Transib

Transib es una superfamilia de transposones de ADN con repeticiones intercaladas . Recibió su nombre del Transiberiano . ^[¹^] Es similar a EnSpm/CACTA .

Transib se describió por primera vez en 2003, descubierto en el genoma de Drosophila melanogaster . Generalmente codifica una sola proteína, la transcriptasa DDE. ^{[ 1 ]} En 2008 se encontró un elemento intacto que incluía repeticiones invertidas terminales (TIR) en el genoma de Helicoverpa zea . ^{[ 2 ]} Desde entonces se han descubierto clados divergentes de esta superfamilia, denominados Transib y TransibSU (por erizo de mar); Chapaev y Chapaev3 de la superfamilia CACTA también se incluyen a veces. Las diferencias radican en la organización de dominios de la transcriptasa central; TransibSU también se caracteriza por tener proteínas similares a RAG2. ^{[ 3 ]}^{: fig. 2}

Transib es notable por ser la fuente de los dos genes activadores de la recombinación . Se ha descubierto un transposón activo con genes similares a RAG1/2 ("ProtoRAG"; PDB : 6B40 ) en B. belcheri (lanceta china). Las TIR son estructuralmente similares a las secuencias de señal de recombinación (RSS). El heptámero lleva el consenso CACWRTG, mientras que el nonámero es más divergente. RAG1L/TIR de la lanceta no reconoce de forma cruzada a RAG1/RSS animal debido a diferencias en el nonámero. ^[⁴^] Psectrotarsia flava (una polilla) también tiene un transposón de este tipo. Carece del nonámero, lo que indica una evolución más reciente del nonámero. ^[⁵^]

Referencias

1 2 Kapitonov, VV; Jurka, J. (12 de mayo de 2003). "Paleontología molecular de elementos transponibles en el genoma de Drosophila melanogaster" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 100 (11): 6569– 6574. Bibcode : 2003PNAS..100.6569K . doi : 10.1073/pnas.0732024100 . PMC 164487. PMID 12743378 .
↑ Chen, S; Li, X (31 de enero de 2008). "Caracterización molecular del primer transposón Transib intacto de Helicoverpa zea". Gene . 408 ( 1–2 ): 51–63 . doi : 10.1016/j.gene.2007.10.015 . PMID 18031956 .
↑ Kapitonov VV, Koonin EV (2015-04-28). " Evolución del locus RAG1-RAG2: ambas proteínas provienen del mismo transposón" . Biology Direct . 10 (1): 20. doi : 10.1186/s13062-015-0055-8 . PMC 4411706. PMID 25928409 .
^ Huang, S; Tao, X; Yuan, S; Zhang, Y; Li, P; Beilinson, HA; Zhang, Y; Yu, W; Pontarotti, P; Escrivá, H; Le Pétillon, Y; Liu, X; Chen, S; Schatz, DG; Xu, A (30 de junio de 2016). "El descubrimiento de un transposón RAG activo ilumina los orígenes de la recombinación V (D) J" . Celúla . 166 (1): 102– 14. doi : 10.1016/j.cell.2016.05.032 . PMC 5017859 . PMID 27293192 .
↑ Morales Poole, Jose Ricardo; Huang, Sheng Feng; Xu, Anlong; Bayet, Justine; Pontarotti, Pierre (28 de abril de 2017). "El transposón RAG está activo a través de la evolución de los deuterostomos y domesticado en vertebrados con mandíbulas". Immunogenetics . 69 (6): 391– 400. bioRxiv 10.1101/100735 . doi : 10.1007/s00251-017-0979-5 . hdl : 10550/97268 . PMID 28451741 . S2CID 11192471 .

[Kapitonov_2003-1] 1 2 Kapitonov, VV; Jurka, J. (12 de mayo de 2003). "Paleontología molecular de elementos transponibles en el genoma de Drosophila melanogaster" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 100 (11): 6569– 6574. Bibcode : 2003PNAS..100.6569K . doi : 10.1073/pnas.0732024100 . PMC 164487. PMID 12743378 .

[2] Chen, S; Li, X (31 de enero de 2008). "Caracterización molecular del primer transposón Transib intacto de Helicoverpa zea". Gene . 408 ( 1–2 ): 51–63 . doi : 10.1016/j.gene.2007.10.015 . PMID 18031956 .

[Kapitonov_2015-3] Kapitonov VV, Koonin EV (2015-04-28). " Evolución del locus RAG1-RAG2: ambas proteínas provienen del mismo transposón" . Biology Direct . 10 (1): 20. doi : 10.1186/s13062-015-0055-8 . PMC 4411706. PMID 25928409 .

[pmid27293192-4] Huang, S; Tao, X; Yuan, S; Zhang, Y; Li, P; Beilinson, HA; Zhang, Y; Yu, W; Pontarotti, P; Escrivá, H; Le Pétillon, Y; Liu, X; Chen, S; Schatz, DG; Xu, A (30 de junio de 2016). "El descubrimiento de un transposón RAG activo ilumina los orígenes de la recombinación V (D) J" . Celúla . 166 (1): 102– 14. doi : 10.1016/j.cell.2016.05.032 . PMC 5017859 . PMID 27293192 .

[5] Morales Poole, Jose Ricardo; Huang, Sheng Feng; Xu, Anlong; Bayet, Justine; Pontarotti, Pierre (28 de abril de 2017). "El transposón RAG está activo a través de la evolución de los deuterostomos y domesticado en vertebrados con mandíbulas". Immunogenetics . 69 (6): 391– 400. bioRxiv 10.1101/100735 . doi : 10.1007/s00251-017-0979-5 . hdl : 10550/97268 . PMID 28451741 . S2CID 11192471 .

[

[ 2 ]

[ 3 ]

[

[