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Articulo de referencia

UBALD1

UBALD1 ( proteína que contiene un dominio similar al asociado a la ubiquitina 1) es una proteína codificada por el gen UBALD1, ubicado en el cromosoma 16 en humanos. [ 4 ] UBALD...

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UBALD1 ( proteína que contiene un dominio similar al asociado a la ubiquitina 1) es una proteína codificada por el gen UBALD1, ubicado en el cromosoma 16 en humanos. [ 4 ] UBALD1 presenta una alta expresión tisular ubicua y se localiza en el núcleo y el citoplasma . UBALD1 está conservada en animales, incluidos los invertebrados . Un nombre alternativo para UBALD1 es FAM100A.

Gene

El gen humano UBALD1 se localiza en la cadena negativa del cromosoma 16, en la posición citogenética 16p13.3. El gen contiene tres exones y dos intrones , con una longitud total de 6145 pares de bases. [ 5 ]

Transcripciones

En humanos existen tres isoformas de UBALD1, todas con tres exones. La isoforma 1 de UBALD1 tiene una secuencia de ARNm de 1374 nucleótidos y codifica la proteína más larga. La isoforma 2 se diferencia por la omisión de 75 nucleótidos al inicio del exón 3, y la isoforma 3 se diferencia por la inserción de 185 nucleótidos al final del exón 1. [ 4 ]

Isoformas humanas de UBALD1
Traducción conceptual de UBALD1 humano

Proteína

isoformas

La isoforma 1 de UBALD1 codifica la proteína más larga, compuesta por 177 aminoácidos. La secuencia proteica de la isoforma 2 presenta un 85,9 % de identidad con la isoforma 1. La isoforma 2 contiene una omisión de 25 aminoácidos en el exón 3 y carece del dominio PHA03247. La isoforma 3 difiere notablemente de las isoformas 1 y 2, con un 35,6 % de identidad con la isoforma 1. La isoforma 3 contiene 122 aminoácidos y una inclusión en el exón 1, lo que provoca un cambio en el marco de lectura de los codones y una aparición más temprana de su codón de parada. La isoforma 3 también carece del dominio PHA03247.

Propiedades y dominios

La proteína codificada por la isoforma 1 de UBALD1 tiene un punto isoeléctrico predicho de 6,13 y un peso molecular de 19,0 kDa . [ 6 ] [ 7 ] La composición de UBALD1 es rica en alanina y prolina , y contiene múltiples duplets/tripletes de estos residuos. Los residuos y multipletes de prolina están altamente conservados, específicamente dentro del dominio PHA03247. La proteína contiene un dominio, PHA03247, o dominio de la proteína tegumentaria grande UL36. La proteína tegumentaria UL36 es la proteína tegumentaria más grande que se encuentra en el virus del herpes simple tipo 1 y contiene actividad desubiquitinante . [ 8 ]

Estructura

Estructura terciaria de la UBALD1 humana

La estructura secundaria de la proteína UBALD1 consiste principalmente en espirales y cuatro regiones cortas de hélice alfa (posiciones 5-22, 25-46, 76-83 y 170-173). [ 9 ] Su estructura terciaria es posteriormente en espiral y de tipo globular .

Regulación

Expresión a nivel genético

UBALD1 es un gen altamente expresado , 1,4 veces más expresado que el gen promedio. [ 10 ] UBALD1 tiene expresión ubicua, con sus niveles más altos en la placenta , músculo esquelético , hígado y cerebro . [ 11 ] Dentro del cerebro, la expresión de UBALD1 es más alta en la formación hipocampal y las regiones olfativas. [ 12 ]

Esquema de la proteína UBALD1 que incluye el dominio del tegumento PHA03247, las señales de exportación nuclear y los sitios de fosforilación.

Regulación del nivel de proteínas

Se predice que la proteína UBALD1 se localiza en el núcleo y el citoplasma . [ 13 ] Una señal de exportación nuclear se encuentra moderadamente en las posiciones 79-85 y fuertemente en las posiciones 174-177. [ 14 ] UBALD1 tiene muchos sitios de fosforilación y glicosilación predichos , con sitios de fosforilación conocidos en S88, S90, S93 y S96. [ 15 ]

Historia evolutiva

Ortólogos

El espacio de ortólogos para UBALD1 es grande, con sus ortólogos más distantes divergiendo hace 694 millones de años en invertebrados. Los ortólogos incluyen la mayoría de los vertebrados, como mamíferos , aves , reptiles , anfibios , peces , así como algunos invertebrados, como artrópodos , cnidarios , moluscos , equinodermos y nematodos . No hay ortólogos en hongos, plantas o bacterias. Los ortólogos estrechamente relacionados, incluidos mamíferos, aves y reptiles, tienen una similitud de secuencia de entre el 67 y el 92 %. Los ortólogos moderadamente relacionados, incluidos anfibios y peces, tienen una similitud de secuencia de entre el 55 y el 75 %. Los ortólogos distantemente relacionados, incluidos invertebrados, tienen una similitud de secuencia de entre el 29 y el 50 %.

Parálogos

La proteína humana UBALD1 tiene un parálogo , UBALD2, presente en vertebrados pero no en invertebrados. Son similares, con una identidad de secuencia del 63,1 % y una similitud de secuencia del 70,9 %. La proteína UBALD2 tiene una longitud de 164 aminoácidos, un punto isoeléctrico predicho de 6,78 y un peso molecular de 17,7 kDa. [ 7 ]

El dominio de la proteína del tegumento UL36 de UBALD1 se conserva parcialmente en el parálogo UBALD2. UBALD1 tiene expresión monoalélica , mientras que UBALD2 tiene expresión bialélica.

