente, los candidatos se espacian de manera que tengan una horquilla en la región 3' no traducida y cuatro en la secuencia codificante.

Las horquillas de ADN seleccionadas se clonan en el vector pLKO1, un plásmido multipropósito que puede propagarse en bacterias , transfectarse en líneas celulares de mamíferos o utilizarse para la generación de lentivirus . Contiene genes de resistencia a la ampicilina y la puromicina .

La primera versión de las bibliotecas lentivirales de shRNA del TRC consta de aproximadamente 35 000 construcciones de shRNA dirigidas contra 5300 genes humanos (25 000 clones) y 2200 genes de ratón (10 000 clones). La segunda versión de la biblioteca de shRNA humana contenía 9500 clones adicionales. Las versiones se publican aproximadamente cada trimestre. Se prevé que ambas bibliotecas, tanto la de ratón como la humana, estén completas a finales de 2006 o principios de 2007.

• Página principal de TRC en el Broad Institute
• Reglas de selección de horquillas TRC
• Página de introducción de Sigma-Aldrich TRC
• Página de introducción de OpenBiosystems TRC