Pipeline transproteómico

PeptideProphet realiza una validación estadística de las coincidencias péptido-espectro (PSM) utilizando los resultados de los motores de búsqueda mediante la estimación de una tasa de falsos descubrimientos (FDR) a nivel de PSM. ^{[ 4 ]} La versión inicial de PeptideProphet utilizaba un ajuste de una distribución gaussiana para las identificaciones correctas y un ajuste de una distribución gamma para las identificaciones incorrectas. Una modificación posterior del programa permitió el uso de un enfoque de objetivo-señuelo, utilizando un modelo de mezcla de componentes variables o un modelo de mezcla semiparamétrico. ^{[ 5 ]} En PeptideProphet, especificar una etiqueta de señuelo utilizará el modelo de mezcla de componentes variables, mientras que seleccionar un modelo no paramétrico utilizará el modelo de mezcla semiparamétrico.

ProteinProphet identifica proteínas basándose en los resultados de PeptideProphet. ^{[ 6 ]}

Mayu realiza una validación estadística de la identificación de proteínas estimando una tasa de descubrimiento falso (FDR) a nivel de proteína. ^{[ 7 ]}

La herramienta SpectraST es capaz de generar bibliotecas espectrales y buscar conjuntos de datos utilizando estas bibliotecas. ^{[ 8 ]}