Conservación

El exón 1 y el inicio del exón 3 (posiciones 64-79) están altamente conservados entre ortólogos estrictos y distantes. En concreto, los residuos de prolina del exón 3 (P65, P69, P72, P73, P76) están fuertemente conservados.

Proteínas que interactúan

UBALD1 tiene asociación física con las proteínas MED8 , que se encuentra en el núcleo, y RPL9 , que se encuentra en el citoplasma. [ 16 ] UBALD1 también se asocia con EPRS y EEF1E1 , las cuales se sabe que interactúan y participan en el complejo multienzimático aminoacil-ARNt sintetasa . [ 17 ]

Importancia clínica

UBALD1 se ha asociado con varios tipos de cáncer, [ 18 ] y se identificó como un autoanticuerpo significativamente elevado en pacientes con linfoma . [ 19 ] La hipometilación de la región promotora de UBALD1 se asoció con la adhesión célula-célula , la activación de células B y la activación de linfocitos , y es un biomarcador potencial para predecir la resistencia primaria a los quimioterápicos basados ​​en platino . [ 20 ] La hipometilación de UBALD1 también se asocia con la incongruencia de género . UBALD1 tiene una hipometilación significativa de CpG en mujeres trans asignadas como hombres al nacer antes de recibir terapia hormonal de afirmación de género , en comparación con hombres cis asignados como hombres al nacer. [ 21 ]

Referencias

  1. 1 2 3 GRCm38: Versión 89 de Ensembl: ENSMUSG00000039568 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ↑ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  3. ↑ "Referencia de PubMed sobre el ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE . UU .
  4. 1 2 "UBALD1 UBA like domain containing 1 [ Homo sapiens (Human) ] - Gene - NCBI" .
  5. ↑ "Gen UBALD1 - GeneCards | Proteína UBAD1 | Anticuerpo UBAD1" .
  6. ↑ "PhosphoSite" .
  7. 1 2 "Expasy - Herramienta para calcular pI/Mw" .
  8. ↑ Schlieker, C., Korbel, GA, Kattenhorn, LM, & Ploegh, HL (2005). Una actividad desubiquitinante se conserva en la proteína tegumentaria grande de los herpesvirus. Journal of virology, 79(24), 15582-15585.
  9. ↑ Wei Zheng, Chengxin Zhang, Yang Li, Robin Pearce, Eric W. Bell, Yang Zhang. Plegamiento de proteínas no homólogas mediante el acoplamiento de mapas de contacto de aprendizaje profundo con simulaciones de ensamblaje I-TASSER. Cell Reports Methods, 1: 100014 (2021).
  10. ↑ "NCBI AceView" .
  11. ↑ "Gds3113 / 150432" .
  12. ↑ "Detalle genético :: Atlas cerebral de Allen: Cerebro de ratón" . 
  13. ↑ Nakai, K. y Horton, P., PSORT: un programa para detectar las señales de clasificación de proteínas y predecir su localización subcelular, Trends Biochem. Sci, 24(1) 34-35 (1999).
  14. ↑ "Servicios" .
  15. ↑ Hornbeck PV, Zhang B, Murray B, Kornhauser JM, Latham V, Skrzypek E PhosphoSitePlus, 2014: mutaciones, PTM y recalibraciones. Nucleic Acids Res. 2015 43:D512-20
  16. ↑ Stelzl, U., Worm, U., Lalowski, M., Haenig, C., Brembeck, FH, Goehler, H., ... & Wanker, EE (2005). Una red de interacción proteína-proteína humana: un recurso para anotar el proteoma. Cell, 122(6), 957-968.
  17. ↑ Szklarczyk D*, Gable AL*, Nastou KC, Lyon D, Kirsch R, Pyysalo S, Doncheva NT, Legeay M, Fang T, Bork P‡, Jensen LJ‡, von Mering C‡. La base de datos STRING en 2021: redes proteína-proteína personalizables y caracterización funcional de conjuntos de genes/mediciones cargados por los usuarios. Nucleic Acids Res. 8 de enero de 2021;49(D1):D605-12. PubMed
  18. ↑ Chen, R., Mias, GI, Li-Pook-Than, J., Jiang, L., Lam, HY, Chen, R., ... & Snyder, M. (2012). El perfil ómico personal revela fenotipos moleculares y médicos dinámicos. Cell, 148(6), 1293-1307.
  19. ↑ Tan, Q., Wang, D., Yang, J., Xing, P., Yang, S., Li, Y., ... & Shi, Y. (2020). El perfil de autoanticuerpos identifica biomarcadores predictivos de respuesta a la terapia anti-PD1 en pacientes con cáncer. Theranostics, 10(14), 6399.
  20. ↑ Hua, T., Kang, S., Li, XF, Tian, ​​YJ, & Li, Y. (2021). El perfil del metiloma del ADN identifica nuevos genes metilados en pacientes con cáncer de ovario epitelial resistentes al platino. Journal of Obstetrics and Gynaecology Research, 47(3), 1031-1039.
  21. ↑ Ramírez, K., Fernández, R., Collet, S., Kiyar, M., Delgado-Zayas, E., Gómez-Gil, E., ... & Pásaro, E. (2021). La epigenética está implicada en la base de la incongruencia de género: un análisis de asociación de todo el epigenoma. Fronteras en neurociencia, 1074.