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Articulo de referencia

Proteína transmembrana 222

La proteína transmembrana 222 es una proteína que en humanos está codificada por el gen TMEM222 . [ 5 ] [ 6 ] Una característica notable de la proteína codificada por este gen e...

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La proteína transmembrana 222 es una proteína que en humanos está codificada por el gen TMEM222 . [ 5 ] [ 6 ] Una característica notable de la proteína codificada por este gen es la presencia de tresdominios transmembrana predichos. [ 7 ] Se predice que la proteína TMEM222 se localiza con mayor probabilidad en las vesículas secretoras. [ 8 ]

Características genéticas

TMEM222 tiene un dominio de función desconocida (DUF778). [ 9 ] Los alias de este gen incluyen DKFZP564D0478, RP11-4K3__A.4, C1orf160 y MGC111002. [ 10 ] El acceso NM_032125.2, la secuencia codificante más larga (1629 pb), codifica una proteína de 208 residuos de aminoácidos (23230 daltons), que se considera la secuencia codificante consenso (CCDS297.2). [ 11 ] Hay dos isoformas de la proteína codificada por este gen. Son similares excepto que la segunda (Q9H0R3-2) carece de los primeros 96 residuos de aminoácidos que están presentes en la primera (Q9H0R3-1). [ 12 ]

Expresión genética

ACEVIEW ha etiquetado a TMEM222 como altamente expresado, con una expresión 3,8 veces mayor que la del gen promedio en la base de datos. [ 13 ] Existe evidencia de expresión en 166 tejidos, incluyendo cerebro, pulmón, colon, riñón y placenta. [ 13 ]

Homología

Se han identificado ortólogos y homólogos distantes del gen humano TMEM222 en todos los eucariotas, especialmente en plantas y animales. [ 14 ] No se han encontrado parálogos de este gen en el genoma humano. [ 15 ]

Homólogo distante

Un homólogo distante de TMEM222, [ 14 ] RTH (RTE1-Homolog), [ 16 ] es un homólogo de RTE1 (Reversion-to-Ethylene Perception 1), que se sabe que induce cambios conformacionales en ETR1 (Ethylene receptor 1) que resultan en una regulación negativa correspondiente con la pérdida de la percepción del etileno. [ 17 ]

Interacciones de proteínas

Existen evidencias obtenidas mediante el sistema de doble híbrido de levadura para dos interacciones proteicas con este gen. Una es una serina proteasa ( PRSS23 ) [ 18 ] que se ha identificado como implicada en la ovulación del ratón y se excreta en la matriz extracelular. [ 19 ] La otra proteína es una ab-hidrolasa (transcrito 5 asociado a HLA-B) [ 20 ] que es integral a la membrana, y su gen correspondiente se encuentra en el genoma cerca del factor de necrosis tumoral (TNF)-alfa y el TNF-beta. [ 21 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCh38: Versión 89 de Ensembl: ENSG00000186501 – Ensembl , mayo de 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000028857 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  5. ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (marzo de 2001). "Hacia un catálogo de genes y proteínas humanos: secuenciación y análisis de 500 nuevos ADNc humanos que codifican proteínas completas" . Res del genoma . 11 (3): 422– 35. doi : 10.1101/gr.GR1547R . PMC 311072 . PMID 11230166 .  
  6. ↑ "Gen Entrez: C1orf160 cromosoma 1 marco de lectura abierto 160" .
  7. ↑ TMHMM
  8. ↑ k-NN
  9. ↑ NCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica)
  10. ↑ Tarjetas genéticas
  11. ↑ Uniprot
  12. ↑ Uniprot
  13. 1 2 ACEVIEW
  14. 1 2 Homólogo
  15. ↑ EXPLOSIÓN
  16. ↑ "RTH RTE1-homólogo [ Arabidopsis thaliana (berro de Thale) ] - Gen - NCBI" .
  17. ↑ Resnick JS, Wen CK, Shockey JA, Chang C (mayo de 2006). "REVERSION-TO-ETHYLENE SENSITIVITY1, un gen conservado que regula la función del receptor de etileno en Arabidopsis" . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 103 (20): 7917–22 . doi : 10.1073/pnas.0602239103 . PMC 1458508. PMID 16682642 .  
  18. ↑ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E, Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (septiembre de 2005). "Una red de interacción proteína-proteína humana: un recurso para anotar el proteoma". Celúla . 122 (6): 957– 68. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070 . S2CID 8235923 .  
  19. ↑ Miyakoshi K, Murphy MJ, Yeoman RR, Mitra S, Dubay CJ, Hennebold JD (diciembre de 2006). "La identificación de nuevas proteasas ováricas mediante el uso de metodologías genómicas y bioinformáticas" . Biol. Reprod . 75 (6): 823–35 . doi : 10.1095/biolreprod.106.052290 . PMID 16870946 . 
  20. ↑ Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (enero de 2004). "Análisis de un sistema de doble híbrido de levadura de alto rendimiento y su uso para predecir la función de las proteínas intracelulares codificadas dentro de la región MHC clase III humana". Genomics . 83 (1): 153– 67. doi : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . PMID 14667819 . 
  21. ↑ Spies T, Bresnahan M, Strominger JL (noviembre de 1989). "El complejo mayor de histocompatibilidad humano contiene un mínimo de 19 genes entre el grupo del complemento y HLA-B" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 86 (22): 8955–8 . Bibcode : 1989PNAS ...86.8955S . doi : 10.1073/pnas.86.22.8955 . PMC 298409. PMID 2813433 .  

Lecturas adicionales

  • Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: un método simple para reemplazar la estructura de la caperuza de los ARNm eucariotas con oligorribonucleótidos". Gene . 138 ( 1–2 ): 171–4 . doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 . 
  • Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et  al. (1997). "Construcción y caracterización de una biblioteca de ADNc enriquecida en longitud completa y en el extremo 5'". Gene . 200 ( 1–2 ): 149–56 . doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 . 
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et  al. (2003). "Generación y análisis inicial de más de 15.000 secuencias de ADNc humanas y de ratón de longitud completa" . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899– 903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .  
  • Lehner B, Semple JI, Brown SE, et  al. (2004). "Análisis de un sistema de doble híbrido de levadura de alto rendimiento y su uso para predecir la función de las proteínas intracelulares codificadas dentro de la región MHC clase III humana". Genomics . 83 (1): 153– 67. doi : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . PMID 14667819 . 
  • Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et  al. (2004). "Secuenciación completa y caracterización de 21.243 cDNA humanos de longitud completa" . Nat. Genet . 36 (1): 40– 5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 . 
  • Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et  al. (2004). "Estado, calidad y expansión del proyecto de ADNc de longitud completa de los NIH: la Colección de Genes de Mamíferos (MGC)" . Genome Res . 14 (10B): 2121–7 . doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928. PMID 15489334 .  
  • Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et  al. (2005). "Hacia un mapa a escala del proteoma de la red de interacción proteína-proteína humana". Nature . 437 ( 7062): 1173– 8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/nature04209 . PMID 16189514. S2CID 4427026 .  
  • Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et  al. (2006). "La secuencia de ADN y la anotación biológica del cromosoma 1 humano" . Nature . 441 (7091): 315–21 . Bibcode : 2006Natur.441..315G . doi : 10.1038/nature04727 . PMID 16710414 .